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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 宏基因组的ORF预测
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mengbiotech

金虫 (小有名气)

[求助] 宏基因组的ORF预测 已有1人参与

大家好，我是做宏基因组的。现在在ORF预测上比较纠结。
因为看到很多文献的方法是不一样的。
有的用NCBI 的ORF Finder，这个得到的ORF最多；
有的用MetaGeneMark for MetaGenome Gene Finding，这个比较少，35 kb的能预测到25个左右，SCIENCE有篇文章是用这个；还有篇NATURE用的是SoftBerry，没试过。
有没有同学了解的？他们之间是存在误差的，但是具体哪个好，估计也很难说出来。
大家说说自己的经验吧
谢谢！
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热爱生活，热爱生命
1楼 2013-05-13 17:18:51
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shinesnail

金虫 (小有名气)
小蒙蒙？？？？？
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2楼2013-05-13 22:14:44
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mengbiotech

金虫 (小有名气)
这你都能找到。。。
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热爱生活，热爱生命
3楼2013-05-14 08:58:36
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mengbiotech

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by shinesnail at 2013-05-13 22:14:44
小蒙蒙？？？？？

这你都能找到。。
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热爱生活，热爱生命
4楼2013-05-14 08:58:51
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shinesnail

金虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by mengbiotech at 2013-05-14 08:58:51
这你都能找到。。...

关键是你这个mengbiotech名字太眼熟了，随便逛逛的，突然被这几个字母闪了一下眼睛。就进来看看了。果然是你啊。
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5楼2013-05-14 10:03:16
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wspvi

至尊木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
ORF Finder使用比较多，个人觉得应该用ORF Finder
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6楼2013-05-14 11:34:17
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mengbiotech

金虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by wspvi at 2013-05-14 11:34:17
ORF Finder使用比较多，个人觉得应该用ORF Finder

ORF Finder好像很机械的直接按起始子和终止子，预测出来的ORF很多，那个MetaGeneMark就是按某种算法貌似。
您可以找个序列试一下比对比对
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热爱生活，热爱生命
7楼2013-05-14 11:47:48
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hudazhangyi

银虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
ORF Finder只是机械按起始密码和终止密码的计算，不准的
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8楼2013-05-15 12:04:09
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gxiaoyao

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

楼主能否赐教一下有关宏基因组的问题，这个宏基因组能分析出样品中菌的多样性，但是能对各种菌的含量做一个定量的测定吗，谢谢！
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9楼2014-01-12 20:52:23
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mengbiotech

金虫 (小有名气)
引用回帖:
9楼: Originally posted by gxiaoyao at 2014-01-12 20:52:23
楼主能否赐教一下有关宏基因组的问题，这个宏基因组能分析出样品中菌的多样性，但是能对各种菌的含量做一个定量的测定吗，谢谢！

应该要做一个16S的基因丰度吧，具体也不清楚
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热爱生活，热爱生命
10楼2014-01-13 08:49:50
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