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zhongyunxia

新虫 (小有名气)

[求助] pdb2gmx生成top出错,请高手相助

如题,我用pdb2gmx生成top,总出现Atom C1 in residue CNT 1 was not found in rtp entry CNT with 799 atoms while sorting atoms .我的pdb总共有800个原子,也检查了pdb结构,没问题,请高手相助,下面是我的pdb文件和rtp文件,用的opls力场,请大家指教,实在解决不了了!
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  • 2013-03-15 20:06:00, 53.13 K
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qianxiong

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2013-03-17 10:42:13
对不注楼主,没看到 rtp file。
pdb 文件中的原子名要与 rtp 一致。
戒微博
3楼2013-03-16 14:22:08
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qianxiong

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
zhongyunxia: 金币+10, 有帮助, 谢谢,已经解决了,不是rtp文件额原因,pdb文件格式不对 2013-03-17 10:20:44
你这是碳纳米管, 你用的力场top 文件又没有关于它的定义(联接关系,原子类型,力场参数等),肯定无法生成top.你可以用g_x2top 生成,不过需要修改 你要用到力场 .ff 文件夹中.n2t的文件。 具体操作找网络上有相关的帖子。 keywords:
“g_x2top 石墨烯” 就能找到
戒微博
2楼2013-03-16 14:17:46
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