| 查看: 1873 | 回复: 9 | |||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | |||
gezhenpeng铜虫 (小有名气)
|
[求助]
怎样生成Amber可用的石墨烯结构文件
|
||
| 求助一下，本人常用的软件是VMD，NAMD，现在想用一下Amber，主要是因为Amber中有极化力场。VMD中又很方便的工具生成石墨烯，不知道Amber怎么做到这点，请求指导，谢谢。 |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 TOMA'S INDEX |
» 猜你喜欢
0854调剂
已经有4人回复
-
一志愿085502，267分求调剂
已经有14人回复
-
297工科，求调剂?
已经有3人回复
-
复试调剂
已经有15人回复
-
化学070300 求调剂
已经有5人回复
-
277求调剂
已经有22人回复
-
268分085602化学工程调剂
已经有29人回复
-
生物学308求调剂
已经有5人回复
-
一志愿哈工大 085600 277 12材科基求调剂
已经有29人回复
-
2本，初试303，0860求调剂
已经有8人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 求助如何生成有机物Amber的输入文件，无PDB文件。
已经有4人回复
- 石墨烯结构文件的生成
已经有9人回复
liyincumt
金虫 (职业作家)
小学生
- 应助: 4 (幼儿园)
- 金币: 22493.2
- 散金: 741
- 红花: 5
- 帖子: 3277
- 在线: 665小时
- 虫号: 379584
- 注册: 2007-05-22
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
3楼2013-03-11 17:37:18
张玲海
木虫 (正式写手)
- 应助: 3 (幼儿园)
- 金币: 3027.1
- 散金: 766
- 红花: 3
- 帖子: 399
- 在线: 1577.4小时
- 虫号: 1419918
- 注册: 2011-09-27
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
2楼2013-03-10 20:03:29
gezhenpeng
铜虫 (小有名气)
- 应助: 2 (幼儿园)
- 金币: 740.3
- 红花: 2
- 帖子: 115
- 在线: 155.7小时
- 虫号: 968946
- 注册: 2010-03-12
- 专业: 理论和计算化学
4楼2013-03-11 20:02:58
liyincumt
金虫 (职业作家)
小学生
- 应助: 4 (幼儿园)
- 金币: 22493.2
- 散金: 741
- 红花: 5
- 帖子: 3277
- 在线: 665小时
- 虫号: 379584
- 注册: 2007-05-22
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
jiaoyixiong: 金币+3, 赞 2013-03-12 08:16:02
gezhenpeng: 金币+20, ★★★很有帮助, 谢谢，没及时给你评分，不好意思啊 2013-03-28 14:30:49
jiaoyixiong: 金币+3, 赞 2013-03-12 08:16:02
gezhenpeng: 金币+20, ★★★很有帮助, 谢谢，没及时给你评分，不好意思啊 2013-03-28 14:30:49
|
先要用工具包中parmchk工具check是不是有不识别或者不合适的键长或二面角，命令格式如下： parmchk -i graphene.mol2 -f mol2 -o graphene.frcmod 一些amber认为异常的键长键角信息包括在frcmod文件中。 然后在tleap命令中输入以下命令： graphene=loadmol2 graphene.mol2 loadamberparams graphene.frcmod check graphene saveoff graphene.lib saveamberparm graphene graphene.prmtop graphene.inpcrd prmtop文件就包含所有键，键角，二面角的信息 |
5楼2013-03-12 00:03:47
