应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » NAMD软件在代码层面上是如何计算蛋白质势能的？
51/1返回列表
查看: 1948  |  回复: 8
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

broken1999

木虫 (正式写手)

[求助] NAMD软件在代码层面上是如何计算蛋白质势能的？

NAMD软件
CHARMM力场

蛋白质势能的计算是进行能量最小化的基础
想深入软件代码层面，完全掌握它的计算过程

查过资料，知道势能由以下几部分组成：键伸缩能bond stretching、键角弯曲能angle bending、二面角扭曲能torsion rotation、异常扭曲improper torsion、离平面弯曲Out-of –plane Bending、交叉项cross term、范德华相互作用能van der Waals interactions、静电相互作用能electrostatic contributions几部分组成

但是每个部分里面都涉及到好多参数，这些参数又取决于CHARMM力场
看过namdenergy.tcl的源代码，惘然而无所得，

几个问题各位大牛给予指导
1 NAMD是如何挑选合适的参数进行对势计算的
2 NAMD是否对运算过程进行过优化或近似？难道它就穷举所有原子对势？
3 有没有哪本书，或者资料对NAMD势能计算过程进行过讲解？ 求指点
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2013-05-21 10:30:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

broken1999

木虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by fhh2626 at 2013-05-21 14:29:43
1、参数自然是包括在CHARMM力场当中的，你要先知道CHARMM力场的格式
2、NAMD只计算一定范围内的原子（如10A），长程静电作用可以用一定的方法近似（如PME）
3、基本上任何关于分子模拟的书都会花几页讲一下力场的 ...

感谢您的回复

1 软件层面上，是通过什么东西识别原子类型，挑选对应参数的？有没有哪些资料对NAMD的实现细节进行过阐述？

2 陈正隆的书我看过，确实有讲，但是很简略，也没提NAMD的实现细节
赞一下 回复此楼
3楼2013-05-21 19:25:18
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 9 个回答

fhh2626

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
broken1999: 金币+10, ★★★很有帮助 2013-06-06 20:07:16
1、参数自然是包括在CHARMM力场当中的，你要先知道CHARMM力场的格式
2、NAMD只计算一定范围内的原子（如10A），长程静电作用可以用一定的方法近似（如PME）
3、基本上任何关于分子模拟的书都会花几页讲一下力场的。。。比如陈正隆的那本
赞一下 回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

broken1999
2楼2013-05-21 14:29:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fhh2626

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by broken1999 at 2013-05-21 19:25:18
感谢您的回复

1 软件层面上，是通过什么东西识别原子类型，挑选对应参数的？有没有哪些资料对NAMD的实现细节进行过阐述？

2 陈正隆的书我看过，确实有讲，但是很简略，也没提NAMD的实现细节...

1、Top文件，你把CHARMM力场的格式搞明白就不会要什么具体实现细节了
2、同1
赞一下 回复此楼
4楼2013-05-22 10:34:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yaozhq

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
引用回帖:
3楼: Originally posted by broken1999 at 2013-05-21 19:25:18
感谢您的回复

1 软件层面上，是通过什么东西识别原子类型，挑选对应参数的？有没有哪些资料对NAMD的实现细节进行过阐述？

2 陈正隆的书我看过，确实有讲，但是很简略，也没提NAMD的实现细节...

通过你给的原子类型定义 因为力场是通过定义一个原子类型 然后拟合其相关的各种参数来实现计算的 很简单 就类似于一个表格 你在算一对儿原子作用的时候 分别查看他们的原子类型和他们的成键关系 然后加载力场参数去带公式计算就好了 几乎所有动力学软件都用拓扑文件来保存原子类型和成键关系的  软件实现的细节会远比你想象的复杂 因为期间有各种不同级别的算法的存在 包括并行化的代码 直接看会不大容易理清其中的结构的
赞一下 回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

broken1999
5楼2013-05-23 09:17:37
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 9 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 材料与化工300求调剂 +39 肖开文 2026-04-09 43/2150 2026-04-12 01:30 by 秋豆菜芽
[考研] 316求调剂 +5 想读研究生( ?∵ 2026-04-07 5/250 2026-04-12 00:43 by 蓝云思雨
[硕博家园] 有没有学校材料专业收跨调(一志愿085410) +6 momo(上岸版) 2026-04-06 9/450 2026-04-11 22:38 by wj165256
[考研] 生物学调剂 可调剂到生物与医药 +8 李政莹 2026-04-06 9/450 2026-04-11 10:36 by wwj2530616
[考研] 282，求调剂 +12 jggshjkkm 2026-04-09 14/700 2026-04-11 09:39 by 猪会飞
[考研] 298求调剂 +9 钉叮咚冬瓜 2026-04-07 11/550 2026-04-11 09:35 by zhq0425
[考研] 材料类284调剂 +40 想换手机不想解� 2026-04-08 48/2400 2026-04-10 23:28 by 314126402
[考研] 302分求调剂 +9 凡语祈愿 2026-04-08 10/500 2026-04-10 23:26 by 314126402
[考研] 材料专业344求调剂 +16 hualkop 2026-04-10 21/1050 2026-04-10 17:28 by laoshidan
[考研] 282，电气工程专业，求调剂，不挑专业 +9 jggshjkkm 2026-04-10 9/450 2026-04-10 14:55 by 逆水乘风
[考研] 一志愿211 0703化学 346分求调剂 +22 土豆er? 2026-04-09 23/1150 2026-04-10 10:58 by 高维春
[考研] 青岛科技大学材料学院，环境学院调剂补录4月10日以前都可以 +3 1青科大。 2026-04-09 5/250 2026-04-10 09:58 by 翩翩一书生
[考研] 材料调剂 +11 一样YWY 2026-04-05 11/550 2026-04-10 09:32 by 钟洲2011
[考博] 博士自荐 +7 可可小胖 2026-04-08 7/350 2026-04-10 08:28 by kimhero
[论文投稿] 求助文献原文 10+3 18500821399 2026-04-08 3/150 2026-04-09 16:56 by 北京莱茵润色
[考研] 一志愿鲁东大学071000生物学学硕初试分数276求调剂 +3 慕绝cc 2026-04-09 3/150 2026-04-09 09:57 by liuhuiying09
[考研] 一志愿0807 数一英一 313 有没有二轮调剂 +11 emokidd 2026-04-08 12/600 2026-04-09 09:24 by wyf236
[考研] 085404，334分，求调剂 +5 sunjie8888 2026-04-08 8/400 2026-04-09 07:26 by sunjie8888
[考研] 275 求调剂 +8 Lei812514 2026-04-07 8/400 2026-04-08 12:46 by chemisry
[考研] 265求调剂 +19 小木虫085600 2026-04-06 21/1050 2026-04-08 10:38 by 逆水乘风
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭