应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 宏基因组的ORF预测
汕头大学海洋科学接受调剂
111/2返回列表12下一页
查看: 2576  |  回复: 10
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

mengbiotech

金虫 (小有名气)

[求助] 宏基因组的ORF预测 已有1人参与

大家好，我是做宏基因组的。现在在ORF预测上比较纠结。
因为看到很多文献的方法是不一样的。
有的用NCBI 的ORF Finder，这个得到的ORF最多；
有的用MetaGeneMark for MetaGenome Gene Finding，这个比较少，35 kb的能预测到25个左右，SCIENCE有篇文章是用这个；还有篇NATURE用的是SoftBerry，没试过。
有没有同学了解的？他们之间是存在误差的，但是具体哪个好，估计也很难说出来。
大家说说自己的经验吧
谢谢！
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

精彩

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
热爱生活，热爱生命
1楼 2013-05-13 17:18:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

shinesnail

金虫 (小有名气)
小蒙蒙？？？？？
赞一下 回复此楼
2楼2013-05-13 22:14:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

mengbiotech

金虫 (小有名气)
这你都能找到。。。
回复此楼
热爱生活，热爱生命
3楼2013-05-14 08:58:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

mengbiotech

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by shinesnail at 2013-05-13 22:14:44
小蒙蒙？？？？？

这你都能找到。。
回复此楼
热爱生活，热爱生命
4楼2013-05-14 08:58:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

shinesnail

金虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by mengbiotech at 2013-05-14 08:58:51
这你都能找到。。...

关键是你这个mengbiotech名字太眼熟了，随便逛逛的，突然被这几个字母闪了一下眼睛。就进来看看了。果然是你啊。
赞一下 回复此楼
5楼2013-05-14 10:03:16
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wspvi

至尊木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
ORF Finder使用比较多，个人觉得应该用ORF Finder
赞一下 回复此楼
6楼2013-05-14 11:34:17
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

mengbiotech

金虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by wspvi at 2013-05-14 11:34:17
ORF Finder使用比较多，个人觉得应该用ORF Finder

ORF Finder好像很机械的直接按起始子和终止子，预测出来的ORF很多，那个MetaGeneMark就是按某种算法貌似。
您可以找个序列试一下比对比对
赞一下 回复此楼
热爱生活，热爱生命
7楼2013-05-14 11:47:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hudazhangyi

银虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
ORF Finder只是机械按起始密码和终止密码的计算，不准的
赞一下 回复此楼
8楼2013-05-15 12:04:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gxiaoyao

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

楼主能否赐教一下有关宏基因组的问题，这个宏基因组能分析出样品中菌的多样性，但是能对各种菌的含量做一个定量的测定吗，谢谢！
赞一下 回复此楼
9楼2014-01-12 20:52:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

mengbiotech

金虫 (小有名气)
引用回帖:
9楼: Originally posted by gxiaoyao at 2014-01-12 20:52:23
楼主能否赐教一下有关宏基因组的问题，这个宏基因组能分析出样品中菌的多样性，但是能对各种菌的含量做一个定量的测定吗，谢谢！

应该要做一个16S的基因丰度吧，具体也不清楚
赞一下 回复此楼
热爱生活，热爱生命
10楼2014-01-13 08:49:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 mengbiotech 的主题更新
111/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 293求调剂 +16 我爱高数高数爱� 2026-04-12 18/900 2026-04-13 21:47 by 学员JpLReM
[考研] 考研求调剂 +11 子木呐 2026-04-12 12/600 2026-04-13 21:28 by 学员JpLReM
[考研] 一志愿085502，267分求调剂 +18 再忙也要吃饭啊 2026-04-08 19/950 2026-04-13 21:27 by wunaiy88
[考研] 一志愿沪9，326求生物学调剂 +9 刘墨墨 2026-04-13 9/450 2026-04-13 18:59 by lbsjt
[教师之家] 转长聘了 +3 简单化xn 2026-04-13 3/150 2026-04-13 14:18 by wwwkkk83
[考研] 290求调剂 +18 柯淮然 2026-04-12 20/1000 2026-04-13 12:56 by cyh—315
[考研] 339求调剂 +4 hanwudada 2026-04-12 4/200 2026-04-13 12:03 by 蓝云思雨
[考研] 307求调剂 +10 tzq94092 2026-04-10 10/500 2026-04-12 08:18 by wise999
[考研] 305求调剂 +6 77Qi 2026-04-07 6/300 2026-04-12 02:30 by 秋豆菜芽
[考研] 调剂 +6 青灯不负 2026-04-09 6/300 2026-04-11 20:35 by dongdian1
[考研] 求调剂 +6 电气300求调剂不 2026-04-08 6/300 2026-04-11 20:14 by 逆水乘风
[考研] 求调剂 +6 archer.. 2026-04-09 8/400 2026-04-11 10:55 by zhq0425
[考研] 283求调剂，工科！ +12 苏打水7777 2026-04-08 12/600 2026-04-11 10:28 by 逆水乘风
[考研] 广东省 085601 329分求调剂 +14 Eddieddd 2026-04-10 14/700 2026-04-11 09:58 by bljnqdcc
[考研] 调剂 +12 卷卷卷心菜_ 2026-04-09 13/650 2026-04-10 22:36 by Ftglcn90
[考研] 材料专硕(0856) 339分求调剂 +9 哈哈哈鹅哈哈哈 2026-04-09 10/500 2026-04-09 20:01 by Orcid
[考研] 二次调剂求老师收留 +3 笑笑袁 2026-04-08 3/150 2026-04-08 23:50 by 醉在风里
[考研] 软件工程求调剂22软工296分求调剂，接受跨调 +4 yangchen2017 2026-04-08 5/250 2026-04-08 21:56 by 土木硕士招生
[考研] 331求调剂 +5 张元一 2026-04-07 6/300 2026-04-07 22:13 by hemengdong
[考研] 材料调剂 +11 一样YWY 2026-04-07 11/550 2026-04-07 15:13 by shdgaomin
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭