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kgpurin

新虫 (初入文坛)

[求助] 请高手分析一下这个提取的植物叶片基因组dna的跑胶图。

第一张是takara试剂盒提取的，测得的260/280是2.1-2.3。浓度20ng/ul左右。第二张是CTAB提取的，浓度1000ng/ul左右,od值2.3-2.6.
两次点样都是1ul。
请问两次提取的可以做pcr吗？染色体步移呢？请大家帮忙分析一下，谢谢~~

dwarf 12 plain12 图kit  Administrator 2013-03-06 19 时 35 分.jpg



基因组dna dwarf 123 plain123 Administrator 2013-03-06 10 时 07 分.jpg
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1楼 2013-03-06 20:52:58
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kgpurin

新虫 (初入文坛)
另外，第二张点样孔周围的很整齐的条带是什么呢？？很奇怪
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2楼2013-03-06 20:55:17
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zltj2008

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
做PCR肯定是可以的，染色体步移不清楚，如果是用TAIL-PCR做，这样的DNA应该也是可以的。另外点样孔周围应该是点样孔里跑不出去的杂质。
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3楼2013-03-07 08:47:34
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chenguestc

木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
kgpurin: 金币+1, ★★★很有帮助 2013-03-07 23:25:11
点样孔跑不出来的或许是组蛋白，因为其分子量大，还未跑出来。
常规PCR都OK，只是第二个图里，有大量的RNA降解，弥散的绝大部分为RNA，
如果做PCR，第二个，可以先用RNA酶处理之后再用。
染色体步移尽量用质量稍微好一点的DNA，第一张图里的可用。如果用第二个图里的DNA, 请先把蛋白再抽提一次，然后处理一下RNA.
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4楼2013-03-07 09:21:37
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kgpurin

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by zltj2008 at 2013-03-07 08:47:34
做PCR肯定是可以的，染色体步移不清楚，如果是用TAIL-PCR做，这样的DNA应该也是可以的。另外点样孔周围应该是点样孔里跑不出去的杂质。

谢谢~~我原来也觉得是杂质，但是不觉得太整齐了吗？
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5楼2013-03-07 20:20:54
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kgpurin

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by chenguestc at 2013-03-07 09:21:37
点样孔跑不出来的或许是组蛋白，因为其分子量大，还未跑出来。
常规PCR都OK，只是第二个图里，有大量的RNA降解，弥散的绝大部分为RNA，
如果做PCR，第二个，可以先用RNA酶处理之后再用。
染色体步移尽量用质量稍 ...

非常感谢。还想请教您两个问题。
1.能麻烦详细解释一下，第二张图我现在已经提取完成之后100ul左右dna，现在再抽提蛋白要如何操作呢？
2.第一张图的260/280值那么高，这种od值不会对pcr有影响吧？
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6楼2013-03-07 20:25:19
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chenguestc

木虫 (职业作家)
1，如果你的样品浓度比较高，可以考虑抽提，如果样品浓度不高，可以只加入RNA酶处理一下即可。抽提会损失很大一部分DNA。如果你确实想抽提，就直接加入24比1的氯仿/异戊醇进行抽提，抽提完离心取上清，加入预冷的异丙醇沉淀DNA即可。
2，对PCR不会影响。虽然从图上看不到RNA，其实里面有部分已经降解的。对PCR完全不会影响。
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7楼2013-03-08 09:43:25
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kgpurin

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
7楼: Originally posted by chenguestc at 2013-03-08 09:43:25
1，如果你的样品浓度比较高，可以考虑抽提，如果样品浓度不高，可以只加入RNA酶处理一下即可。抽提会损失很大一部分DNA。如果你确实想抽提，就直接加入24比1的氯仿/异戊醇进行抽提，抽提完离心取上清，加入预冷的异 ...

谢谢！
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8楼2013-03-09 00:21:50
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吴大铭00

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by chenguestc at 2013-03-07 09:21:37
点样孔跑不出来的或许是组蛋白，因为其分子量大，还未跑出来。
常规PCR都OK，只是第二个图里，有大量的RNA降解，弥散的绝大部分为RNA，
如果做PCR，第二个，可以先用RNA酶处理之后再用。
染色体步移尽量用质量稍 ...

我用这个DNA做分子标记，不去除这样的蛋白行吗？

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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9楼2014-06-10 16:42:46
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chenguestc

木虫 (职业作家)
普通PCR没有问题，可以用。
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10楼2014-06-18 20:00:50
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