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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 请教使用gel red 染料的同学们，你们使用的琼脂糖都是什么品牌什么型号的？
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老夏853

铁杆木虫 (著名写手)

[求助] 请教使用gel red 染料的同学们，你们使用的琼脂糖都是什么品牌什么型号的？

求助！！！
实验室换了安全燃料 gelred，但是跑出的条带不是弯曲的笑脸型就是 w型的。燃料美国总部建议使用纯度更好的琼脂糖，一时也不知道该用什么。
所以 在此发问，有没有哪位同学同样使用gelred 的，电泳条带没有问题的
你们使用的琼脂糖的品牌、型号。能帮忙起身去看看货号更好！谢谢各位了、

顺便，如果有同学觉得问题不在琼脂糖，也可以指出来。。。


120V 20 min，缓冲液 1x TAE，  TAKARA 的loading buffer 6X ，琼脂糖是西班牙进口的 G10，与之前用EB 后染的条件一模一样。 但是电泳条带就是这个样子的。。希望指点。

1118.jpg
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1楼 2012-12-24 15:44:11
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547star

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
小丹木木: 金币+3, 鼓励应助 2012-12-27 16:59:45
小丹木木: 回帖置顶 2012-12-27 16:59:47
后染跑什么染料都没关系,就看染料稳定不稳定,不稳定的话就比加到样里面消耗多很多,有点浪费.根据我用其他染料的经验,估计是加染料多了.loading buffer 不值钱,混入核酸染料的时候少加一些,比如是1/4,然后上样的时候先试试每个上样孔加不同量的混了核酸染料的loading buffer,会有一定范围跑出来合适的带的.从电泳图看,marker有6条带还歪,如果一般的样只有marker其中一条带那么多DNA的话，至少要比你现在用的要低6倍，推测低10倍可能就合适了。
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为什么
7楼2012-12-25 00:39:28
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

zhlf1989513

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
我们用的是Biowest lot no是111860从来没出现过你这种问题。。。
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keepon
3楼2012-12-24 16:33:12
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happyjob

新虫 (初入文坛)
这种提倡安全无毒的染料基本上都是大分子的，没有膜透性，不会进入到细胞膜中。但是大分子一般对电泳都有影响，凝胶孔隙是一定的，本来跑胶没什么问题的，但是染料分子量一大，就会很容易造成过载现象。一般要不就是做后染，不过比较费染料。要真做预制胶的话还是尽量减少染料的添加量。根据自己试验的要求来做，也别尽信产品说明书，多稀释点，只要亮度够，就没有问题。
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30楼2013-02-22 11:17:31
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Haibara_Ai

铜虫 (小有名气)
EMD OmniPur® Agarose
跑胶没任何问题
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31楼2013-02-22 23:28:05
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yuqianswim

银虫 (小有名气)
我最近用SYBR@gold跑胶和楼主的一模一样，之前还一直怀疑是不是我买的胶的问题，看到楼主的帖子才发现不是agrose的问题（咱们的两个的agrose不同，染料也不同，但是之前做的时候都挺好的，我唯一不同的是之前用的是EB，现在换成了SYBR），于是我就像是不是染料的问题，果真如此：今天晚上又跑了一次，这次是后染，发现这种微笑或是波浪形的问题就没有了，就是因为SYBR是大分子，如果过和核酸结合后是会影响电泳的迁移率的，所以对于大分子的染料最好是后染，不过我下一步会试试稀释足够的倍数是不是可以再制备胶的时候加进去。
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38楼2015-01-19 20:49:35
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老夏853

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
38楼: Originally posted by yuqianswim at 2015-01-19 20:49:35
我最近用SYBR@gold跑胶和楼主的一模一样，之前还一直怀疑是不是我买的胶的问题，看到楼主的帖子才发现不是agrose的问题（咱们的两个的agrose不同，染料也不同，但是之前做的时候都挺好的，我唯一不同的是之前用的是 ...

是的  
后来我也想明白了。染料能和DNA结合 必定带相反电荷 在 电泳的时候也会向着反方向移动。 安全的染料号称是大分子 不能透过细胞膜 那么 带的电荷大到一定程度就会影响核酸片段的迁移 造成条带弯曲。。。。

市售的  gelred 有真有假。 真的是大分子  电泳条带弯曲。 假的是EB 勾兑的  条带没问题。。。
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39楼2015-01-20 10:01:43
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普通回帖

547star

木虫 (著名写手)
不是后染的吧?
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为什么
2楼2012-12-24 16:10:37
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老夏853

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 547star at 2012-12-24 16:10:37
不是后染的吧?

之前是用EB 后染。 觉得麻烦又有危害 所以选择这个 在做胶的时候加进去。
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4楼2012-12-24 20:50:17
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老夏853

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by zhlf1989513 at 2012-12-24 16:33:12
我们用的是Biowest lot no是111860从来没出现过你这种问题。。。

你们也用gelred染液？ 在做胶的时候按照1:10000 加进去吗额？
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5楼2012-12-24 20:50:48
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老夏853

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by zhlf1989513 at 2012-12-24 16:33:12
我们用的是Biowest lot no是111860从来没出现过你这种问题。。。

刚去看了下 我们的 琼脂糖跟你的一样。
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6楼2012-12-24 20:54:36
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zhlf1989513

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

引用回帖:
6楼: Originally posted by 老夏853 at 2012-12-24 20:54:36
刚去看了下 我们的 琼脂糖跟你的一样。...

我们用的染料是Goldview。。。。
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keepon
8楼2012-12-25 08:40:02
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zhlf1989513

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

引用回帖:
5楼: Originally posted by 老夏853 at 2012-12-24 20:50:48
你们也用gelred染液？ 在做胶的时候按照1:10000 加进去吗额？...

我们的比例是1:20000.。。。4ml的胶液用2ul的Goldview
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keepon
9楼2012-12-25 08:41:43
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追梦的狼
10楼2012-12-25 09:02:48
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