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求助，CODEHOP 设计的简并引物结果怎么选取~ 已有3人参与
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CODEHOP Results Block unknown__A Oligos I G R R R A V P V I Y L Q G S H Y E V G Y D V G R N F A S I I Q S F L K T Y Q N L R D F E R E Y CAGAACCTGAGGGACTTCgarmrngarta -3' Core: degen=64 len=11 Clamp: score=74, len=18 temp= 60.4 CCTACCAGAACCTGAGGGACttygarmrnga -3' Core: degen=64 len=11 Clamp: score=70, len=20 temp= 60.9 CCTGAAGACCTACCAGAACCTGmrngayttyga -3' Core: degen=64 len=11 Clamp: score=67, len=22 temp= 60.2 CCCACTACGAGGTGGGCtwygaygtngg -3' Core: degen=32 len=11 Clamp: score=80, len=17 temp= 61.1 GCTCCCACTACGAGGTGggntwygaygt -3' Core: degen=32 len=11 Clamp: score=80, len=17 temp= 63.0 CCTGCAGGGCTCCCACtaygargtngg -3' Core: degen=16 len=11 Clamp: score=73, len=16 temp= 62.4 CCTGCAGGGCTCCCAytaygargtng -3' Core: degen=32 len=11 Clamp: score=75, len=15 temp= 60.5 CCTGCAGGGCTCCcaytaygargt -3' Core: degen=8 len=11 Clamp: score=68, len=13 temp= 60.5 CGTGATCTACCTGCAGGGCTCncaytaygarg -3' Core: degen=32 len=11 Clamp: score=74, len=21 temp= 64.4 CCGGCGGCGCgyngtnccngt -3' Core: degen=128 len=11 Clamp: score=60, len=10 temp= 63.4 Complement of Block unknown__A Oligos I G R R R A V P V I Y L Q G S H Y E V G Y D V G R N F A S I I Q S F L K T Y Q N L R D F E R E Y crncanggncaCTAGATGGACGTCCCGAGG -5' Core: degen=128 len=11 Clamp: score=74, len=19 temp= 63.4 gtratrctycaCCCGATGCTGCACCC -5' Core: degen=8 len=11 Clamp: score=76, len=15 temp= 61.1 tratrctycancCGATGCTGCACCCGG -5' Core: degen=32 len=12 Clamp: score=76, len=15 temp= 61.3 atrctycanccGATGCTGCACCCGG -5' Core: degen=16 len=11 Clamp: score=73, len=14 temp= 61.3 ccnawrctrcaCCCGGCCTTGAAGC -5' Core: degen=32 len=11 Clamp: score=73, len=14 temp= 61.2 awrctrcanccGGCCTTGAAGCGG -5' Core: degen=32 len=11 Clamp: score=70, len=13 temp= 61.4 ctraarctykyCCTCATG -5' Core: degen=32 len=11 Clamp: score=79, len=7 temp=-22.4 *** CLAMP NEEDS EXTENSION aarctykynctCATG -5' Core: degen=64 len=11 Clamp: score=79, len=4 temp=-50.7 *** CLAMP NEEDS EXTENSION ctykynctyatG -5' Core: degen=64 len=11 Clamp: score=56, len=1 temp=-140.7 *** CLAMP NEEDS EXTENSION Block unknown__B Oligos N T P T G R N A Y D K T L A N M K Q R Y P Y Y V K E M GCAGCGGTACCCCTACTACgtnaargarat -3' Core: degen=16 len=11 Clamp: score=79, len=19 temp= 62.6 GAAGCAGCGGTACCCCTACtaygtnaarga -3' Core: degen=16 len=11 Clamp: score=77, len=19 temp= 60.6 TGAAGCAGCGGTACCCCtaytaygtnaa -3' Core: degen=16 len=11 Clamp: score=74, len=17 temp= 61.7 CATGAAGCAGCGGTACccntaytaygt -3' Core: degen=16 len=11 Clamp: score=74, len=16 temp= 60.2 GCCACCGGCCGGrmngcntayga -3' Core: degen=128 len=11 Clamp: score=63, len=12 temp= 60.2 Complement of Block unknown__B Oligos N T P T G R N A Y D K T L A N M K Q R Y P Y Y V K E M ggnatratrcaCTTCCTCTAC -5' Core: degen=16 len=11 Clamp: score=81, len=10 temp= 26.3 *** CLAMP NEEDS EXTENSION atratrcanttCCTCTAC -5' Core: degen=16 len=11 Clamp: score=82, len=7 temp= 7.3 *** CLAMP NEEDS EXTENSION atrcanttyctCTAC -5' Core: degen=16 len=11 Clamp: score=79, len=4 temp=-40.9 *** CLAMP NEEDS EXTENSION canttyctytaC -5' Core: degen=16 len=11 Clamp: score=58, len=1 temp=-122.8 *** CLAMP NEEDS EXTENSION Block unknown__C Oligos I G T I N D N H S N R N D T G G C S D I A F K S P E N V V L G H T E D A F M E T L N H F Y I M S A H I CATGGAGACCCTGAACCACttytayathatg -3' Core: degen=12 len=12 Clamp: score=79, len=19 temp= 61.3 CATGGAGACCCTGAACCACttytayathat -3' Core: degen=12 len=11 Clamp: score=79, len=19 temp= 61.3 TCATGGAGACCCTGAACcayttytayat -3' Core: degen=8 len=11 Clamp: score=77, len=17 temp= 60.0 GCCTTCATGGAGACCCTGaaycayttyta -3' Core: degen=8 len=11 Clamp: score=73, len=18 temp= 62.5 CCGTCCTGGGCCACacngargaygc -3' Core: degen=16 len=11 Clamp: score=75, len=14 temp= 62.3 GCCGTCCTGGGCCAyacngargayg -3' Core: degen=32 len=11 Clamp: score=77, len=14 temp= 61.5 GCCGTCCTGGGCcayacngarga -3' Core: degen=16 len=11 Clamp: score=69, len=12 temp= 61.5 ATCGGCACCathaaygayaa -3' Core: degen=12 len=11 Clamp: score=75, len=9 temp= 36.8 *** CLAMP NEEDS EXTENSION ATCGGCACnathaaygaya -3' Core: degen=48 len=11 Clamp: score=85, len=8 temp= 14.5 *** CLAMP NEEDS EXTENSION ATCGGCacnathaayga -3' Core: degen=24 len=11 Clamp: score=74, len=6 temp= 14.5 *** CLAMP NEEDS EXTENSION ATCggnacnathaa -3' Core: degen=48 len=11 Clamp: score=74, len=3 temp=-27.4 *** CLAMP NEEDS EXTENSION 本人新手一枚，老板让设计简并引物，我用CODEHOP设计后不知道怎么选取 求教一下 CODEHOP的结果中是怎么选取适合的引物的？ 还有其中的degen= 是什么意思? 还有我可以从A里面选一个上游引物，B或者C里面选一个下游引物吗？ |
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小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
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http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=3011161,看看这个帖子，对于用icodehop设计兼并引物讲的很详细。 |
7楼2012-12-11 10:45:31
2楼2012-12-09 20:11:48
guxinhan123
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3楼2012-12-10 12:39:35
4楼2012-12-10 19:58:16