24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
查看: 1876  |  回复: 9
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

gezhenpeng

铜虫 (小有名气)

[求助] 怎样生成Amber可用的石墨烯结构文件

求助一下,本人常用的软件是VMD,NAMD,现在想用一下Amber,主要是因为Amber中有极化力场。VMD中又很方便的工具生成石墨烯,不知道Amber怎么做到这点,请求指导,谢谢。
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

TOMA'S INDEX

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gezhenpeng

铜虫 (小有名气)

送鲜花一朵
引用回帖:
7楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2013-03-17 10:40:39
我给他站内信催了,再不给,强制执行...

不好意思,版主,劳您大驾了
8楼2013-03-28 14:31:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 10 个回答

张玲海

木虫 (正式写手)

很抱歉...您说的我也不懂。我是是一个研二的学生,您另问高明吧
简单的生活
2楼2013-03-10 20:03:29
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

liyincumt

金虫 (职业作家)

小学生

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2013-03-12 08:15:33
可以先用其他软件比如hyperchem或者chem3d生成石墨烯的立体结构(mol2文件),mol2文件中需包括以下几个参数:原子类型,残基名,总电荷数。然后在leap脚本中用graphene=loadmol2 graphene.mol2 命令载入石墨烯的结构。
千里之行,始于足下
3楼2013-03-11 17:37:18
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gezhenpeng

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by liyincumt at 2013-03-11 17:37:18
可以先用其他软件比如hyperchem或者chem3d生成石墨烯的立体结构(mol2文件),mol2文件中需包括以下几个参数:原子类型,残基名,总电荷数。然后在leap脚本中用graphene=loadmol2 graphene.mol2 命令载入石墨烯的结 ...

那top文件怎么生成呢?就是键、键角的信息。
4楼2013-03-11 20:02:58
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 211本科材料化工求调剂 +15 YHLAH 2026-04-11 18/900 2026-04-12 19:09 by YHLAH
[考研] 344 材料专业 求调剂211 无地域要求 +6 hualkop 2026-04-11 6/300 2026-04-12 15:00 by seattle40
[考研] 药学305求调剂 +8 玛卡巴卡boom 2026-04-10 8/400 2026-04-12 00:07 by zhouwenxian
[考研] 343求调剂 +9 王国帅 2026-04-10 9/450 2026-04-11 20:31 by dongdian1
[考研] 288求调剂,一志愿华南理工大学071005 +18 ioodiiij 2026-04-08 18/900 2026-04-11 20:25 by liyun12321
[考研] 求调剂 +6 电气300求调剂不 2026-04-08 6/300 2026-04-11 20:14 by 逆水乘风
[考研] 求调剂 +11 翩翩一书生 2026-04-09 11/550 2026-04-11 19:57 by 逆水乘风
[考研] 本科211 工科085400 280分求调剂 可跨专业 +11 LZH(等待调剂中 2026-04-10 11/550 2026-04-11 08:39 by zhq0425
[考研] 一志愿211,化学学硕,310分,本科重点双非,求调剂 +17 努力奋斗112 2026-04-06 20/1000 2026-04-11 00:31 by wangjihu
[考研] 材料专业344求调剂 +16 hualkop 2026-04-10 21/1050 2026-04-10 17:28 by laoshidan
[考研] 282,电气工程专业,求调剂,不挑专业 +9 jggshjkkm 2026-04-10 9/450 2026-04-10 14:55 by 逆水乘风
[考研] 一志愿中国科学院上海有机所,有机化学356分找调剂 +11 Nadiums 2026-04-09 11/550 2026-04-09 18:04 by lijunpoly
[考研] 286求调剂 +19 Faune 2026-04-08 20/1000 2026-04-09 08:36 by 哦哦123
[考研] 296求调剂 +3 汪!?! 2026-04-08 3/150 2026-04-08 22:00 by zhouyuwinner
[考研] 304求调剂 +10 素年祭语 2026-04-06 17/850 2026-04-08 09:05 by 蓝云思雨
[考研] 338求调剂 +8 wxygxsaaaaa 2026-04-06 8/400 2026-04-08 06:58 by 无际的草原
[考研] 生物医药调剂|SCI中科院三区一作+多项科研成果 +8 likangxing 2026-04-07 11/550 2026-04-08 00:02 by lys0704
[考研] 331求调剂 +5 张元一 2026-04-07 6/300 2026-04-07 22:13 by hemengdong
[考研] 一志愿西电085401求调剂 +4 sunw1306 2026-04-07 4/200 2026-04-07 16:40 by 啵啵啵0119
[考研] 328求调剂 +4 ghhh88888 2026-04-06 5/250 2026-04-07 14:45 by ghhh88888
信息提示
请填处理意见