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469187892银虫 (小有名气)
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npt 模拟遇到的问题
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在npt模拟中，如果想固定一些氨基酸可以通过freezegrps = protein 设蛋白冻住 freezedim = Y Y Y，固定吗？只优化DPPC，但这样做的话 constraints = none 才能运行，但会出现WARNING 1 [file topol.top, line 104]: The bond in molecule-type Protein_chain_B between atoms 1 N and 2 H1 has an estimated oscillational period of 1.0e-02 ps, which is less than 5 times the time step of 2.0e-03 ps. Maybe you forgot to change the constraints mdp option. 如果设 constraints = all-bonds 就会出现很多lincs warning, 不知道该怎么固定一些氨基酸，请求大家的帮助！  |
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469187892: 金币+5, ★★★很有帮助, 谢谢了 2012-12-12 10:16:55
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我也遇到过这样的问题， “The bond in molecule-type Protein_chain_B between atoms 1 N and 2 H1 has an estimated oscillational period of 1.0e-02 ps, which is less than 5 times the time step of 2.0e-03 ps. ” 的问题我在NPT 的时候，忽略了。 但是 我觉得你“想固定一些氨基酸可以通过freezegrps = protein ” 这样设置不太妥，因为这样把所有的蛋白质都设置成了一疙瘩刚体。 你可以试试只freezegrps 只选择蛋白质中的几个重原子，这样蛋白质也不会动，但是其他的原子也能够很好的与其他分子达到平衡。 或者你使用position restraint试试。 |
4691878922楼2012-12-12 08:42:18
469187892
银虫 (小有名气)
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