| 查看: 1821 | 回复: 9 | |||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | |||
gezhenpeng铜虫 (小有名气)
|
[求助]
怎样生成Amber可用的石墨烯结构文件
|
||
| 求助一下，本人常用的软件是VMD，NAMD，现在想用一下Amber，主要是因为Amber中有极化力场。VMD中又很方便的工具生成石墨烯，不知道Amber怎么做到这点，请求指导，谢谢。 |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 TOMA'S INDEX |
» 猜你喜欢
306求调剂
已经有8人回复
-
招08考数学
已经有12人回复
-
接收2026硕士调剂(学硕+专硕)
已经有4人回复
-
北科281学硕材料求调剂
已经有9人回复
-
306求0703调剂一志愿华中师范
已经有6人回复
-
276求调剂。有半年电池和半年高分子实习经历
已经有8人回复
-
材料与化工考研调剂
已经有3人回复
-
081700 调剂 267分
已经有3人回复
-
一志愿重庆大学085700资源与环境，总分308求调剂
已经有3人回复
-
336化工调剂
已经有4人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 求助如何生成有机物Amber的输入文件，无PDB文件。
已经有4人回复
- 石墨烯结构文件的生成
已经有9人回复
liyincumt
金虫 (职业作家)
小学生
- 应助: 4 (幼儿园)
- 金币: 22491.2
- 散金: 730
- 红花: 5
- 帖子: 3269
- 在线: 664.6小时
- 虫号: 379584
- 注册: 2007-05-22
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
jiaoyixiong: 金币+3, 赞 2013-03-12 08:16:02
gezhenpeng: 金币+20, ★★★很有帮助, 谢谢，没及时给你评分，不好意思啊 2013-03-28 14:30:49
jiaoyixiong: 金币+3, 赞 2013-03-12 08:16:02
gezhenpeng: 金币+20, ★★★很有帮助, 谢谢，没及时给你评分，不好意思啊 2013-03-28 14:30:49
|
先要用工具包中parmchk工具check是不是有不识别或者不合适的键长或二面角，命令格式如下： parmchk -i graphene.mol2 -f mol2 -o graphene.frcmod 一些amber认为异常的键长键角信息包括在frcmod文件中。 然后在tleap命令中输入以下命令： graphene=loadmol2 graphene.mol2 loadamberparams graphene.frcmod check graphene saveoff graphene.lib saveamberparm graphene graphene.prmtop graphene.inpcrd prmtop文件就包含所有键，键角，二面角的信息 |
5楼2013-03-12 00:03:47
张玲海
木虫 (正式写手)
- 应助: 3 (幼儿园)
- 金币: 3027.1
- 散金: 766
- 红花: 3
- 帖子: 399
- 在线: 1577.4小时
- 虫号: 1419918
- 注册: 2011-09-27
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
2楼2013-03-10 20:03:29
liyincumt
金虫 (职业作家)
小学生
- 应助: 4 (幼儿园)
- 金币: 22491.2
- 散金: 730
- 红花: 5
- 帖子: 3269
- 在线: 664.6小时
- 虫号: 379584
- 注册: 2007-05-22
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
3楼2013-03-11 17:37:18
gezhenpeng
铜虫 (小有名气)
- 应助: 2 (幼儿园)
- 金币: 740.3
- 红花: 2
- 帖子: 115
- 在线: 155.7小时
- 虫号: 968946
- 注册: 2010-03-12
- 专业: 理论和计算化学
4楼2013-03-11 20:02:58
