24小时热门版块排行榜    

查看: 1593  |  回复: 8
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

古小青

新虫 (初入文坛)

[求助] DS LibDOCK

LibDOCK是快速分子对接应该是属于刚性对接。为什么输入一个配体对接后会出现五种不同的POSE呢?对接前已做过配体的准备工作了。
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

DS等药设软件

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

truelk

木虫 (小有名气)

为什么要用刚性对接,还是柔性对接相对准确点吧,DS力不是有GOLD的嘛,多做几次的话还是能得到比较可靠的结果的
一次次跌倒了,爬起来,站得更高
9楼2013-04-18 20:27:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 9 个回答

lrf1980

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2013-04-16 08:55:07
古小青: 金币+10 2013-04-17 00:19:10
刚性对接指的是蛋白质,而不是小分子,因为小分子不管条件如何,总是存在多种构象的。原则上讲,蛋白质的口袋区域的某些残基也是可以有构象的变化,所以就有柔性对接的软件,但是通常情况下,很多软件对蛋白质的柔性判断不是特别的好,所以保守办法还是用刚性对接比较好。
2楼2013-04-16 08:02:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

古小青

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by lrf1980 at 2013-04-16 08:02:32
刚性对接指的是蛋白质,而不是小分子,因为小分子不管条件如何,总是存在多种构象的。原则上讲,蛋白质的口袋区域的某些残基也是可以有构象的变化,所以就有柔性对接的软件,但是通常情况下,很多软件对蛋白质的柔性 ...

Ligand Prepare 不是已经将一个小分子可能的构象全部罗列出来了吗?为什么对接结束后会出现不同的POSE,POSE与构象有什么关系吗?
3楼2013-04-16 11:24:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

blue_cat

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
LibDOCK是半柔性对接,不是刚性对接
DS
4楼2013-04-16 16:44:02
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 应该是93bebmhtak前后十一个字符比较关键 +17 Lanmanbaby 2026-08-09 29/1450 2026-08-12 00:24 by zhanghaozhu
[基金申请] 是这周出结果还是下周出结果? +3 yuleib84 2026-08-11 3/150 2026-08-11 21:53 by jnhyjjm
[基金申请] 有时候,自然基金真的不能太认真 (我的申报经验) +3 majunge000 2026-08-11 4/200 2026-08-11 20:13 by lch2012
[基金申请] 为什么网上很多人说本周 12号出结果 +6 瞬息宇宙 2026-08-10 7/350 2026-08-11 19:25 by Tide man
[基金申请] FileCode能看出啥? +7 要乐观耀哥 2026-08-10 17/850 2026-08-11 10:50 by 要乐观耀哥
[基金申请] 基金中了 +15 laoda193707 2026-08-06 15/750 2026-08-11 00:11 by jiafei2190
[基金申请] 关于代码变化问题,想知道的进来 +17 且听虎啸 2026-08-07 24/1200 2026-08-10 18:35 by zhangduo2008
[基金申请] 静等基金结果 +5 gjjjzhong 2026-08-10 16/800 2026-08-10 17:19 by Tide man
[基金申请] 面上项目filecode邪修 +5 西山十月 2026-08-09 7/350 2026-08-10 07:32 by 仁砚薪传
[基金申请] filecode与中标关系的预测 +5 布布和一二 2026-08-07 5/250 2026-08-09 16:15 by 袁向阳007
[基金申请] fileCode有新解读? +10 Tide man 2026-08-08 18/900 2026-08-09 12:55 by 仁砚薪传
[基金申请] 关于filecode,很负责任的告诉大家 +6 爱看书的可乐 2026-08-08 7/350 2026-08-08 22:13 by a_niu
[基金申请] 国基金的申报应该改成非等额制,评价高的钱多评价低的钱少,但是增加资助率 +7 a089 2026-08-07 7/350 2026-08-08 18:05 by gltch
[基金申请] 化学口download_prp&fileCode的固定段好像这几天一直没变,有变的大神么? +3 Tide man 2026-08-07 4/200 2026-08-07 22:39 by Tide man
[基金申请] 固定端突然变了,今天 +6 archvillain 2026-08-06 10/500 2026-08-07 16:03 by 医学老男孩
[基金申请] 大家散了吧,后缀研究没有意义,别浪费时间了,过好目前的每一天,不要焦虑 +5 Tide man 2026-08-06 7/350 2026-08-07 13:11 by 医学老男孩
[基金申请] filecode +14 等待解的谜 2026-08-06 19/950 2026-08-07 12:20 by wlwhappy
[基金申请] filecode +8 布布和一二 2026-08-06 11/550 2026-08-06 20:41 by tangpu318
[基金申请] 影响面上的因素 +8 布布和一二 2026-08-05 11/550 2026-08-06 10:41 by 宝贝虫子
[基金申请] 好消息?这个有何含义??? +8 Tide man 2026-08-05 10/500 2026-08-05 16:14 by xmuxiaoyu
信息提示
请填处理意见