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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » NAMD软件在代码层面上是如何计算蛋白质势能的？
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broken1999

木虫 (正式写手)

[求助] NAMD软件在代码层面上是如何计算蛋白质势能的？

NAMD软件
CHARMM力场

蛋白质势能的计算是进行能量最小化的基础
想深入软件代码层面，完全掌握它的计算过程

查过资料，知道势能由以下几部分组成：键伸缩能bond stretching、键角弯曲能angle bending、二面角扭曲能torsion rotation、异常扭曲improper torsion、离平面弯曲Out-of –plane Bending、交叉项cross term、范德华相互作用能van der Waals interactions、静电相互作用能electrostatic contributions几部分组成

但是每个部分里面都涉及到好多参数，这些参数又取决于CHARMM力场
看过namdenergy.tcl的源代码，惘然而无所得，

几个问题各位大牛给予指导
1 NAMD是如何挑选合适的参数进行对势计算的
2 NAMD是否对运算过程进行过优化或近似？难道它就穷举所有原子对势？
3 有没有哪本书，或者资料对NAMD势能计算过程进行过讲解？ 求指点
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1楼 2013-05-21 10:30:32
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broken1999

木虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by fhh2626 at 2013-05-21 14:29:43
1、参数自然是包括在CHARMM力场当中的，你要先知道CHARMM力场的格式
2、NAMD只计算一定范围内的原子（如10A），长程静电作用可以用一定的方法近似（如PME）
3、基本上任何关于分子模拟的书都会花几页讲一下力场的 ...

感谢您的回复

1 软件层面上，是通过什么东西识别原子类型，挑选对应参数的？有没有哪些资料对NAMD的实现细节进行过阐述？

2 陈正隆的书我看过，确实有讲，但是很简略，也没提NAMD的实现细节
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3楼2013-05-21 19:25:18
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fhh2626

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
broken1999: 金币+10, ★★★很有帮助 2013-06-06 20:07:16
1、参数自然是包括在CHARMM力场当中的，你要先知道CHARMM力场的格式
2、NAMD只计算一定范围内的原子（如10A），长程静电作用可以用一定的方法近似（如PME）
3、基本上任何关于分子模拟的书都会花几页讲一下力场的。。。比如陈正隆的那本
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broken1999
2楼2013-05-21 14:29:43
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fhh2626

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by broken1999 at 2013-05-21 19:25:18
感谢您的回复

1 软件层面上，是通过什么东西识别原子类型，挑选对应参数的？有没有哪些资料对NAMD的实现细节进行过阐述？

2 陈正隆的书我看过，确实有讲，但是很简略，也没提NAMD的实现细节...

1、Top文件，你把CHARMM力场的格式搞明白就不会要什么具体实现细节了
2、同1
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4楼2013-05-22 10:34:13
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yaozhq

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
引用回帖:
3楼: Originally posted by broken1999 at 2013-05-21 19:25:18
感谢您的回复

1 软件层面上，是通过什么东西识别原子类型，挑选对应参数的？有没有哪些资料对NAMD的实现细节进行过阐述？

2 陈正隆的书我看过，确实有讲，但是很简略，也没提NAMD的实现细节...

通过你给的原子类型定义 因为力场是通过定义一个原子类型 然后拟合其相关的各种参数来实现计算的 很简单 就类似于一个表格 你在算一对儿原子作用的时候 分别查看他们的原子类型和他们的成键关系 然后加载力场参数去带公式计算就好了 几乎所有动力学软件都用拓扑文件来保存原子类型和成键关系的  软件实现的细节会远比你想象的复杂 因为期间有各种不同级别的算法的存在 包括并行化的代码 直接看会不大容易理清其中的结构的
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broken1999
5楼2013-05-23 09:17:37
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