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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » 关于伞状模拟的一个问题
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angjzy

木虫 (小有名气)

[求助] 关于伞状模拟的一个问题

我做的是将一个脂分子从蛋白里面拉出来，pull code分别将k1值设置成100和1000 kJ/mol/nm2，各跑了一个模拟。
然后在做伞状模拟的时候，分别测定了pmf，用k1＝100做的能障是30kJ，用k1＝1000做出来的能障是80kJ。这里就不是很明白，能障来讲，同样是一个pull的过程，为什么k1会对能障有影响呢？同一体系的能障不应该是一样的么？

求助大侠解答啊～～～


另外还有一个技术问题，g－wham命令同时能够得到一个histo的图，能检查我选取的点是否能够完整覆盖整个模拟。比如我的图在2nm处空白较大，没有峰形覆盖，想补充这一区域的话，是不是应该在2nm处再选几个window呢？我这样试过了的，在2nm处加了几个window，但是覆盖效果依旧不理想，不太明白是怎么回事，求解答～～～
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1楼 2013-05-08 21:15:26
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
ben_ladeng: 金币+1, 谢谢交流 2013-05-09 10:41:49
angjzy: 金币+50 2013-05-24 23:38:39
计算这个你应该看过gromacs计算PMF 的教程了吧？
设置k1＝100 似乎有点儿小了，推荐你参考3篇文献，这三篇中都有计算PMF 的：

1、Molecular dynamics study of the effect of cholesterol on the properties of lipid monolayers at low surface tensions
2、Computational investigation of interaction between nanoparticles and membranes: hydrophobic/hydrophilic effect
3、Computer simulation study of fullerene translocation through lipid membranes

你用用k1＝1000 的时候，再在2nm处增加窗口试试。
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2楼2013-05-08 21:37:05
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angjzy

木虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2013-05-08 21:37:05
计算这个你应该看过gromacs计算PMF 的教程了吧？
设置k1＝100 似乎有点儿小了，推荐你参考3篇文献，这三篇中都有计算PMF 的：

1、Molecular dynamics study of the effect of cholesterol on the properties of ...

教程看过了，本来是设置1000的，后来教授让我设置了一个100的也跑跑，意图我领会的不是很深刻。我看看这三篇文献有没有帮助先吧。第三篇我们学校的数据库搜不到

1000的窗口我也增加了，还是把握的不好，不是偏前就是偏后，不能正好把空白覆盖

谢谢回复
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3楼2013-05-08 21:50:16
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

哈哈哈，我导师让我比较过1000 和10000
不行的话，你用10000 试试呗，
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4楼2013-05-08 21:57:05
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)
引用回帖:
3楼: Originally posted by angjzy at 2013-05-08 21:50:16
教程看过了，本来是设置1000的，后来教授让我设置了一个100的也跑跑，意图我领会的不是很深刻。我看看这三篇文献有没有帮助先吧。第三篇我们学校的数据库搜不到

1000的窗口我也增加了，还是把握的不好，不是偏 ...

第三篇是nature nanotechnology 的文章，你直接在google里就能找到PDF 文件
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5楼2013-05-25 07:54:07
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