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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 高斯优化查看结构，发现H-O键消失，但是H原子还在？
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aixiaok110

木虫 (著名写手)

[求助] 高斯优化查看结构，发现H-O键消失，但是H原子还在？

高斯优化查看结构，发现H-O键消失，但是H原子还在？优化正常结束，四个YES？是神马情况？用GAUSSVIEW看的，GJF文件查看H-O键是连接的

[ Last edited by aixiaok110 on 2013-4-18 at 13:31 ]
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1楼 2013-04-18 13:30:17
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

vigaryang

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zhou2009: 金币+2 2013-04-18 14:25:30
aixiaok110: 金币+2, ★★★很有帮助, 感谢你的帮助！ 2013-04-21 21:39:42
GaussView对两个原子成键与否的判断是很武断的，GaussView中键消失并不意味着真的发生了键的断裂。只要H原子和O原子的距离没有变得太大，可以认为键没有断。
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2楼2013-04-18 13:57:05
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ZJboy

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
7楼: Originally posted by aixiaok110 at 2013-04-18 20:24:29
单晶CIF中H-O键长为0.8508，是比较合理的值，而gaussian   计算的键长达到1.022，超过了H-O键的正常的值很多了呢？...

所谓的比较合理是因为加氢时一般都是理论加氢，也就是在比较合理的方向上加一个氢原子并且给它一个合理的键长。一般来说，我们解单晶并不知道氢原子的实际位置。
    优化后一般键长略变长，幅度取决于你使用的方法与基组。但看你要讨论的是什么问题，不用看某个键“断了”就认为方法不合适。
     无论是单晶解析，还是理论计算上的优化，你都不应仅把原子间有无连线看作它们是否成键的标准。
      单晶解析时程序也未必会把两个有作用的原子连起来，因为有时它们之间的距离超过程序设定的默认值，但它们之间可能有弱作用。反过来，有时两个原子尽管不成键，却离得比较近，程序会把它们连起来。
      总之，要根据你的化学常识及能用的其他手段判断原子间是否成键。不要迷信所谓的连线与否。
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8楼2013-04-18 22:02:01
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ZJboy

木虫 (著名写手)
引用回帖:
19楼: Originally posted by aixiaok110 at 2013-04-20 13:02:48
我还是初次接触量化计算，我知道在gaussianview操作窗口加pop=（full,nboread)，但是您说的好像在窗口怎么加？是不是在svae时，弹出的记事本文档中加 $NBO BNDIDX $End 么？这样就在提交计算时，就把这些指令保存在 ...

用写字板打开输入文件，在命令行中写
#p B3LYP/6-311+g pop=(full,nboread)
其它指令自己加
然后是
（原子坐标）
（一个空行）
$NBO BNDIDX $End
最后保存就可以。
内存及并行的CPU个数自己改。
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21楼2013-04-20 16:07:09
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aixiaok110

木虫 (著名写手)
引用回帖:
30楼: Originally posted by 怡飘的云彩 at 2014-04-17 20:25:34
想问楼主最后是怎么处理的，因为我今天也遇到了这样的问题，基组和方法和楼主都是一样的。谢谢！

你吧所有这帖子都看一遍，从别人对我的回答就知道了啊，GaussView是从键的距离大小来认为成键的，算个键级，只要O-H的键长在的范围就不理它，假如这样拷贝图时，你自己在H,O之间加一个单键就是了
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31楼2014-04-17 23:07:57
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普通回帖

aixiaok110

木虫 (著名写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by vigaryang at 2013-04-18 13:57:05
GaussView对两个原子成键与否的判断是很武断的，GaussView中键消失并不意味着真的发生了键的断裂。只要H原子和O原子的距离没有变得太大，可以认为键没有断。

那是不是可以人为的再把这个键连接上吗？在COPY优化后的结构图时？
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3楼2013-04-18 16:17:36
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aixiaok110

木虫 (著名写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by vigaryang at 2013-04-18 13:57:05
GaussView对两个原子成键与否的判断是很武断的，GaussView中键消失并不意味着真的发生了键的断裂。只要H原子和O原子的距离没有变得太大，可以认为键没有断。

优化的结构是有晶体文件CIF转化为mol2，然后有gaussviewda打开，转化为gjf文件计算的，不知这样也会断裂消失吗？
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4楼2013-04-18 16:28:20
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wangsihang

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
aixiaok110: 金币+2, 感谢你帮助！ 2013-04-21 21:40:02
可以自己连上，但是这个没关系，此时的O-H键长以及超出了Gv认为的正常化学键的范围了。
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5楼2013-04-18 16:52:49
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ZJboy

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
引用回帖:
4楼: Originally posted by aixiaok110 at 2013-04-18 16:28:20
优化的结构是有晶体文件CIF转化为mol2，然后有gaussviewda打开，转化为gjf文件计算的，不知这样也会断裂消失吗？...

因为这个分子中的这个键比较弱吧。和分子结构的输入模型的来源无太大关系。另外，不要迷信单晶结构数据.....
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6楼2013-04-18 18:08:37
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aixiaok110

木虫 (著名写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by ZJboy at 2013-04-18 18:08:37
因为这个分子中的这个键比较弱吧。和分子结构的输入模型的来源无太大关系。另外，不要迷信单晶结构数据........

单晶CIF中H-O键长为0.8508，是比较合理的值，而gaussian   计算的键长达到1.022，超过了H-O键的正常的值很多了呢？
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7楼2013-04-18 20:24:29
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ZJboy

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

下次问这种问题，建议把计算的方法与基组一并给出。谢谢。
另外，GJF是输入文件，其实就是优化前O与H离得比较近，优化后远了。
这应该是你想表达的意思吧。
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9楼2013-04-18 22:04:35
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aixiaok110

木虫 (著名写手)
引用回帖:
9楼: Originally posted by ZJboy at 2013-04-18 22:04:35
下次问这种问题，建议把计算的方法与基组一并给出。谢谢。
另外，GJF是输入文件，其实就是优化前O与H离得比较近，优化后远了。
这应该是你想表达的意思吧。

是的，分子中有CHONBr原子，使用的是DFT   B3LYP,6-311+基组
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10楼2013-04-19 07:37:59
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