应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » pdb2gmx生成top出错，请高手相助
31/1返回列表
查看: 988  |  回复: 2
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

zhongyunxia

新虫 (小有名气)

[求助] pdb2gmx生成top出错，请高手相助

如题，我用pdb2gmx生成top，总出现Atom C1 in residue CNT 1 was not found in rtp entry CNT with 799 atoms while sorting atoms .我的pdb总共有800个原子，也检查了pdb结构，没问题，请高手相助，下面是我的pdb文件和rtp文件，用的opls力场，请大家指教，实在解决不了了！
回复此楼

» 本帖附件资源列表

  • 欢迎监督和反馈：小木虫仅提供交流平台，不对该内容负责。
    本内容由用户自主发布，如果其内容涉及到知识产权问题，其责任在于用户本人，如对版权有异议，请联系邮箱：xiaomuchong@tal.com
  • 附件 1 : 8x8x6.pdb
    • 2013-03-15 20:06:00, 53.13 K
  • 附件 2 : 8x8.rtp
    • 2013-03-15 20:06:12, 33.58 K

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

Gromacs

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2013-03-15 20:06:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

qianxiong

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zhongyunxia: 金币+10, ★有帮助, 谢谢，已经解决了，不是rtp文件额原因，pdb文件格式不对 2013-03-17 10:20:44
你这是碳纳米管， 你用的力场top 文件又没有关于它的定义（联接关系，原子类型，力场参数等），肯定无法生成top.你可以用g_x2top 生成，不过需要修改 你要用到力场 .ff 文件夹中.n2t的文件。 具体操作找网络上有相关的帖子。 keywords:
“g_x2top 石墨烯” 就能找到
赞一下 回复此楼
戒微博
2楼2013-03-16 14:17:46
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

qianxiong

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2013-03-17 10:42:13
对不注楼主，没看到 rtp file。
pdb 文件中的原子名要与 rtp 一致。
赞一下 回复此楼
戒微博
3楼2013-03-16 14:22:08
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 zhongyunxia 的主题更新
31/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[公派出国] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +4 hKe7U1kad5Sg 2026-10-31 6/300 2026-11-02 06:20 by xzcv0Tehd8lQ
[考博] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +4 xvJS1BYDxvBS 2026-10-31 5/250 2026-11-02 06:07 by xzcv0Tehd8lQ
[基金申请] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 1uaZt2kAZj2S 2026-10-30 17/850 2026-11-02 05:50 by xzcv0Tehd8lQ
[博后之家] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 1uaZt2kAZj2S 2026-10-30 18/900 2026-11-02 05:37 by xzcv0Tehd8lQ
[考博] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +5 1uaZt2kAZj2S 2026-10-30 18/900 2026-11-02 05:34 by xzcv0Tehd8lQ
[论文投稿] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 hKe7U1kad5Sg 2026-10-31 5/250 2026-11-02 03:39 by xzcv0Tehd8lQ
[基金申请] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +5 xvJS1BYDxvBS 2026-10-31 11/550 2026-11-02 03:13 by xzcv0Tehd8lQ
[公派出国] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +6 1uaZt2kAZj2S 2026-10-31 9/450 2026-11-02 03:00 by xzcv0Tehd8lQ
[基金申请] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +7 X5bHxOULxFqb 2026-10-30 24/1200 2026-11-02 02:39 by xzcv0Tehd8lQ
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +6 X5bHxOULxFqb 2026-10-30 16/800 2026-11-02 02:34 by xzcv0Tehd8lQ
[博后之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +3 hKe7U1kad5Sg 2026-10-31 5/250 2026-11-01 22:24 by xzcv0Tehd8lQ
[考博] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +3 hKe7U1kad5Sg 2026-10-31 6/300 2026-11-01 22:11 by xzcv0Tehd8lQ
[找工作] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +4 1uaZt2kAZj2S 2026-10-30 11/550 2026-11-01 21:35 by xzcv0Tehd8lQ
[教师之家] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +6 X5bHxOULxFqb 2026-10-30 16/800 2026-11-01 21:19 by xzcv0Tehd8lQ
[公派出国] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +4 1uaZt2kAZj2S 2026-10-30 15/750 2026-11-01 16:52 by BCdvBAEpt3zm
[考博] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +3 1uaZt2kAZj2S 2026-10-30 13/650 2026-11-01 16:48 by BCdvBAEpt3zm
[找工作] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +4 1uaZt2kAZj2S 2026-10-31 8/400 2026-11-01 14:48 by BCdvBAEpt3zm
[硕博家园] 越来越担心硕士毕业后没有竞争力了 +9 zuesli 2026-10-27 15/750 2026-11-01 12:59 by Equinoxhua
[基金申请] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +3 xvJS1BYDxvBS 2026-10-31 3/150 2026-11-01 12:53 by BCdvBAEpt3zm
[基金申请] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 1uaZt2kAZj2S 2026-10-30 11/550 2026-11-01 12:24 by BCdvBAEpt3zm
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭