24小时热门版块排行榜    

北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
查看: 1452  |  回复: 8
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

古小青

新虫 (初入文坛)

[求助] DS LibDOCK

LibDOCK是快速分子对接应该是属于刚性对接。为什么输入一个配体对接后会出现五种不同的POSE呢?对接前已做过配体的准备工作了。
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lrf1980

新虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by 古小青 at 2013-04-16 11:24:03
Ligand Prepare 不是已经将一个小分子可能的构象全部罗列出来了吗?为什么对接结束后会出现不同的POSE,POSE与构象有什么关系吗?...

你仔细对照一下你的不同pose跟ligand prepare里面的构象看看,另外,ligand prepare列出的只是能量低那些构象,不可能所有的都列。
6楼2013-04-16 22:24:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 9 个回答

lrf1980

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2013-04-16 08:55:07
古小青: 金币+10 2013-04-17 00:19:10
刚性对接指的是蛋白质,而不是小分子,因为小分子不管条件如何,总是存在多种构象的。原则上讲,蛋白质的口袋区域的某些残基也是可以有构象的变化,所以就有柔性对接的软件,但是通常情况下,很多软件对蛋白质的柔性判断不是特别的好,所以保守办法还是用刚性对接比较好。
2楼2013-04-16 08:02:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

古小青

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by lrf1980 at 2013-04-16 08:02:32
刚性对接指的是蛋白质,而不是小分子,因为小分子不管条件如何,总是存在多种构象的。原则上讲,蛋白质的口袋区域的某些残基也是可以有构象的变化,所以就有柔性对接的软件,但是通常情况下,很多软件对蛋白质的柔性 ...

Ligand Prepare 不是已经将一个小分子可能的构象全部罗列出来了吗?为什么对接结束后会出现不同的POSE,POSE与构象有什么关系吗?
3楼2013-04-16 11:24:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

blue_cat

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
LibDOCK是半柔性对接,不是刚性对接
DS
4楼2013-04-16 16:44:02
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 289求调剂 +4 新时代材料 2026-03-27 4/200 2026-03-27 14:46 by wangjihu
[考研] 08开头275求调剂 +4 拉谁不重要 2026-03-26 4/200 2026-03-27 14:12 by Delta2012
[考研] 303求调剂 +7 安忆灵 2026-03-22 8/400 2026-03-27 11:46 by sanrepian
[考研] 求调剂 +3 张zz111 2026-03-27 4/200 2026-03-27 11:07 by 帕尔马拉特
[考研] 一志愿郑州大学,080500学硕,总分317分求调剂 +4 举个栗子oi 2026-03-24 5/250 2026-03-26 23:15 by 不吃魚的貓
[考研] 一志愿北化求调剂 +3 Jsman 2026-03-22 3/150 2026-03-26 21:06 by ajpv风雷
[考研] 321求调剂 +6 Ymlll 2026-03-24 6/300 2026-03-26 20:50 by 不吃魚的貓
[考研] 085602化学工程求调剂。 +4 平乐乐乐 2026-03-26 4/200 2026-03-26 17:57 by fmesaito
[考研] 299求调剂 +4 15188958825 2026-03-25 4/200 2026-03-25 22:56 by 418490947
[考研] 考研调剂 +6 来好运来来来 2026-03-21 7/350 2026-03-25 22:43 by 418490947
[考研] 284求调剂 +15 Zhao anqi 2026-03-22 15/750 2026-03-25 12:51 by wht0531
[考研] 311求调剂 +3 冬十三 2026-03-24 3/150 2026-03-24 21:31 by peike
[考研] 食品专硕 一志愿双一流 328 +3 xiaom99 2026-03-21 4/200 2026-03-24 21:20 by lailaisimei
[考研] 085404电子信息284分求调剂 +4 13659058978 2026-03-24 4/200 2026-03-24 12:15 by syl20081243
[考研] 269求调剂 +4 我想读研11 2026-03-23 4/200 2026-03-23 21:25 by pswait
[考研] 070300,一志愿北航320求调剂 +3 Jerry0216 2026-03-22 5/250 2026-03-23 09:16 by 。。堂堂
[考研] 298求调剂一志愿211 +3 上岸6666@ 2026-03-20 3/150 2026-03-22 15:50 by ColorlessPI
[考研] 一志愿华中科技大学071000,求调剂 +4 沿岸有贝壳6 2026-03-21 4/200 2026-03-22 07:21 by ilovexiaobin
[考研] 求调剂 +4 要好好无聊 2026-03-21 4/200 2026-03-21 18:57 by 学员8dgXkO
[考研] 0703化学调剂 +4 妮妮ninicgb 2026-03-21 4/200 2026-03-21 18:39 by 学员8dgXkO
信息提示
请填处理意见