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紫漠残星

木虫 (正式写手)

[求助] AMBER10输入文件

请问，在AMBER中模拟一个酶和一个小分子配体的输入文件如何编写？都需要那些参数？
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努力，不放弃
1楼 2012-12-12 19:32:29
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wangyan10

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+3, 鼓励交流 2012-12-12 21:23:54
紫漠残星: 金币+5, ★有帮助 2012-12-18 12:06:37
这个问题问的好宽泛。感觉就是无从下手啊。AMBER的输入文件要如何去写，要怎么写才能到达你自己体系的模拟目的，建议楼主好好看看Amber tutorials吧！这个是网址：http://ambermd.org/tutorials/
另外有一些输入文件的参数不确定是什么意思，就查查Amber的手册，或者是AmberTools的手册吧。现在网上能下载到的版本是Amber12.看了以上这些材料之后，你的问题你自己就应该能解决了。
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努力的生活着
2楼2012-12-12 20:55:11
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紫漠残星

木虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by wangyan10 at 2012-12-12 20:55:11
这个问题问的好宽泛。感觉就是无从下手啊。AMBER的输入文件要如何去写，要怎么写才能到达你自己体系的模拟目的，建议楼主好好看看Amber tutorials吧！这个是网址：http://ambermd.org/tutorials/
另外有一些输入文 ...

请问一下你知不知道我这种情况下大概用什么参数啊？例子我有看过，可是具体参数的选择和大概数值还是不太知道，谢谢了
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努力，不放弃
3楼2012-12-13 10:16:12
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wangyan10

铁杆木虫 (正式写手)
★
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2012-12-13 14:27:53
引用回帖:
3楼: Originally posted by 紫漠残星 at 2012-12-13 10:16:12
请问一下你知不知道我这种情况下大概用什么参数啊？例子我有看过，可是具体参数的选择和大概数值还是不太知道，谢谢了...

你这个体系说名的太宽泛了。没办法确定应该用啥样的参数。不过自带的教程中的大多数参数都可以进行模拟的，不会太影响结果。
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努力的生活着
4楼2012-12-13 10:40:13
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紫漠残星

木虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by wangyan10 at 2012-12-13 10:40:13
你这个体系说名的太宽泛了。没办法确定应该用啥样的参数。不过自带的教程中的大多数参数都可以进行模拟的，不会太影响结果。...

那请问模拟两个分子和只模拟一个分子的输入文件有什么区别么？
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努力，不放弃
5楼2012-12-13 13:41:56
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wangyan10

铁杆木虫 (正式写手)
★
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2012-12-13 14:28:02
引用回帖:
5楼: Originally posted by 紫漠残星 at 2012-12-13 13:41:56
那请问模拟两个分子和只模拟一个分子的输入文件有什么区别么？...

好好看看我给你发过去的那个网址上的教程吧。那上面单个分子的以及复合物的输入文件都有。
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努力的生活着
6楼2012-12-13 14:11:07
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紫漠残星

木虫 (正式写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by wangyan10 at 2012-12-13 14:11:07
好好看看我给你发过去的那个网址上的教程吧。那上面单个分子的以及复合物的输入文件都有。...

好的  谢谢了
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努力，不放弃
7楼2012-12-13 15:54:21
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紫漠残星

木虫 (正式写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by wangyan10 at 2012-12-13 14:11:07
好好看看我给你发过去的那个网址上的教程吧。那上面单个分子的以及复合物的输入文件都有。...

请问一下你有没有一个类似这方面的例子的MD输入文件让我参考下？谢谢了
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努力，不放弃
8楼2012-12-14 09:49:19
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