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angjzy木虫 (小有名气)
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[求助]
关于伞状模拟的一个问题
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我做的是将一个脂分子从蛋白里面拉出来，pull code分别将k1值设置成100和1000 kJ/mol/nm2，各跑了一个模拟。 然后在做伞状模拟的时候，分别测定了pmf，用k1＝100做的能障是30kJ，用k1＝1000做出来的能障是80kJ。这里就不是很明白，能障来讲，同样是一个pull的过程，为什么k1会对能障有影响呢？同一体系的能障不应该是一样的么？ 求助大侠解答啊～～～ 另外还有一个技术问题，g－wham命令同时能够得到一个histo的图，能检查我选取的点是否能够完整覆盖整个模拟。比如我的图在2nm处空白较大，没有峰形覆盖，想补充这一区域的话，是不是应该在2nm处再选几个window呢？我这样试过了的，在2nm处加了几个window，但是覆盖效果依旧不理想，不太明白是怎么回事，求解答～～～ |
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angjzy
木虫 (小有名气)
- 应助: 5 (幼儿园)
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3楼2013-05-08 21:50:16
【答案】应助回帖
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感谢参与，应助指数 +1
ben_ladeng: 金币+1, 谢谢交流 2013-05-09 10:41:49
angjzy: 金币+50 2013-05-24 23:38:39
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angjzy: 金币+50 2013-05-24 23:38:39
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计算这个你应该看过gromacs计算PMF 的教程了吧？ 设置k1＝100 似乎有点儿小了，推荐你参考3篇文献，这三篇中都有计算PMF 的： 1、Molecular dynamics study of the effect of cholesterol on the properties of lipid monolayers at low surface tensions 2、Computational investigation of interaction between nanoparticles and membranes: hydrophobic/hydrophilic effect 3、Computer simulation study of fullerene translocation through lipid membranes 你用用k1＝1000 的时候，再在2nm处增加窗口试试。 |
2楼2013-05-08 21:37:05
4楼2013-05-08 21:57:05
5楼2013-05-25 07:54:07