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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 高斯优化查看结构，发现H-O键消失，但是H原子还在？
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aixiaok110

木虫 (著名写手)

[求助] 高斯优化查看结构，发现H-O键消失，但是H原子还在？

高斯优化查看结构，发现H-O键消失，但是H原子还在？优化正常结束，四个YES？是神马情况？用GAUSSVIEW看的，GJF文件查看H-O键是连接的

[ Last edited by aixiaok110 on 2013-4-18 at 13:31 ]
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1楼 2013-04-18 13:30:17
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ZJboy

木虫 (著名写手)
引用回帖:
26楼: Originally posted by aixiaok110 at 2013-04-21 06:42:02
哦，这样啊，那看来应该是gaussian在优化计算时，不但产生CHK，log文件，而且是在时刻修改GJF文件中的原子位置值为优化结构好的位置值的了。是吧？非常感谢你了！...

我不理解你的意思。
我是说用GaussView打开优化产生的log文件，保存为计算键级或光谱等的输入文件，即gjf文件。
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27楼2013-04-21 14:00:21
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vigaryang

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zhou2009: 金币+2 2013-04-18 14:25:30
aixiaok110: 金币+2, ★★★很有帮助, 感谢你的帮助！ 2013-04-21 21:39:42
GaussView对两个原子成键与否的判断是很武断的，GaussView中键消失并不意味着真的发生了键的断裂。只要H原子和O原子的距离没有变得太大，可以认为键没有断。
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2楼2013-04-18 13:57:05
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aixiaok110

木虫 (著名写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by vigaryang at 2013-04-18 13:57:05
GaussView对两个原子成键与否的判断是很武断的，GaussView中键消失并不意味着真的发生了键的断裂。只要H原子和O原子的距离没有变得太大，可以认为键没有断。

那是不是可以人为的再把这个键连接上吗？在COPY优化后的结构图时？
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3楼2013-04-18 16:17:36
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aixiaok110

木虫 (著名写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by vigaryang at 2013-04-18 13:57:05
GaussView对两个原子成键与否的判断是很武断的，GaussView中键消失并不意味着真的发生了键的断裂。只要H原子和O原子的距离没有变得太大，可以认为键没有断。

优化的结构是有晶体文件CIF转化为mol2，然后有gaussviewda打开，转化为gjf文件计算的，不知这样也会断裂消失吗？
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4楼2013-04-18 16:28:20
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