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古小青

新虫 (初入文坛)

[求助] DS LibDOCK

LibDOCK是快速分子对接应该是属于刚性对接。为什么输入一个配体对接后会出现五种不同的POSE呢？对接前已做过配体的准备工作了。
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1楼 2013-04-15 18:57:36
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lrf1980

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2013-04-16 08:55:07
古小青: 金币+10 2013-04-17 00:19:10
刚性对接指的是蛋白质，而不是小分子，因为小分子不管条件如何，总是存在多种构象的。原则上讲，蛋白质的口袋区域的某些残基也是可以有构象的变化，所以就有柔性对接的软件，但是通常情况下，很多软件对蛋白质的柔性判断不是特别的好，所以保守办法还是用刚性对接比较好。
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2楼2013-04-16 08:02:32
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古小青

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by lrf1980 at 2013-04-16 08:02:32
刚性对接指的是蛋白质，而不是小分子，因为小分子不管条件如何，总是存在多种构象的。原则上讲，蛋白质的口袋区域的某些残基也是可以有构象的变化，所以就有柔性对接的软件，但是通常情况下，很多软件对蛋白质的柔性 ...

Ligand Prepare 不是已经将一个小分子可能的构象全部罗列出来了吗？为什么对接结束后会出现不同的POSE，POSE与构象有什么关系吗？
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3楼2013-04-16 11:24:03
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blue_cat

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
LibDOCK是半柔性对接，不是刚性对接
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DS
4楼2013-04-16 16:44:02
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古小青

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by blue_cat at 2013-04-16 16:44:02
LibDOCK是半柔性对接，不是刚性对接

不会吧，CDOCKER才是半柔性对接吧，如果照你说的那样,DS中哪个模块是刚性对接呢？
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5楼2013-04-16 18:01:39
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lrf1980

新虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 古小青 at 2013-04-16 11:24:03
Ligand Prepare 不是已经将一个小分子可能的构象全部罗列出来了吗？为什么对接结束后会出现不同的POSE，POSE与构象有什么关系吗？...

你仔细对照一下你的不同pose跟ligand prepare里面的构象看看，另外，ligand prepare列出的只是能量低那些构象，不可能所有的都列。
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6楼2013-04-16 22:24:54
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blue_cat

木虫 (正式写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 古小青 at 2013-04-16 18:01:39
不会吧，CDOCKER才是半柔性对接吧，如果照你说的那样,DS中哪个模块是刚性对接呢？...

DS里面没有严格定义上的刚性对接，你可以在构象产生数目上进行设置。另外建议放弃DS的对接，结果实在很烂！
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DS
7楼2013-04-17 08:12:59
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古小青

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
7楼: Originally posted by blue_cat at 2013-04-17 08:12:59
DS里面没有严格定义上的刚性对接，你可以在构象产生数目上进行设置。另外建议放弃DS的对接，结果实在很烂！...

没办法换软件啊，我只是个本科三年级的学生，申请的创新课题，我们只有这一个软件。
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8楼2013-04-17 12:37:11
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truelk

木虫 (小有名气)
为什么要用刚性对接，还是柔性对接相对准确点吧，DS力不是有GOLD的嘛，多做几次的话还是能得到比较可靠的结果的
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一次次跌倒了，爬起来，站得更高
9楼2013-04-18 20:27:39
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