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zfcxf915

木虫 (小有名气)

[求助] 请问用分子对接能否模拟含有金属离子的体系，谢谢

各位专家，我想模拟DNA与金属离子（如铜离子、镍离子），小分子药物之间的相互作用，请问用sybyl能否模拟含有金属离子的体系，谢谢
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1楼2013-05-04 09:40:51
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zxdcs1010

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zfcxf915: 金币+5, ★★★很有帮助 2013-05-04 11:00:24
zfcxf915: 金币+5, ★★★很有帮助 2013-05-06 08:10:23
不能，flexX就是一鸡肋，因为其是商业软件，所以不能修改参数，导致你的金属离子不能识别，autodock是个不错的选择
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lipeng43
2楼2013-05-04 10:28:15
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zxdcs1010

木虫 (正式写手)
对啦，好像flexX连DNA都无法识别吧，flexX早期版本只能做蛋白质
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3楼2013-05-04 10:32:34
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zfcxf915

木虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by zxdcs1010 at 2013-05-04 10:28:15
不能，flexX就是一鸡肋，因为其是商业软件，所以不能修改参数，导致你的金属离子不能识别，autodock是个不错的选择

您好，请问autodock可以识别金属离子和DNA这个体系是吗？
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4楼2013-05-04 11:00:09
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zxdcs1010

木虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by zfcxf915 at 2013-05-04 11:00:09
您好，请问autodock可以识别金属离子和DNA这个体系是吗？...

嗯，是的。autodock可以识别大多数的常见的金属离子，你提到的铜离子肯定识别、镍离子我没有印象，即使不识别，你自己也可添加镍离子的参数，因为autodock是开源的。
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5楼2013-05-05 10:51:54
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zfcxf915

木虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by zxdcs1010 at 2013-05-05 10:51:54
嗯，是的。autodock可以识别大多数的常见的金属离子，你提到的铜离子肯定识别、镍离子我没有印象，即使不识别，你自己也可添加镍离子的参数，因为autodock是开源的。...

谢谢！
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6楼2013-05-06 08:09:50
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lipeng43

银虫 (小有名气)
送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by zxdcs1010 at 2013-05-04 10:28:15
不能，flexX就是一鸡肋，因为其是商业软件，所以不能修改参数，导致你的金属离子不能识别，autodock是个不错的选择

请问autodock金属怎么和分子对接？

发自小木虫Android客户端
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7楼2017-04-03 17:33:38
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