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sls19881024

银虫 (小有名气)

[求助] 扩增引物有关

大家帮我看一一下这一对引物可用嘛?一般引物要达到啥样的标准~~~最近一直使用这对引物PCR,一直没有条带,会不会是引物的原因啊?下面是用DNAMAN来评估的结果,望大家帮忙给出意见~~~
Two primers complementarity.
Max complementarity in continuous: 5 bp, free energy=-2.00 Kcal/mol
5'-GGATCCATGTCAACAGTTTTTGTTAATG-3'
                      |||||
3'-GAGACAACTAACTAACTTGAAACAGCTG-5'



Max complementarity in discontinuous: 9 bp
              5'-GGATCCATGTCAACAGTTTTTGTTAATG-3'
                  || |  |||| ||
3'-GAGACAACTAACTAACTTGAAACAGCTG-5'
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小松
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cicelyzh

铁杆木虫 (职业作家)

引用回帖:
7楼: Originally posted by sls19881024 at 2013-05-15 20:04:30
你好    我想问一下,这种参数要在什么范围就能够达到标准啊?Two primers complementarity.
Max complementarity in continuous: 5 bp, free energy=-2.00 Kcal/mol...

也没有什么固定标准。一般的引物,只要不是连续超过8bp应该可以P出来的。而且,互补的位置也会影响PCR,一般希望引物的3'端最好不要形成互补。如果是做荧光定量,引物的质量要求比较高,这些结构越少越好。
8楼2013-05-15 23:48:00
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查看全部 8 个回答

cicelyzh

铁杆木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
sls19881024: 金币+5, ★有帮助 2013-05-11 08:34:50
myprayer: 金币+1, 赠人玫瑰手有余香,鼓励应助,分子生物版块期待你的更多精彩。 2013-05-11 09:41:38
引物做什么用?荧光定量的话肯定不行的。一般的克隆应该可以。
2楼2013-05-11 07:01:11
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意孤城_

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
sls19881024(gyesang代发): 金币+2, 鼓励回帖应助! 2013-05-11 14:54:05
gyesang: 回帖置顶 2013-05-11 14:54:09
P不出来不单单是引物的问题,你的目的条带多少决定你的延伸时间,反应体系合不合理,引物和模版的量合不合适,退火温度行不行都要考虑。
3楼2013-05-11 10:06:15
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86964109

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
sls19881024(gyesang代发): 金币+2, 鼓励回帖应助! 2013-05-11 14:54:17
sls19881024: 金币+2, ★有帮助 2013-05-11 15:33:08
sls19881024: 金币+9, ★★★很有帮助 2013-05-14 08:03:22
你的反应条件怎么设置的,产物大小是多少?这个可能影响你的实验结果。另外你的引物二聚体有点严重啊,如果是定量PCR的话,在重新设计一对吧,还有能确定你的模板好用吗,内参验证过么?有阳性对照么?
4楼2013-05-11 13:53:38
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