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schalke至尊木虫 (著名写手)
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如何做氨基酸残基稳定过渡态后的过渡态结构优化？
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目标反应为Diels-Alder反应。已经将未催化状态下的过渡态结构优化完成并进行了频率计算和IRC路径验证，结果正确。 现在想做多种氨基酸残基通过与底物当中的氢键供体、受体形成氢键来稳定过渡态。(下图图例中底物与我的底物不同，但原理相似）  我的做法是在已优化后过渡态中加入Glu残基后第二次寻找过渡态，但使用DFT b3lyp/6-31g+(d,p)算一个星期也找不到，换用hf/3-21g寻找加了maxcyc=999仍出现L9999错误。 我对催化残基不是很懂，请问各位该如何改进输入文件（初始构型，分子间距以及体系电荷）？[ Last edited by schalke on 2012-12-12 at 12:32 ] |
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2012-12-12 12:26:47, 5.38 K
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