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古小青

新虫 (初入文坛)

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[求助] DS LibDOCK

LibDOCK是快速分子对接应该是属于刚性对接。为什么输入一个配体对接后会出现五种不同的POSE呢？对接前已做过配体的准备工作了。

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1楼2013-04-15 18:57:36

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古小青

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引用回帖:

2楼: Originally posted by lrf1980 at 2013-04-16 08:02:32
刚性对接指的是蛋白质，而不是小分子，因为小分子不管条件如何，总是存在多种构象的。原则上讲，蛋白质的口袋区域的某些残基也是可以有构象的变化，所以就有柔性对接的软件，但是通常情况下，很多软件对蛋白质的柔性 ...

Ligand Prepare 不是已经将一个小分子可能的构象全部罗列出来了吗？为什么对接结束后会出现不同的POSE，POSE与构象有什么关系吗？