| 查看: 1941 | 回复: 7 | |||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | |||
[交流]
求助，CODEHOP 设计的简并引物结果怎么选取~ 已有3人参与
|
|||
|
CODEHOP Results Block unknown__A Oligos I G R R R A V P V I Y L Q G S H Y E V G Y D V G R N F A S I I Q S F L K T Y Q N L R D F E R E Y CAGAACCTGAGGGACTTCgarmrngarta -3' Core: degen=64 len=11 Clamp: score=74, len=18 temp= 60.4 CCTACCAGAACCTGAGGGACttygarmrnga -3' Core: degen=64 len=11 Clamp: score=70, len=20 temp= 60.9 CCTGAAGACCTACCAGAACCTGmrngayttyga -3' Core: degen=64 len=11 Clamp: score=67, len=22 temp= 60.2 CCCACTACGAGGTGGGCtwygaygtngg -3' Core: degen=32 len=11 Clamp: score=80, len=17 temp= 61.1 GCTCCCACTACGAGGTGggntwygaygt -3' Core: degen=32 len=11 Clamp: score=80, len=17 temp= 63.0 CCTGCAGGGCTCCCACtaygargtngg -3' Core: degen=16 len=11 Clamp: score=73, len=16 temp= 62.4 CCTGCAGGGCTCCCAytaygargtng -3' Core: degen=32 len=11 Clamp: score=75, len=15 temp= 60.5 CCTGCAGGGCTCCcaytaygargt -3' Core: degen=8 len=11 Clamp: score=68, len=13 temp= 60.5 CGTGATCTACCTGCAGGGCTCncaytaygarg -3' Core: degen=32 len=11 Clamp: score=74, len=21 temp= 64.4 CCGGCGGCGCgyngtnccngt -3' Core: degen=128 len=11 Clamp: score=60, len=10 temp= 63.4 Complement of Block unknown__A Oligos I G R R R A V P V I Y L Q G S H Y E V G Y D V G R N F A S I I Q S F L K T Y Q N L R D F E R E Y crncanggncaCTAGATGGACGTCCCGAGG -5' Core: degen=128 len=11 Clamp: score=74, len=19 temp= 63.4 gtratrctycaCCCGATGCTGCACCC -5' Core: degen=8 len=11 Clamp: score=76, len=15 temp= 61.1 tratrctycancCGATGCTGCACCCGG -5' Core: degen=32 len=12 Clamp: score=76, len=15 temp= 61.3 atrctycanccGATGCTGCACCCGG -5' Core: degen=16 len=11 Clamp: score=73, len=14 temp= 61.3 ccnawrctrcaCCCGGCCTTGAAGC -5' Core: degen=32 len=11 Clamp: score=73, len=14 temp= 61.2 awrctrcanccGGCCTTGAAGCGG -5' Core: degen=32 len=11 Clamp: score=70, len=13 temp= 61.4 ctraarctykyCCTCATG -5' Core: degen=32 len=11 Clamp: score=79, len=7 temp=-22.4 *** CLAMP NEEDS EXTENSION aarctykynctCATG -5' Core: degen=64 len=11 Clamp: score=79, len=4 temp=-50.7 *** CLAMP NEEDS EXTENSION ctykynctyatG -5' Core: degen=64 len=11 Clamp: score=56, len=1 temp=-140.7 *** CLAMP NEEDS EXTENSION Block unknown__B Oligos N T P T G R N A Y D K T L A N M K Q R Y P Y Y V K E M GCAGCGGTACCCCTACTACgtnaargarat -3' Core: degen=16 len=11 Clamp: score=79, len=19 temp= 62.6 GAAGCAGCGGTACCCCTACtaygtnaarga -3' Core: degen=16 len=11 Clamp: score=77, len=19 temp= 60.6 TGAAGCAGCGGTACCCCtaytaygtnaa -3' Core: degen=16 len=11 Clamp: score=74, len=17 temp= 61.7 CATGAAGCAGCGGTACccntaytaygt -3' Core: degen=16 len=11 Clamp: score=74, len=16 temp= 60.2 GCCACCGGCCGGrmngcntayga -3' Core: degen=128 len=11 Clamp: score=63, len=12 temp= 60.2 Complement of Block unknown__B Oligos N T P T G R N A Y D K T L A N M K Q R Y P Y Y V K E M ggnatratrcaCTTCCTCTAC -5' Core: degen=16 len=11 Clamp: score=81, len=10 temp= 26.3 *** CLAMP NEEDS EXTENSION atratrcanttCCTCTAC -5' Core: degen=16 len=11 Clamp: score=82, len=7 temp= 7.3 *** CLAMP NEEDS EXTENSION atrcanttyctCTAC -5' Core: degen=16 len=11 Clamp: score=79, len=4 temp=-40.9 *** CLAMP NEEDS EXTENSION canttyctytaC -5' Core: degen=16 len=11 Clamp: score=58, len=1 temp=-122.8 *** CLAMP NEEDS EXTENSION Block unknown__C Oligos I G T I N D N H S N R N D T G G C S D I A F K S P E N V V L G H T E D A F M E T L N H F Y I M S A H I CATGGAGACCCTGAACCACttytayathatg -3' Core: degen=12 len=12 Clamp: score=79, len=19 temp= 61.3 CATGGAGACCCTGAACCACttytayathat -3' Core: degen=12 len=11 Clamp: score=79, len=19 temp= 61.3 TCATGGAGACCCTGAACcayttytayat -3' Core: degen=8 len=11 Clamp: score=77, len=17 temp= 60.0 GCCTTCATGGAGACCCTGaaycayttyta -3' Core: degen=8 len=11 Clamp: score=73, len=18 temp= 62.5 CCGTCCTGGGCCACacngargaygc -3' Core: degen=16 len=11 Clamp: score=75, len=14 temp= 62.3 GCCGTCCTGGGCCAyacngargayg -3' Core: degen=32 len=11 Clamp: score=77, len=14 temp= 61.5 GCCGTCCTGGGCcayacngarga -3' Core: degen=16 len=11 Clamp: score=69, len=12 temp= 61.5 ATCGGCACCathaaygayaa -3' Core: degen=12 len=11 Clamp: score=75, len=9 temp= 36.8 *** CLAMP NEEDS EXTENSION ATCGGCACnathaaygaya -3' Core: degen=48 len=11 Clamp: score=85, len=8 temp= 14.5 *** CLAMP NEEDS EXTENSION ATCGGCacnathaayga -3' Core: degen=24 len=11 Clamp: score=74, len=6 temp= 14.5 *** CLAMP NEEDS EXTENSION ATCggnacnathaa -3' Core: degen=48 len=11 Clamp: score=74, len=3 temp=-27.4 *** CLAMP NEEDS EXTENSION 本人新手一枚，老板让设计简并引物，我用CODEHOP设计后不知道怎么选取 求教一下 CODEHOP的结果中是怎么选取适合的引物的？ 还有其中的degen= 是什么意思? 还有我可以从A里面选一个上游引物，B或者C里面选一个下游引物吗？ |
回复此楼» 猜你喜欢
His标签蛋白纯化怎么才能快？
已经有0人回复
-
WRN变构抑制剂HRO761：从D1/D2界面锁定到MSI合成致死的工具化合物深度解析
已经有0人回复
-
化学工程及工业化学论文润色/翻译怎么收费?
已经有250人回复
-
KRAS G12V(ON) 选择性抑制剂 RMC-5127：从三元复合物机制到科研应用
已经有0人回复
-
SHP2 变构抑制剂 Sitneprotafib：从作用机制到科研试剂选型要点
已经有0人回复
-
PRMT5·MTA 抑制剂 MRTX1719 的科研应用
已经有0人回复
-
SW033291 科研使用解析：分子特征、储存与实验获取要点
已经有0人回复
-
泛 RAS 抑制新思路：大环肽拟似物如何同时牵住突变型与野生型 RAS？
已经有0人回复
-
TYK2/JAK1 双靶点工具化合物 Brepocitinib：激酶选择性、研究进展与实验应用全解析
已经有0人回复
-
矢车菊素-3-O-葡萄糖苷质控实录：从一张HPLC图谱读懂纯度与稳定性
已经有0人回复
-
恩诺沙星（Enrofloxacin）科研解析：分子特征、LC-MS/MS 检测与实验室使用要点
已经有0人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 测序结果分析，以及RACE引物设计。求助呢
已经有3人回复
- 利用CODEHOP和iCODEHOP 设计简 并引物
已经有129人回复
- ——CODEHOP简并引物设计程序的疑惑
已经有9人回复
- 【求助/交流】设计的简并引物扩不出目的条带，求助
已经有18人回复
- 【求助/交流】紧急求助~~ 关于简并引物设计 codehop 和genefisher 在线
已经有12人回复
- 【求助/交流】同源克隆设计的引物Tm值过低怎么办
已经有12人回复
- 【求助/交流】简并引物设计软件
已经有9人回复
- 【求助/交流】问个白痴的问题，怎么设计引物并加上酶切位点？！
已经有7人回复
- 【求助/交流】（引物设计）怎么防止pET28a中Nco1的ATG影响目的基因的表达？
已经有9人回复
- 【求助/交流】NCBI中对设计的引物blast时E值怎么看？
已经有5人回复
- 【求助/交流】codehop设计的引物怎么修改？
已经有9人回复
- 【求助/交流】新手请教如何对不同物种中某一酶的氨基酸序列进行比对再设计简并引物啊�
已经有10人回复
4楼2012-12-10 19:58:16
2楼2012-12-09 20:11:48
guxinhan123
银虫 (正式写手)
- 应助: 60 (初中生)
- 金币: 361.8
- 红花: 5
- 帖子: 322
- 在线: 179.7小时
- 虫号: 526470
- 注册: 2008-03-16
- 专业: 中药资源
3楼2012-12-10 12:39:35
5楼2012-12-11 08:57:58
