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zfcxf915

木虫 (小有名气)

[求助] 请问用分子对接能否模拟含有金属离子的体系,谢谢

各位专家,我想模拟DNA与金属离子(如铜离子、镍离子),小分子药物之间的相互作用,请问用sybyl能否模拟含有金属离子的体系,谢谢
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zfcxf915

木虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by zxdcs1010 at 2013-05-04 10:28:15
不能,flexX就是一鸡肋,因为其是商业软件,所以不能修改参数,导致你的金属离子不能识别,autodock是个不错的选择

您好,请问autodock可以识别金属离子和DNA这个体系是吗?
4楼2013-05-04 11:00:09
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zxdcs1010

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
zfcxf915: 金币+5, ★★★很有帮助 2013-05-04 11:00:24
zfcxf915: 金币+5, ★★★很有帮助 2013-05-06 08:10:23
不能,flexX就是一鸡肋,因为其是商业软件,所以不能修改参数,导致你的金属离子不能识别,autodock是个不错的选择

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

2楼2013-05-04 10:28:15
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zxdcs1010

木虫 (正式写手)

对啦,好像flexX连DNA都无法识别吧,flexX早期版本只能做蛋白质
3楼2013-05-04 10:32:34
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zxdcs1010

木虫 (正式写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by zfcxf915 at 2013-05-04 11:00:09
您好,请问autodock可以识别金属离子和DNA这个体系是吗?...

嗯,是的。autodock可以识别大多数的常见的金属离子,你提到的铜离子肯定识别、镍离子我没有印象,即使不识别,你自己也可添加镍离子的参数,因为autodock是开源的。
5楼2013-05-05 10:51:54
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