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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 高斯优化查看结构，发现H-O键消失，但是H原子还在？
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ZJboy

木虫 (著名写手)
引用回帖:
19楼: Originally posted by aixiaok110 at 2013-04-20 13:02:48
我还是初次接触量化计算，我知道在gaussianview操作窗口加pop=（full,nboread)，但是您说的好像在窗口怎么加？是不是在svae时，弹出的记事本文档中加 $NBO BNDIDX $End 么？这样就在提交计算时，就把这些指令保存在 ...

用写字板打开输入文件，在命令行中写
#p B3LYP/6-311+g pop=(full,nboread)
其它指令自己加
然后是
（原子坐标）
（一个空行）
$NBO BNDIDX $End
最后保存就可以。
内存及并行的CPU个数自己改。
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21楼2013-04-20 16:07:09
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aixiaok110

木虫 (著名写手)
引用回帖:
21楼: Originally posted by ZJboy at 2013-04-20 16:07:09
用写字板打开输入文件，在命令行中写
#p B3LYP/6-311+g pop=(full,nboread)
其它指令自己加
然后是
（原子坐标）
（一个空行）
$NBO BNDIDX $End
最后保存就可以。
内存及并行的CPU个数自己改。...

还请问您，照您说的：“
用写字板打开输入文件，在命令行中写
#p B3LYP/6-311+g pop=(full,nboread)
其它指令自己加
然后是
（原子坐标）
（一个空行）
$NBO BNDIDX $End
最后保存就可以。
"改写了的输入GJF文件，是不是还需要再次优化，也即加上OPT关键字？还是这改写了输入文件就是刚刚前面优化好了的文件，也就是这NBO计算是在原来优化好了的基础上继续计算的？
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22楼2013-04-20 20:11:52
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ZJboy

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
aixiaok110: 金币+10, ★★★★★最佳答案, 感谢 你的帮助和付出！ 2013-04-21 21:38:26
aixiaok110: 金币+4, ★★★★★最佳答案, 再次感谢你！ 2013-04-21 21:41:43
引用回帖:
22楼: Originally posted by aixiaok110 at 2013-04-20 20:11:52
还请问您，照您说的：“
用写字板打开输入文件，在命令行中写
#p B3LYP/6-311+g pop=(full,nboread)
其它指令自己加
然后是
（原子坐标）
（一个空行）
$NBO BNDIDX $End
最后保存就可以。
"改写了 ...

当然了。除非你还有其它目的，认为需要优化。
但如果只是算键级，那直接算就可以。
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23楼2013-04-20 21:25:17
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aixiaok110

木虫 (著名写手)
引用回帖:
23楼: Originally posted by ZJboy at 2013-04-20 21:25:17
当然了。除非你还有其它目的，认为需要优化。
但如果只是算键级，那直接算就可以。...

不好意思，从你的答复，我没能理解，到底要再次加OPT优化，而没利用上次优化的结果，还是不用加OPT优化了，就是按你说说的了，改了就是直接利用次优化的结果了？在改过的输入文件？
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24楼2013-04-20 21:43:54
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ZJboy

木虫 (著名写手)
引用回帖:
24楼: Originally posted by aixiaok110 at 2013-04-20 21:43:54
不好意思，从你的答复，我没能理解，到底要再次加OPT优化，而没利用上次优化的结果，还是不用加OPT优化了，就是按你说说的了，改了就是直接利用次优化的结果了？在改过的输入文件？...

不用优化了
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25楼2013-04-21 00:10:14
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aixiaok110

木虫 (著名写手)
引用回帖:
25楼: Originally posted by ZJboy at 2013-04-21 00:10:14
不用优化了...

哦，这样啊，那看来应该是gaussian在优化计算时，不但产生CHK，log文件，而且是在时刻修改GJF文件中的原子位置值为优化结构好的位置值的了。是吧？非常感谢你了！
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26楼2013-04-21 06:42:02
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ZJboy

木虫 (著名写手)
引用回帖:
26楼: Originally posted by aixiaok110 at 2013-04-21 06:42:02
哦，这样啊，那看来应该是gaussian在优化计算时，不但产生CHK，log文件，而且是在时刻修改GJF文件中的原子位置值为优化结构好的位置值的了。是吧？非常感谢你了！...

我不理解你的意思。
我是说用GaussView打开优化产生的log文件，保存为计算键级或光谱等的输入文件，即gjf文件。
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27楼2013-04-21 14:00:21
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aixiaok110

木虫 (著名写手)
引用回帖:
27楼: Originally posted by ZJboy at 2013-04-21 14:00:21
我不理解你的意思。
我是说用GaussView打开优化产生的log文件，保存为计算键级或光谱等的输入文件，即gjf文件。...

那是我理解错了，我以为是在原来的GJF改写呢，没想到是优化计算的结果LOG改写啊。
我用写字板“打开GaussView优化产生的log文件保存，产生gjf文件”，发现后原子坐标后有很多的行数字的，都应该删除，再写 $NBO BNDIDX $End行吧？
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28楼2013-04-21 16:00:07
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aixiaok110

木虫 (著名写手)
引用回帖:
27楼: Originally posted by ZJboy at 2013-04-21 14:00:21
我不理解你的意思。
我是说用GaussView打开优化产生的log文件，保存为计算键级或光谱等的输入文件，即gjf文件。...

非常感谢你的帮助，按你这方法，已经解决优化的基础上，怎么计算其它的问题的输入方法了，已经计算出NBO的了
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29楼2013-04-21 16:43:04
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怡飘的云彩

新虫 (初入文坛)
想问楼主最后是怎么处理的，因为我今天也遇到了这样的问题，基组和方法和楼主都是一样的。谢谢！
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30楼2014-04-17 20:25:34
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