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gezhenpeng

铜虫 (小有名气)

[求助] 怎样生成Amber可用的石墨烯结构文件

求助一下,本人常用的软件是VMD,NAMD,现在想用一下Amber,主要是因为Amber中有极化力场。VMD中又很方便的工具生成石墨烯,不知道Amber怎么做到这点,请求指导,谢谢。
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gezhenpeng

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
5楼: Originally posted by liyincumt at 2013-03-12 00:03:47
先要用工具包中parmchk工具check是不是有不识别或者不合适的键长或二面角,命令格式如下:
parmchk -i graphene.mol2 -f mol2 -o graphene.frcmod
一些amber认为异常的键长键角信息包括在frcmod文件中。
然后在 ...

您的意思是frcmod 文件要自己做?
9楼2013-03-28 15:37:41
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张玲海

木虫 (正式写手)

很抱歉...您说的我也不懂。我是是一个研二的学生,您另问高明吧
简单的生活
2楼2013-03-10 20:03:29
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liyincumt

金虫 (职业作家)

小学生

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2013-03-12 08:15:33
可以先用其他软件比如hyperchem或者chem3d生成石墨烯的立体结构(mol2文件),mol2文件中需包括以下几个参数:原子类型,残基名,总电荷数。然后在leap脚本中用graphene=loadmol2 graphene.mol2 命令载入石墨烯的结构。
千里之行,始于足下
3楼2013-03-11 17:37:18
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gezhenpeng

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by liyincumt at 2013-03-11 17:37:18
可以先用其他软件比如hyperchem或者chem3d生成石墨烯的立体结构(mol2文件),mol2文件中需包括以下几个参数:原子类型,残基名,总电荷数。然后在leap脚本中用graphene=loadmol2 graphene.mol2 命令载入石墨烯的结 ...

那top文件怎么生成呢?就是键、键角的信息。
4楼2013-03-11 20:02:58
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