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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 晶体复合物1xpb中的RNA和DNA怎么除去
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xufund

至尊木虫 (知名作家)

[求助] 晶体复合物1xpb中的RNA和DNA怎么除去

要做分子对接，但复合物结构中含有DNA，RNA不知如何除去，特请教大家。谢谢
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1楼 2012-12-19 20:10:45
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lrf1980

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-12-20 08:21:33
xufund: 金币+2, ★★★很有帮助, 谢谢指点。不过我试了一下，它显示的大约有0-10个目录，打开后都是三个字母表示的东西，也搞不清楚哪个是RNA，哪个是DNA片段。能否再详细点拨一下？ 2012-12-20 21:26:11
如果是mgltools的话，在左边的分子信息栏里面，如果你展开这个分子的话，所有的氨基酸序列，溶剂，配体信息都会显示出来。把你的DNA，RNA对应的片段选中，然后在edit里面选中delete selected atoms就好了。
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2楼2012-12-19 20:37:21
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lrf1980

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
chaizhm: 金币+3, 谢谢~ 2013-03-26 09:46:10
我不知道你说的1xpb是不是在protein data bank上的1xpb，如果是的话，这个结构里面除了水和硫酸根外，其它就只剩下蛋白质的氨基酸序列。应该没有其它的复合物了。但是如果你说的不是那个的话，那我就不清楚了。
mgltools左边边栏的dashboard里首先显示的是1xpb，你点击1xpb边上的箭头表示，会显示更具体的结构，一般是chain 的信息，一条chain一般就A，多条的话就A，B或者X，Y什么的。再进去就是氨基酸系列了。
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3楼2012-12-21 19:29:03
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xufund

至尊木虫 (知名作家)
非常抱歉，应该是1xbp。我用的版本是1.5.6rc3，现截个图，麻烦您看一下

截图.jpg
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4楼2012-12-22 07:59:25
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lrf1980

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2013-03-26 09:46:20
http://www.pdb.org/pdb/explore/explore.do?structureId=1xbp
你应该仔细看看pdb上每个链的介绍，结构里看，没有人可以看得出来。另外如果你不知道哪个是的话，你应该多查查文献，这个软件只是帮你看结构的。
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5楼2012-12-22 10:12:07
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autodockytu

捐助贵宾 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2013-03-26 09:46:30
可以考虑安装个pymol软件，然后在pymol中打开复合物，直接删除DNA或者RNA
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6楼2013-03-25 19:01:52
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