应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 宏基因组的ORF预测
111/2返回列表12下一页
查看: 2515  |  回复: 10
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

mengbiotech

金虫 (小有名气)

[求助] 宏基因组的ORF预测 已有1人参与

大家好，我是做宏基因组的。现在在ORF预测上比较纠结。
因为看到很多文献的方法是不一样的。
有的用NCBI 的ORF Finder，这个得到的ORF最多；
有的用MetaGeneMark for MetaGenome Gene Finding，这个比较少，35 kb的能预测到25个左右，SCIENCE有篇文章是用这个；还有篇NATURE用的是SoftBerry，没试过。
有没有同学了解的？他们之间是存在误差的，但是具体哪个好，估计也很难说出来。
大家说说自己的经验吧
谢谢！
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

精彩

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
热爱生活，热爱生命
1楼 2013-05-13 17:18:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

shinesnail

金虫 (小有名气)
小蒙蒙？？？？？
赞一下 回复此楼
2楼2013-05-13 22:14:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

mengbiotech

金虫 (小有名气)
这你都能找到。。。
回复此楼
热爱生活，热爱生命
3楼2013-05-14 08:58:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

mengbiotech

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by shinesnail at 2013-05-13 22:14:44
小蒙蒙？？？？？

这你都能找到。。
回复此楼
热爱生活，热爱生命
4楼2013-05-14 08:58:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

shinesnail

金虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by mengbiotech at 2013-05-14 08:58:51
这你都能找到。。...

关键是你这个mengbiotech名字太眼熟了，随便逛逛的，突然被这几个字母闪了一下眼睛。就进来看看了。果然是你啊。
赞一下 回复此楼
5楼2013-05-14 10:03:16
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wspvi

至尊木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
ORF Finder使用比较多，个人觉得应该用ORF Finder
赞一下 回复此楼
6楼2013-05-14 11:34:17
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

mengbiotech

金虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by wspvi at 2013-05-14 11:34:17
ORF Finder使用比较多，个人觉得应该用ORF Finder

ORF Finder好像很机械的直接按起始子和终止子，预测出来的ORF很多，那个MetaGeneMark就是按某种算法貌似。
您可以找个序列试一下比对比对
赞一下 回复此楼
热爱生活，热爱生命
7楼2013-05-14 11:47:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hudazhangyi

银虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
ORF Finder只是机械按起始密码和终止密码的计算，不准的
赞一下 回复此楼
8楼2013-05-15 12:04:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gxiaoyao

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

楼主能否赐教一下有关宏基因组的问题，这个宏基因组能分析出样品中菌的多样性，但是能对各种菌的含量做一个定量的测定吗，谢谢！
赞一下 回复此楼
9楼2014-01-12 20:52:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

mengbiotech

金虫 (小有名气)
引用回帖:
9楼: Originally posted by gxiaoyao at 2014-01-12 20:52:23
楼主能否赐教一下有关宏基因组的问题，这个宏基因组能分析出样品中菌的多样性，但是能对各种菌的含量做一个定量的测定吗，谢谢！

应该要做一个16S的基因丰度吧，具体也不清楚
赞一下 回复此楼
热爱生活，热爱生命
10楼2014-01-13 08:49:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 mengbiotech 的主题更新
111/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 求材料，环境专业调剂 +3 18567500178 2026-03-18 3/150 2026-03-23 23:50 by 热情沙漠
[考研] 335求调剂 +4 yuyu宇 2026-03-23 5/250 2026-03-23 23:49 by Txy@872106
[考研] 一志愿吉大化学322求调剂 +3 17501029541 2026-03-23 4/200 2026-03-23 23:47 by Txy@872106
[考研] 一志愿北京化工大学 070300 学硕 336分 求调剂 +7 vv迷 2026-03-22 7/350 2026-03-23 23:44 by Txy@872106
[考研] 一志愿华东理工大学081700，初试分数271 +4 kotoko_ik 2026-03-23 5/250 2026-03-23 23:23 by 呆呆师姐
[考研] 269求调剂 +4 我想读研11 2026-03-23 4/200 2026-03-23 21:25 by pswait
[考研] 一志愿南航材料专317分求调剂 +3 炸呀炸呀炸薯条 2026-03-23 3/150 2026-03-23 20:47 by pswait
[考研] 考研化学308分求调剂 +7 你好明天你好 2026-03-23 8/400 2026-03-23 18:39 by macy2011
[考研] 工科0856求调剂 +5 沐析汀汀 2026-03-21 5/250 2026-03-23 17:56 by 海瑟薇-
[考研] 316求调剂 +7 梁茜雯 2026-03-19 7/350 2026-03-23 16:21 by lingjue
[考研] 291求调剂 +5 孅華 2026-03-22 5/250 2026-03-23 09:20 by haoshis
[考研] 319求调剂 +4 小力气珂珂 2026-03-20 4/200 2026-03-22 15:53 by ColorlessPI
[考研] 260求调剂 +3 朱芷琳 2026-03-20 4/200 2026-03-22 15:12 by 朱芷琳
[考研] 285求调剂 +6 ytter 2026-03-22 6/300 2026-03-22 12:09 by 星空星月
[考研] 0805材料320求调剂 +3 深海物语 2026-03-20 3/150 2026-03-21 15:46 by 无际的草原
[考研] 求调剂 +6 Mqqqqqq 2026-03-19 6/300 2026-03-21 08:04 by JourneyLucky
[考研] 304求调剂 +6 曼殊2266 2026-03-18 6/300 2026-03-21 00:32 by JourneyLucky
[考研] 一志愿中海洋材料工程专硕330分求调剂 +8 小材化本科 2026-03-18 8/400 2026-03-20 23:16 by JourneyLucky
[考研] 085600材料与化工求调剂 +6 绪幸与子 2026-03-17 6/300 2026-03-19 13:27 by houyaoxu
[考研] 材料考研调剂 +3 xwt。 2026-03-19 3/150 2026-03-19 11:22 by w沐阳w
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭