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aixiaok110

木虫 (著名写手)

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[求助] 高斯优化查看结构，发现H-O键消失，但是H原子还在？

高斯优化查看结构，发现H-O键消失，但是H原子还在？优化正常结束，四个YES？是神马情况？用GAUSSVIEW看的，GJF文件查看H-O键是连接的

[ Last edited by aixiaok110 on 2013-4-18 at 13:31 ]

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1楼 2013-04-18 13:30:17

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ZJboy

木虫 (著名写手)

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【答案】应助回帖

引用回帖:

7楼: Originally posted by aixiaok110 at 2013-04-18 20:24:29
单晶CIF中H-O键长为0.8508，是比较合理的值，而gaussian 计算的键长达到1.022，超过了H-O键的正常的值很多了呢？...

所谓的比较合理是因为加氢时一般都是理论加氢，也就是在比较合理的方向上加一个氢原子并且给它一个合理的键长。一般来说，我们解单晶并不知道氢原子的实际位置。
优化后一般键长略变长，幅度取决于你使用的方法与基组。但看你要讨论的是什么问题，不用看某个键“断了”就认为方法不合适。
   无论是单晶解析，还是理论计算上的优化，你都不应仅把原子间有无连线看作它们是否成键的标准。
   单晶解析时程序也未必会把两个有作用的原子连起来，因为有时它们之间的距离超过程序设定的默认值，但它们之间可能有弱作用。反过来，有时两个原子尽管不成键，却离得比较近，程序会把它们连起来。
   总之，要根据你的化学常识及能用的其他手段判断原子间是否成键。不要迷信所谓的连线与否。