应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » DS LibDOCK
91/1返回列表
查看: 1588  |  回复: 8
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

古小青

新虫 (初入文坛)

[求助] DS LibDOCK

LibDOCK是快速分子对接应该是属于刚性对接。为什么输入一个配体对接后会出现五种不同的POSE呢？对接前已做过配体的准备工作了。
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

DS等药设软件

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2013-04-15 18:57:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lrf1980

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2013-04-16 08:55:07
古小青: 金币+10 2013-04-17 00:19:10
刚性对接指的是蛋白质，而不是小分子，因为小分子不管条件如何，总是存在多种构象的。原则上讲，蛋白质的口袋区域的某些残基也是可以有构象的变化，所以就有柔性对接的软件，但是通常情况下，很多软件对蛋白质的柔性判断不是特别的好，所以保守办法还是用刚性对接比较好。
赞一下 回复此楼
2楼2013-04-16 08:02:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

古小青

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by lrf1980 at 2013-04-16 08:02:32
刚性对接指的是蛋白质，而不是小分子，因为小分子不管条件如何，总是存在多种构象的。原则上讲，蛋白质的口袋区域的某些残基也是可以有构象的变化，所以就有柔性对接的软件，但是通常情况下，很多软件对蛋白质的柔性 ...

Ligand Prepare 不是已经将一个小分子可能的构象全部罗列出来了吗？为什么对接结束后会出现不同的POSE，POSE与构象有什么关系吗？
赞一下 回复此楼
3楼2013-04-16 11:24:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

blue_cat

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
LibDOCK是半柔性对接，不是刚性对接
赞一下 回复此楼
DS
4楼2013-04-16 16:44:02
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

古小青

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by blue_cat at 2013-04-16 16:44:02
LibDOCK是半柔性对接，不是刚性对接

不会吧，CDOCKER才是半柔性对接吧，如果照你说的那样,DS中哪个模块是刚性对接呢？
赞一下 回复此楼
5楼2013-04-16 18:01:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lrf1980

新虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 古小青 at 2013-04-16 11:24:03
Ligand Prepare 不是已经将一个小分子可能的构象全部罗列出来了吗？为什么对接结束后会出现不同的POSE，POSE与构象有什么关系吗？...

你仔细对照一下你的不同pose跟ligand prepare里面的构象看看，另外，ligand prepare列出的只是能量低那些构象，不可能所有的都列。
赞一下(1人) 回复此楼
6楼2013-04-16 22:24:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

blue_cat

木虫 (正式写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 古小青 at 2013-04-16 18:01:39
不会吧，CDOCKER才是半柔性对接吧，如果照你说的那样,DS中哪个模块是刚性对接呢？...

DS里面没有严格定义上的刚性对接，你可以在构象产生数目上进行设置。另外建议放弃DS的对接，结果实在很烂！
赞一下 回复此楼
DS
7楼2013-04-17 08:12:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

古小青

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
7楼: Originally posted by blue_cat at 2013-04-17 08:12:59
DS里面没有严格定义上的刚性对接，你可以在构象产生数目上进行设置。另外建议放弃DS的对接，结果实在很烂！...

没办法换软件啊，我只是个本科三年级的学生，申请的创新课题，我们只有这一个软件。
赞一下 回复此楼
8楼2013-04-17 12:37:11
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

truelk

木虫 (小有名气)
为什么要用刚性对接，还是柔性对接相对准确点吧，DS力不是有GOLD的嘛，多做几次的话还是能得到比较可靠的结果的
赞一下 回复此楼
一次次跌倒了，爬起来，站得更高
9楼2013-04-18 20:27:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 古小青 的主题更新
91/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 2019年青年基金涵评意见，大家看看几个A，几个B? +4 Tide man 2026-08-11 4/200 2026-08-12 00:39 by liuqidi
[基金申请] 小木虫上这么多卖论文的，真有人买论文么？感觉没必要啊 +8 Tide man 2026-08-10 9/450 2026-08-11 20:39 by beefly
[基金申请] 有时候，自然基金真的不能太认真 （我的申报经验） +3 majunge000 2026-08-11 4/200 2026-08-11 20:13 by lch2012
[基金申请] 为什么网上很多人说本周 12号出结果 +6 瞬息宇宙 2026-08-10 7/350 2026-08-11 19:25 by Tide man
[论文投稿] 职称评审，求友友推荐见刊最快的期刊 +3 工厂打螺丝 2026-08-08 3/150 2026-08-11 13:42 by 会议编辑
[基金申请] 听说今天filecode变了 +26 布布和一二 2026-08-06 49/2450 2026-08-11 13:18 by WH3796
[基金申请] FileCode能看出啥？ +7 要乐观耀哥 2026-08-10 17/850 2026-08-11 10:50 by 要乐观耀哥
[基金申请] filecode +9 documentary 2026-08-10 9/450 2026-08-11 10:08 by wk7465
[基金申请] 基金中了 +15 laoda193707 2026-08-06 15/750 2026-08-11 00:11 by jiafei2190
[基金申请] 关于代码变化问题，想知道的进来 +17 且听虎啸 2026-08-07 24/1200 2026-08-10 18:35 by zhangduo2008
[基金申请] 据悉今年马上要出结果了 +7 瞬息宇宙 2026-08-10 8/400 2026-08-10 12:42 by Vivilian
[基金申请] 2026国自然放榜时间 +9 布布和一二 2026-08-08 9/450 2026-08-10 11:22 by xxxx2020
[基金申请] filecode与中标关系的预测 +5 布布和一二 2026-08-07 5/250 2026-08-09 16:15 by 袁向阳007
[基金申请] 关于豆爷回答的JTJC与%2F数量 +5 yang182083 2026-08-06 7/350 2026-08-08 18:29 by zhanghaozhu
[基金申请] 关于filecode +4 布布和一二 2026-08-07 7/350 2026-08-07 22:55 by zhanghaozhu
[基金申请] 大家散了吧，后缀研究没有意义，别浪费时间了，过好目前的每一天，不要焦虑 +5 Tide man 2026-08-06 7/350 2026-08-07 13:11 by 医学老男孩
[基金申请] filecode +14 等待解的谜 2026-08-06 19/950 2026-08-07 12:20 by wlwhappy
[基金申请] filecode +8 布布和一二 2026-08-06 11/550 2026-08-06 20:41 by tangpu318
[基金申请] 影响面上的因素 +8 布布和一二 2026-08-05 11/550 2026-08-06 10:41 by 宝贝虫子
[基金申请] 好消息？这个有何含义？？？ +8 Tide man 2026-08-05 10/500 2026-08-05 16:14 by xmuxiaoyu
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭