应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 怎样生成Amber可用的石墨烯结构文件
101/1返回列表
查看: 1812  |  回复: 9
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

gezhenpeng

铜虫 (小有名气)

[求助] 怎样生成Amber可用的石墨烯结构文件

求助一下，本人常用的软件是VMD，NAMD，现在想用一下Amber，主要是因为Amber中有极化力场。VMD中又很方便的工具生成石墨烯，不知道Amber怎么做到这点，请求指导，谢谢。
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

TOMA'S INDEX

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2013-03-10 10:58:11
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

张玲海

木虫 (正式写手)
很抱歉...您说的我也不懂。我是是一个研二的学生，您另问高明吧
赞一下 回复此楼
简单的生活
2楼2013-03-10 20:03:29
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

liyincumt

金虫 (职业作家)

小学生

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2013-03-12 08:15:33
可以先用其他软件比如hyperchem或者chem3d生成石墨烯的立体结构（mol2文件），mol2文件中需包括以下几个参数：原子类型，残基名，总电荷数。然后在leap脚本中用graphene=loadmol2 graphene.mol2 命令载入石墨烯的结构。
赞一下 回复此楼
千里之行，始于足下
3楼2013-03-11 17:37:18
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gezhenpeng

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by liyincumt at 2013-03-11 17:37:18
可以先用其他软件比如hyperchem或者chem3d生成石墨烯的立体结构（mol2文件），mol2文件中需包括以下几个参数：原子类型，残基名，总电荷数。然后在leap脚本中用graphene=loadmol2 graphene.mol2 命令载入石墨烯的结 ...

那top文件怎么生成呢？就是键、键角的信息。
赞一下 回复此楼
4楼2013-03-11 20:02:58
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

liyincumt

金虫 (职业作家)

小学生

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
jiaoyixiong: 金币+3, 赞 2013-03-12 08:16:02
gezhenpeng: 金币+20, ★★★很有帮助, 谢谢，没及时给你评分，不好意思啊 2013-03-28 14:30:49
引用回帖:
4楼: Originally posted by gezhenpeng at 2013-03-11 20:02:58
那top文件怎么生成呢？就是键、键角的信息。...

先要用工具包中parmchk工具check是不是有不识别或者不合适的键长或二面角，命令格式如下：
parmchk -i graphene.mol2 -f mol2 -o graphene.frcmod
一些amber认为异常的键长键角信息包括在frcmod文件中。
然后在tleap命令中输入以下命令：
graphene=loadmol2 graphene.mol2
loadamberparams graphene.frcmod
check graphene
saveoff graphene.lib
saveamberparm graphene graphene.prmtop graphene.inpcrd
prmtop文件就包含所有键，键角，二面角的信息
赞一下(3人) 回复此楼
千里之行，始于足下
5楼2013-03-12 00:03:47
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

liyincumt

金虫 (职业作家)

小学生
看来楼主还是舍不得bb啊。
赞一下 回复此楼
千里之行，始于足下
6楼2013-03-16 15:55:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)
引用回帖:
6楼: Originally posted by liyincumt at 2013-03-16 15:55:32
看来楼主还是舍不得bb啊。

我给他站内信催了，再不给，强制执行
赞一下(1人) 回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

gezhenpeng
7楼2013-03-17 10:40:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gezhenpeng

铜虫 (小有名气)
送鲜花一朵
引用回帖:
7楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2013-03-17 10:40:39
我给他站内信催了，再不给，强制执行...

不好意思，版主，劳您大驾了
赞一下 回复此楼
8楼2013-03-28 14:31:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gezhenpeng

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by liyincumt at 2013-03-12 00:03:47
先要用工具包中parmchk工具check是不是有不识别或者不合适的键长或二面角，命令格式如下：
parmchk -i graphene.mol2 -f mol2 -o graphene.frcmod
一些amber认为异常的键长键角信息包括在frcmod文件中。
然后在 ...

您的意思是frcmod 文件要自己做？
赞一下 回复此楼
9楼2013-03-28 15:37:41
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

liyincumt

金虫 (职业作家)

小学生
引用回帖:
9楼: Originally posted by gezhenpeng at 2013-03-28 15:37:41
您的意思是frcmod 文件要自己做？...

是的。
回复此楼
千里之行，始于足下
10楼2013-03-28 20:47:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 gezhenpeng 的主题更新
101/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 306求调剂 +7 chuanzhu川烛 2026-03-18 7/350 2026-03-23 09:22 by king123！
[考研] 北科281学硕材料求调剂 +6 tcxiaoxx 2026-03-20 6/300 2026-03-22 20:23 by edmund7
[考研] 298求调剂一志愿211 +3 上岸6666@ 2026-03-20 3/150 2026-03-22 15:50 by ColorlessPI
[考研] 269专硕求调剂 +6 金恩贝 2026-03-21 6/300 2026-03-22 14:31 by ColorlessPI
[考研] 085600材料与化工306 +4 z1z2z3879 2026-03-21 4/200 2026-03-21 23:44 by ms629
[考研] 材料学硕301分求调剂 +7 Liyouyumairs 2026-03-21 7/350 2026-03-21 22:31 by peike
[考研] 初试 317 +7 半拉月丙 2026-03-20 7/350 2026-03-21 22:26 by peike
[考研] 材料学硕333求调剂 +3 北道巷 2026-03-18 3/150 2026-03-21 18:17 by 学员8dgXkO
[考研] 306求0703调剂一志愿华中师范 +5 纸鱼ly 2026-03-21 5/250 2026-03-21 17:11 by 学员8dgXkO
[考研] 301求调剂 +10 yy要上岸呀 2026-03-17 10/500 2026-03-21 03:14 by JourneyLucky
[考研] 二本跨考郑大材料306英一数二 +3 z1z2z3879 2026-03-17 3/150 2026-03-21 02:29 by JourneyLucky
[考研] 一志愿中国石油大学（华东） 本科齐鲁工业大学 +3 石能伟 2026-03-17 3/150 2026-03-21 02:22 by JourneyLucky
[考研] 一志愿 西北大学 ，070300化学学硕，总分287，双非一本，求调剂。 +3 晨昏线与星海 2026-03-18 3/150 2026-03-21 00:46 by JourneyLucky
[考研] 308求调剂 +3 阿姐阿姐家啊 2026-03-18 3/150 2026-03-20 23:24 by JourneyLucky
[考研] 329求调剂 +9 想上学吖吖 2026-03-19 9/450 2026-03-20 22:01 by luoyongfeng
[考研] 一志愿西南交通 专硕 材料355 本科双非 求调剂 +5 西南交通专材355 2026-03-19 5/250 2026-03-20 21:10 by JourneyLucky
[考研] 工科材料085601 279求调剂 +7 困于星晨 2026-03-17 9/450 2026-03-20 17:38 by 无懈可击111
[考研] 320求调剂0856 +3 不想起名字112 2026-03-19 3/150 2026-03-19 22:53 by 学员8dgXkO
[考研] 材料与化工求调剂 +7 为学666 2026-03-16 7/350 2026-03-19 14:48 by 尽舜尧1
[考研] [导师推荐]西南科技大学国防/材料导师推荐 +3 尖角小荷 2026-03-16 6/300 2026-03-16 23:21 by 尖角小荷
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭