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aixiaok110

木虫 (著名写手)

[求助] 高斯优化查看结构,发现H-O键消失,但是H原子还在?

高斯优化查看结构,发现H-O键消失,但是H原子还在?优化正常结束,四个YES?是神马情况?用GAUSSVIEW看的,GJF文件查看H-O键是连接的

[ Last edited by aixiaok110 on 2013-4-18 at 13:31 ]
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aixiaok110

木虫 (著名写手)

引用回帖:
6楼: Originally posted by ZJboy at 2013-04-18 18:08:37
因为这个分子中的这个键比较弱吧。和分子结构的输入模型的来源无太大关系。另外,不要迷信单晶结构数据........

单晶CIF中H-O键长为0.8508,是比较合理的值,而gaussian   计算的键长达到1.022,超过了H-O键的正常的值很多了呢?
7楼2013-04-18 20:24:29
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vigaryang

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
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zhou2009: 金币+2 2013-04-18 14:25:30
aixiaok110: 金币+2, ★★★很有帮助, 感谢你的帮助! 2013-04-21 21:39:42
GaussView对两个原子成键与否的判断是很武断的,GaussView中键消失并不意味着真的发生了键的断裂。只要H原子和O原子的距离没有变得太大,可以认为键没有断。
2楼2013-04-18 13:57:05
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aixiaok110

木虫 (著名写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by vigaryang at 2013-04-18 13:57:05
GaussView对两个原子成键与否的判断是很武断的,GaussView中键消失并不意味着真的发生了键的断裂。只要H原子和O原子的距离没有变得太大,可以认为键没有断。

那是不是可以人为的再把这个键连接上吗?在COPY优化后的结构图时?
3楼2013-04-18 16:17:36
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aixiaok110

木虫 (著名写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by vigaryang at 2013-04-18 13:57:05
GaussView对两个原子成键与否的判断是很武断的,GaussView中键消失并不意味着真的发生了键的断裂。只要H原子和O原子的距离没有变得太大,可以认为键没有断。

优化的结构是有晶体文件CIF转化为mol2,然后有gaussviewda打开,转化为gjf文件计算的,不知这样也会断裂消失吗?
4楼2013-04-18 16:28:20
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