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如何用chemdraw画配合物
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本人想做金属离子配合物的分子模拟对接（用sybyl做），看到网上说可以用chemdraw画配合物，于是我试了一下。确实可以画。结果如图所示： 但是当导入到chem3D的时候就有问题了，如下图：  ===== 问题： （1）这是什么原因？如何解决？ （2）如果我想做对接的话，还有别的软件可以画金属离子配合物吗？在sybyl软件里可以画吗？ （3）画好之后我用什么力场去优化？ 。。。。。 本人比较菜，才学分子对接。。。。。。。。 希望大家多多指教。。。。。。 [ Last edited by x-cool on 2012-5-6 at 22:18 ] |
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我用GaussView搭建的构型 标准的D5对称性的二茂铁 mol文件格式 抱走吧 |
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zhou2009: 金币+3 2012-05-07 08:34:26
zhou2009: 金币+3 2012-05-07 08:34:26
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首先声明我不懂力场啊 回答你的前两个问题： （1）这是什么原因？如何解决？ ChemOffice简直就是小孩子的玩具。Chem3D从ChemDraw结构去猜立体结构，鲜有不啼笑皆非的。没有解决方法，惟一的方法就是换软件。 （2）如果我想做对接的话，还有别的软件可以画金属离子配合物吗？在sybyl软件里可以画吗？ 当然有，我一直用GaussView。当然VMD也完全可以。MS的图形界面非常好用。还有ChemCraft等等很多漂亮的分子模型软件。不过我最依赖的还是GaussView （3）画好之后我用什么力场去优化？ 这个问题还是去问“分子模拟吧”吧 |
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