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gezhenpeng铜虫 (小有名气)
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[求助]
怎样生成Amber可用的石墨烯结构文件
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| 求助一下，本人常用的软件是VMD，NAMD，现在想用一下Amber，主要是因为Amber中有极化力场。VMD中又很方便的工具生成石墨烯，不知道Amber怎么做到这点，请求指导，谢谢。 |
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3楼2013-03-11 17:37:18
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【答案】应助回帖
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jiaoyixiong: 金币+3, 赞 2013-03-12 08:16:02
gezhenpeng: 金币+20, ★★★很有帮助, 谢谢，没及时给你评分，不好意思啊 2013-03-28 14:30:49
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先要用工具包中parmchk工具check是不是有不识别或者不合适的键长或二面角，命令格式如下： parmchk -i graphene.mol2 -f mol2 -o graphene.frcmod 一些amber认为异常的键长键角信息包括在frcmod文件中。 然后在tleap命令中输入以下命令： graphene=loadmol2 graphene.mol2 loadamberparams graphene.frcmod check graphene saveoff graphene.lib saveamberparm graphene graphene.prmtop graphene.inpcrd prmtop文件就包含所有键，键角，二面角的信息 |
5楼2013-03-12 00:03:47