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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 如何做氨基酸残基稳定过渡态后的过渡态结构优化？
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schalke

至尊木虫 (著名写手)

[求助] 如何做氨基酸残基稳定过渡态后的过渡态结构优化？

目标反应为Diels-Alder反应。已经将未催化状态下的过渡态结构优化完成并进行了频率计算和IRC路径验证，结果正确。
现在想做多种氨基酸残基通过与底物当中的氢键供体、受体形成氢键来稳定过渡态。(下图图例中底物与我的底物不同，但原理相似）

我的做法是在已优化后过渡态中加入Glu残基后第二次寻找过渡态，但使用DFT b3lyp/6-31g+(d,p)算一个星期也找不到，换用hf/3-21g寻找加了maxcyc=999仍出现L9999错误。
我对催化残基不是很懂，请问各位该如何改进输入文件（初始构型，分子间距以及体系电荷）？[ Last edited by schalke on 2012-12-12 at 12:32 ]
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  • 附件 1 : 20121212-ts_opt_glu_res_simplized.gjf
    • 2012-12-12 12:26:47, 5.38 K

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1楼 2012-12-12 12:30:27
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schalke

至尊木虫 (著名写手)
顶啊。。跪求啊。。救命啊。。要死人啦。。。
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2楼2012-12-13 14:35:49
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schalke

至尊木虫 (著名写手)
再顶，坚持到有人回复
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3楼2012-12-14 09:10:20
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schalke

至尊木虫 (著名写手)
顶
4楼2012-12-18 09:00:10
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