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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 怎样生成Amber可用的石墨烯结构文件
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gezhenpeng

铜虫 (小有名气)

[求助] 怎样生成Amber可用的石墨烯结构文件

求助一下，本人常用的软件是VMD，NAMD，现在想用一下Amber，主要是因为Amber中有极化力场。VMD中又很方便的工具生成石墨烯，不知道Amber怎么做到这点，请求指导，谢谢。
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1楼 2013-03-10 10:58:11
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张玲海

木虫 (正式写手)
很抱歉...您说的我也不懂。我是是一个研二的学生，您另问高明吧
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简单的生活
2楼2013-03-10 20:03:29
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liyincumt

金虫 (职业作家)

小学生

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2013-03-12 08:15:33
可以先用其他软件比如hyperchem或者chem3d生成石墨烯的立体结构（mol2文件），mol2文件中需包括以下几个参数：原子类型，残基名，总电荷数。然后在leap脚本中用graphene=loadmol2 graphene.mol2 命令载入石墨烯的结构。
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千里之行，始于足下
3楼2013-03-11 17:37:18
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gezhenpeng

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by liyincumt at 2013-03-11 17:37:18
可以先用其他软件比如hyperchem或者chem3d生成石墨烯的立体结构（mol2文件），mol2文件中需包括以下几个参数：原子类型，残基名，总电荷数。然后在leap脚本中用graphene=loadmol2 graphene.mol2 命令载入石墨烯的结 ...

那top文件怎么生成呢？就是键、键角的信息。
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4楼2013-03-11 20:02:58
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liyincumt

金虫 (职业作家)

小学生

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
jiaoyixiong: 金币+3, 赞 2013-03-12 08:16:02
gezhenpeng: 金币+20, ★★★很有帮助, 谢谢，没及时给你评分，不好意思啊 2013-03-28 14:30:49
引用回帖:
4楼: Originally posted by gezhenpeng at 2013-03-11 20:02:58
那top文件怎么生成呢？就是键、键角的信息。...

先要用工具包中parmchk工具check是不是有不识别或者不合适的键长或二面角，命令格式如下：
parmchk -i graphene.mol2 -f mol2 -o graphene.frcmod
一些amber认为异常的键长键角信息包括在frcmod文件中。
然后在tleap命令中输入以下命令：
graphene=loadmol2 graphene.mol2
loadamberparams graphene.frcmod
check graphene
saveoff graphene.lib
saveamberparm graphene graphene.prmtop graphene.inpcrd
prmtop文件就包含所有键，键角，二面角的信息
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千里之行，始于足下
5楼2013-03-12 00:03:47
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liyincumt

金虫 (职业作家)

小学生
看来楼主还是舍不得bb啊。
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千里之行，始于足下
6楼2013-03-16 15:55:32
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)
引用回帖:
6楼: Originally posted by liyincumt at 2013-03-16 15:55:32
看来楼主还是舍不得bb啊。

我给他站内信催了，再不给，强制执行
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» 本帖已获得的红花（最新10朵）

gezhenpeng
7楼2013-03-17 10:40:39
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gezhenpeng

铜虫 (小有名气)
送鲜花一朵
引用回帖:
7楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2013-03-17 10:40:39
我给他站内信催了，再不给，强制执行...

不好意思，版主，劳您大驾了
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8楼2013-03-28 14:31:42
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gezhenpeng

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by liyincumt at 2013-03-12 00:03:47
先要用工具包中parmchk工具check是不是有不识别或者不合适的键长或二面角，命令格式如下：
parmchk -i graphene.mol2 -f mol2 -o graphene.frcmod
一些amber认为异常的键长键角信息包括在frcmod文件中。
然后在 ...

您的意思是frcmod 文件要自己做？
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9楼2013-03-28 15:37:41
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liyincumt

金虫 (职业作家)

小学生
引用回帖:
9楼: Originally posted by gezhenpeng at 2013-03-28 15:37:41
您的意思是frcmod 文件要自己做？...

是的。
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千里之行，始于足下
10楼2013-03-28 20:47:54
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