| 查看: 1353 | 回复: 3 | |||
469187892银虫 (小有名气)
|
[求助]
npt 模拟遇到的问题
|
|
在npt模拟中，如果想固定一些氨基酸可以通过freezegrps = protein 设蛋白冻住 freezedim = Y Y Y，固定吗？只优化DPPC，但这样做的话 constraints = none 才能运行，但会出现WARNING 1 [file topol.top, line 104]: The bond in molecule-type Protein_chain_B between atoms 1 N and 2 H1 has an estimated oscillational period of 1.0e-02 ps, which is less than 5 times the time step of 2.0e-03 ps. Maybe you forgot to change the constraints mdp option. 如果设 constraints = all-bonds 就会出现很多lincs warning, 不知道该怎么固定一些氨基酸，请求大家的帮助！  |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 Gromacs |
» 猜你喜欢
0703总分331求调剂
已经有6人回复
-
085600，321分求调剂
已经有7人回复
-
325求调剂
已经有4人回复
-
085600，320分求调剂
已经有12人回复
-
一志愿0817化学工程与技术，求调剂
已经有27人回复
-
一志愿北京化工085600 310分求调剂
已经有8人回复
-
一志愿哈尔滨工业大学085600英一数二337分求调剂
已经有10人回复
-
22408求调剂 354分 可跨专业
已经有3人回复
-
277工科求调剂
已经有4人回复
-
一志愿沪9，求生物学调剂，326分
已经有3人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- gromacs 模拟NPT系宗出问题
已经有8人回复
- Ansys热分析遇到了问题，怎么解决？
已经有6人回复
- 关于amber动力学模拟中MM/GBSA的问题
已经有7人回复
- Gibbs系综和NPT系综的区别
已经有4人回复
- 在做fluent例子的时候遇到了问题，发现无法进行迭代计算，求教大家
已经有9人回复
- fluent遇到的问题
已经有4人回复
- NPT系综的平衡问题
已经有10人回复
- 动力学跑NPT时如何得到比体积与时间的关系图？
已经有9人回复
- 【原创】EMASS是CPMD最重要的参数
已经有20人回复
- 【求助】NPT分子动力学程序
已经有5人回复
- 【求助】CASTEP做Dynamic时晶体易变……
已经有12人回复
- 【求助成功】MS Amorphous Cell 建模问题
已经有14人回复
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
469187892: 金币+5, ★★★很有帮助, 谢谢了 2012-12-12 10:16:55
感谢参与，应助指数 +1
469187892: 金币+5, ★★★很有帮助, 谢谢了 2012-12-12 10:16:55
|
我也遇到过这样的问题， “The bond in molecule-type Protein_chain_B between atoms 1 N and 2 H1 has an estimated oscillational period of 1.0e-02 ps, which is less than 5 times the time step of 2.0e-03 ps. ” 的问题我在NPT 的时候，忽略了。 但是 我觉得你“想固定一些氨基酸可以通过freezegrps = protein ” 这样设置不太妥，因为这样把所有的蛋白质都设置成了一疙瘩刚体。 你可以试试只freezegrps 只选择蛋白质中的几个重原子，这样蛋白质也不会动，但是其他的原子也能够很好的与其他分子达到平衡。 或者你使用position restraint试试。 |
» 本帖已获得的红花（最新10朵）
4691878922楼2012-12-12 08:42:18
469187892
银虫 (小有名气)
- 应助: 2 (幼儿园)
- 金币: 909.7
- 散金: 15
- 帖子: 54
- 在线: 21.1小时
- 虫号: 1441709
- 注册: 2011-10-14
- 专业: 理论和计算化学
3楼2012-12-12 10:22:21
4楼2012-12-12 10:54:53
