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herarysara

木虫 (小有名气)

[求助] lammps计算中出现原子距离太近现象

在用lammps计算气体反应时,发现体系中有些分子中键长太短。如氢气分子键长只有0.5,O-H只有0.7等等,体系温度很高;求解决办法。
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meihai3166

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
温度太高只有缩小时间步长了。。这应该是惟一可能的方法,要么就不用
ToughGuy
2楼2013-03-15 00:11:28
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meihai3166

木虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by meihai3166 at 2013-03-15 00:11:28
温度太高只有缩小时间步长了。。这应该是惟一可能的方法,要么就不用

要么就只能用其他方法,这分子动力学的硬伤。
ToughGuy
3楼2013-03-15 00:15:33
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herarysara

木虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by meihai3166 at 2013-03-15 00:11:28
温度太高只有缩小时间步长了。。这应该是惟一可能的方法,要么就不用

原来是0.1已经够小了,改成0.01都出问题,看来没得救了。
4楼2013-03-15 08:53:53
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herarysara

木虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by meihai3166 at 2013-03-15 00:15:33
要么就只能用其他方法,这分子动力学的硬伤。...

其他方法是嘛意思?
5楼2013-03-15 08:54:09
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倔强的坚果墙

铁杆木虫 (正式写手)

看你的势参数是否能准确表达原子间的作用势,这个不准备跑MD也会出现温度上升很大的情况
像小强一样活着
6楼2013-03-15 09:26:47
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meihai3166

木虫 (小有名气)

引用回帖:
5楼: Originally posted by herarysara at 2013-03-15 08:54:09
其他方法是嘛意思?...

准连续介质力学之类的,多尺度方面的方法,能跨越原子尺度到达微观尺度的就行
ToughGuy
7楼2013-03-15 09:51:40
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meihai3166

木虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by herarysara at 2013-03-15 08:53:53
原来是0.1已经够小了,改成0.01都出问题,看来没得救了。...

你做了弛豫没,如果弛豫没问题,势输入错误的可能性不大。
另一方面检查作用势是否合理吧,因为大部分的作用势都是在平衡态下拟合的,而且是常温,高温下的情况是否能描述,这个本来就具有争议,但大多人就这么用的。

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ToughGuy
8楼2013-03-15 10:02:27
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herarysara

木虫 (小有名气)

引用回帖:
6楼: Originally posted by 倔强的坚果墙 at 2013-03-15 09:26:47
看你的势参数是否能准确表达原子间的作用势,这个不准备跑MD也会出现温度上升很大的情况

感谢你的回复;我体系是很普通的CHO元素,作用势应该没问题,估计高温下可能真不适用。
9楼2013-03-15 10:19:09
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herarysara

木虫 (小有名气)

送鲜花一朵
引用回帖:
8楼: Originally posted by meihai3166 at 2013-03-15 10:02:27
你做了弛豫没,如果弛豫没问题,势输入错误的可能性不大。
另一方面检查作用势是否合理吧,因为大部分的作用势都是在平衡态下拟合的,而且是常温,高温下的情况是否能描述,这个本来就具有争议,但大多人就这么用 ...

感谢回复,我做过弛豫的,而且是缓慢升温,到目标温度后用的nve,当体系开始反应后,急剧升温达到上万K,感觉是温度失控了,不知道怎样控制;如果是高温下,怎么判定势场的适用性?
10楼2013-03-15 10:21:08
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