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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » sybyl对接结果如何与晶体结果叠合？
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w418704194

铜虫 (小有名气)

[求助] sybyl对接结果如何与晶体结果叠合？

sybyl分子对接的结构如何再与晶体叠合回去
叠合的那个值怎么计算呀
没有人带的孩子好可怜 完全入不了门呀
分少 还希望大神见谅 说详细点 谢谢了
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1楼 2013-03-13 20:55:16
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happyqilu

新虫 (初入文坛)
能否保存出pdb构象，然后用chirema或者pymol打开呢
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2楼2013-03-19 09:40:36
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w418704194

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by happyqilu at 2013-03-19 09:40:36
能否保存出pdb构象，然后用chirema或者pymol打开呢

不知道这么做有什么用处呢
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3楼2013-03-19 16:26:23
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arthurii

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
jiaoyixiong: 金币+1, 鼓励交流 2013-03-21 14:39:39
你是要对比原来受体上的配体吧？sybyl对接的时候本来有那个选项，可以把原来的结构文件加进去做reference structure，后期处理，也可以用RMSD分析。
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4楼2013-03-20 15:43:16
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w418704194

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by arthurii at 2013-03-20 15:43:16
你是要对比原来受体上的配体吧？sybyl对接的时候本来有那个选项，可以把原来的结构文件加进去做reference structure，后期处理，也可以用RMSD分析。

恩 对 我做过 原来的结构文件是不是 那个所谓lianged分子哟 我试过 但是好像没法将它和对接的分子同时显示出来？？rsmd在sybyl-x有吗
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5楼2013-03-21 09:53:29
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arthurii

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2013-03-21 16:29:23
有的，你把那个ligand保存一下，然后对接完之后再打开就可以了，sybyl-x上面有的
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6楼2013-03-21 13:44:03
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lishijunzong

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
6楼: Originally posted by arthurii at 2013-03-21 13:44:03
有的，你把那个ligand保存一下，然后对接完之后再打开就可以了，sybyl-x上面有的

楼上用的哪一版本的，貌似RMSD没法弄出来
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7楼2013-03-22 11:09:51
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w418704194

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by lishijunzong at 2013-03-22 11:09:51
楼上用的哪一版本的，貌似RMSD没法弄出来...

难道你可以做叠合哦
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8楼2013-03-22 14:51:20
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lishijunzong

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
8楼: Originally posted by w418704194 at 2013-03-22 14:51:20
难道你可以做叠合哦...

反正什么都做一些
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9楼2013-03-22 19:20:54
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w418704194

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
9楼: Originally posted by lishijunzong at 2013-03-22 19:20:54
反正什么都做一些...

好想你保存结果的时候 有个RSMD
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10楼2013-03-23 17:50:28
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