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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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古小青

新虫 (初入文坛)

[求助] DS LibDOCK

LibDOCK是快速分子对接应该是属于刚性对接。为什么输入一个配体对接后会出现五种不同的POSE呢?对接前已做过配体的准备工作了。
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lrf1980

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2013-04-16 08:55:07
古小青: 金币+10 2013-04-17 00:19:10
刚性对接指的是蛋白质,而不是小分子,因为小分子不管条件如何,总是存在多种构象的。原则上讲,蛋白质的口袋区域的某些残基也是可以有构象的变化,所以就有柔性对接的软件,但是通常情况下,很多软件对蛋白质的柔性判断不是特别的好,所以保守办法还是用刚性对接比较好。
2楼2013-04-16 08:02:32
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古小青

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by lrf1980 at 2013-04-16 08:02:32
刚性对接指的是蛋白质,而不是小分子,因为小分子不管条件如何,总是存在多种构象的。原则上讲,蛋白质的口袋区域的某些残基也是可以有构象的变化,所以就有柔性对接的软件,但是通常情况下,很多软件对蛋白质的柔性 ...

Ligand Prepare 不是已经将一个小分子可能的构象全部罗列出来了吗?为什么对接结束后会出现不同的POSE,POSE与构象有什么关系吗?
3楼2013-04-16 11:24:03
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blue_cat

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
LibDOCK是半柔性对接,不是刚性对接
DS
4楼2013-04-16 16:44:02
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古小青

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
4楼: Originally posted by blue_cat at 2013-04-16 16:44:02
LibDOCK是半柔性对接,不是刚性对接

不会吧,CDOCKER才是半柔性对接吧,如果照你说的那样,DS中哪个模块是刚性对接呢?
5楼2013-04-16 18:01:39
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lrf1980

新虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by 古小青 at 2013-04-16 11:24:03
Ligand Prepare 不是已经将一个小分子可能的构象全部罗列出来了吗?为什么对接结束后会出现不同的POSE,POSE与构象有什么关系吗?...

你仔细对照一下你的不同pose跟ligand prepare里面的构象看看,另外,ligand prepare列出的只是能量低那些构象,不可能所有的都列。
6楼2013-04-16 22:24:54
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blue_cat

木虫 (正式写手)

引用回帖:
5楼: Originally posted by 古小青 at 2013-04-16 18:01:39
不会吧,CDOCKER才是半柔性对接吧,如果照你说的那样,DS中哪个模块是刚性对接呢?...

DS里面没有严格定义上的刚性对接,你可以在构象产生数目上进行设置。另外建议放弃DS的对接,结果实在很烂!
DS
7楼2013-04-17 08:12:59
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古小青

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
7楼: Originally posted by blue_cat at 2013-04-17 08:12:59
DS里面没有严格定义上的刚性对接,你可以在构象产生数目上进行设置。另外建议放弃DS的对接,结果实在很烂!...

没办法换软件啊,我只是个本科三年级的学生,申请的创新课题,我们只有这一个软件。
8楼2013-04-17 12:37:11
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truelk

木虫 (小有名气)

为什么要用刚性对接,还是柔性对接相对准确点吧,DS力不是有GOLD的嘛,多做几次的话还是能得到比较可靠的结果的
一次次跌倒了,爬起来,站得更高
9楼2013-04-18 20:27:39
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