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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » pdb2gmx生成top出错，请高手相助
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zhongyunxia

新虫 (小有名气)

[求助] pdb2gmx生成top出错，请高手相助

如题，我用pdb2gmx生成top，总出现Atom C1 in residue CNT 1 was not found in rtp entry CNT with 799 atoms while sorting atoms .我的pdb总共有800个原子，也检查了pdb结构，没问题，请高手相助，下面是我的pdb文件和rtp文件，用的opls力场，请大家指教，实在解决不了了！
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  • 附件 1 : 8x8x6.pdb
    • 2013-03-15 20:06:00, 53.13 K
  • 附件 2 : 8x8.rtp
    • 2013-03-15 20:06:12, 33.58 K

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1楼 2013-03-15 20:06:40
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qianxiong

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zhongyunxia: 金币+10, ★有帮助, 谢谢，已经解决了，不是rtp文件额原因，pdb文件格式不对 2013-03-17 10:20:44
你这是碳纳米管， 你用的力场top 文件又没有关于它的定义（联接关系，原子类型，力场参数等），肯定无法生成top.你可以用g_x2top 生成，不过需要修改 你要用到力场 .ff 文件夹中.n2t的文件。 具体操作找网络上有相关的帖子。 keywords:
“g_x2top 石墨烯” 就能找到
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戒微博
2楼2013-03-16 14:17:46
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qianxiong

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2013-03-17 10:42:13
对不注楼主，没看到 rtp file。
pdb 文件中的原子名要与 rtp 一致。
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戒微博
3楼2013-03-16 14:22:08
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