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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » 求助LAMMPS关于MSD计算的问题
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胡博洋的洋

金虫 (小有名气)

[求助] 求助LAMMPS关于MSD计算的问题

大家好，我想问下在LAMMPS中如何计算一个体系中的不同原子的MSD呢，我看了有条命令是定义计算group的MSD，是不是我要把那些不同的原子分别定义成不同的group，然后再
compute 1 group-ID msd
compute 2 group-ID msd
。。。。。。。。。。。。
以此类推下去？
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不得求之
1楼 2013-05-02 19:55:07
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ddll_slsl

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+1, 鼓励交流 2013-05-03 22:40:38
按手册，试一下不就知道了？没必要在这里问。
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2楼2013-05-02 20:17:53
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胡博洋的洋

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by ddll_slsl at 2013-05-02 20:17:53
按手册，试一下不就知道了？没必要在这里问。

嗯，谢谢你提醒，我是怕这样计算出来的结果我分析不出来是否会有负面影响。想听听大家的意见和经验~
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不得求之
3楼2013-05-02 22:58:05
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ddll_slsl

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
jiaoyixiong: 金币+1, 赞，精辟 2013-05-03 22:40:48
你的模型， 当然你自己最有数。 别人帮不了你。
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4楼2013-05-03 21:58:33
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胡博洋的洋

金虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 胡博洋的洋 at 2013-05-02 22:58:05
嗯，谢谢你提醒，我是怕这样计算出来的结果我分析不出来是否会有负面影响。想听听大家的意见和经验~...

5楼2013-05-03 22:49:10
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老虎大王

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
胡博洋的洋: 金币+10, 谢谢，这样就放心很多了~ 2013-05-04 08:48:49
是的。你的理解是正确的。
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6楼2013-05-04 07:32:09
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胡博洋的洋

金虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by 老虎大王 at 2013-05-04 07:32:09
是的。你的理解是正确的。

你好，我想再问下您知道Buckingham势参数的拟合方式吗，或者是有没有相关的文献可以参考。感激不尽！需要Li-Li,Li-Fe,Li-P,Fe-Fe,Fe-P,P-P，的Buckingham势参数····
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不得求之
7楼2013-05-04 13:20:00
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hasisjc

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
6楼: Originally posted by 老虎大王 at 2013-05-04 07:32:09
是的。你的理解是正确的。

额~~~我试过这样了，不过计算出来的msd都是一样的，请问是怎么回事呢？
除了all之外，我定义了两个group，分别是两个原子类型，设置了3个compute msd命令，但是计算出来的三组值是一样的~~~
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8楼2013-05-09 14:21:26
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hasisjc

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 胡博洋的洋 at 2013-05-02 22:58:05
嗯，谢谢你提醒，我是怕这样计算出来的结果我分析不出来是否会有负面影响。想听听大家的意见和经验~...

不知道楼主解决这个问题了没有，我是计算了不同group原子的msd的，但是发现结果和group all的是一样的
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9楼2013-05-09 14:31:43
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胡博洋的洋

金虫 (小有名气)
引用回帖:
9楼: Originally posted by hasisjc at 2013-05-09 14:31:43
不知道楼主解决这个问题了没有，我是计算了不同group原子的msd的，但是发现结果和group all的是一样的...

不会吧，我计算出来的比较符合我的预期值，你在细看看看。如果不是compute命令的问题就fix命令的问题，是不是里面的那个有问题~仔细点~
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不得求之
10楼2013-05-10 08:34:40
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