| 查看: 1862 | 回复: 7 | |||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | |||
[交流]
求助，CODEHOP 设计的简并引物结果怎么选取~ 已有3人参与
|
|||
|
CODEHOP Results Block unknown__A Oligos I G R R R A V P V I Y L Q G S H Y E V G Y D V G R N F A S I I Q S F L K T Y Q N L R D F E R E Y CAGAACCTGAGGGACTTCgarmrngarta -3' Core: degen=64 len=11 Clamp: score=74, len=18 temp= 60.4 CCTACCAGAACCTGAGGGACttygarmrnga -3' Core: degen=64 len=11 Clamp: score=70, len=20 temp= 60.9 CCTGAAGACCTACCAGAACCTGmrngayttyga -3' Core: degen=64 len=11 Clamp: score=67, len=22 temp= 60.2 CCCACTACGAGGTGGGCtwygaygtngg -3' Core: degen=32 len=11 Clamp: score=80, len=17 temp= 61.1 GCTCCCACTACGAGGTGggntwygaygt -3' Core: degen=32 len=11 Clamp: score=80, len=17 temp= 63.0 CCTGCAGGGCTCCCACtaygargtngg -3' Core: degen=16 len=11 Clamp: score=73, len=16 temp= 62.4 CCTGCAGGGCTCCCAytaygargtng -3' Core: degen=32 len=11 Clamp: score=75, len=15 temp= 60.5 CCTGCAGGGCTCCcaytaygargt -3' Core: degen=8 len=11 Clamp: score=68, len=13 temp= 60.5 CGTGATCTACCTGCAGGGCTCncaytaygarg -3' Core: degen=32 len=11 Clamp: score=74, len=21 temp= 64.4 CCGGCGGCGCgyngtnccngt -3' Core: degen=128 len=11 Clamp: score=60, len=10 temp= 63.4 Complement of Block unknown__A Oligos I G R R R A V P V I Y L Q G S H Y E V G Y D V G R N F A S I I Q S F L K T Y Q N L R D F E R E Y crncanggncaCTAGATGGACGTCCCGAGG -5' Core: degen=128 len=11 Clamp: score=74, len=19 temp= 63.4 gtratrctycaCCCGATGCTGCACCC -5' Core: degen=8 len=11 Clamp: score=76, len=15 temp= 61.1 tratrctycancCGATGCTGCACCCGG -5' Core: degen=32 len=12 Clamp: score=76, len=15 temp= 61.3 atrctycanccGATGCTGCACCCGG -5' Core: degen=16 len=11 Clamp: score=73, len=14 temp= 61.3 ccnawrctrcaCCCGGCCTTGAAGC -5' Core: degen=32 len=11 Clamp: score=73, len=14 temp= 61.2 awrctrcanccGGCCTTGAAGCGG -5' Core: degen=32 len=11 Clamp: score=70, len=13 temp= 61.4 ctraarctykyCCTCATG -5' Core: degen=32 len=11 Clamp: score=79, len=7 temp=-22.4 *** CLAMP NEEDS EXTENSION aarctykynctCATG -5' Core: degen=64 len=11 Clamp: score=79, len=4 temp=-50.7 *** CLAMP NEEDS EXTENSION ctykynctyatG -5' Core: degen=64 len=11 Clamp: score=56, len=1 temp=-140.7 *** CLAMP NEEDS EXTENSION Block unknown__B Oligos N T P T G R N A Y D K T L A N M K Q R Y P Y Y V K E M GCAGCGGTACCCCTACTACgtnaargarat -3' Core: degen=16 len=11 Clamp: score=79, len=19 temp= 62.6 GAAGCAGCGGTACCCCTACtaygtnaarga -3' Core: degen=16 len=11 Clamp: score=77, len=19 temp= 60.6 TGAAGCAGCGGTACCCCtaytaygtnaa -3' Core: degen=16 len=11 Clamp: score=74, len=17 temp= 61.7 CATGAAGCAGCGGTACccntaytaygt -3' Core: degen=16 len=11 Clamp: score=74, len=16 temp= 60.2 GCCACCGGCCGGrmngcntayga -3' Core: degen=128 len=11 Clamp: score=63, len=12 temp= 60.2 Complement of Block unknown__B Oligos N T P T G R N A Y D K T L A N M K Q R Y P Y Y V K E M ggnatratrcaCTTCCTCTAC -5' Core: degen=16 len=11 Clamp: score=81, len=10 temp= 26.3 *** CLAMP NEEDS EXTENSION atratrcanttCCTCTAC -5' Core: degen=16 len=11 Clamp: score=82, len=7 temp= 7.3 *** CLAMP NEEDS EXTENSION atrcanttyctCTAC -5' Core: degen=16 len=11 Clamp: score=79, len=4 temp=-40.9 *** CLAMP NEEDS EXTENSION canttyctytaC -5' Core: degen=16 len=11 Clamp: score=58, len=1 temp=-122.8 *** CLAMP NEEDS EXTENSION Block unknown__C Oligos I G T I N D N H S N R N D T G G C S D I A F K S P E N V V L G H T E D A F M E T L N H F Y I M S A H I CATGGAGACCCTGAACCACttytayathatg -3' Core: degen=12 len=12 Clamp: score=79, len=19 temp= 61.3 CATGGAGACCCTGAACCACttytayathat -3' Core: degen=12 len=11 Clamp: score=79, len=19 temp= 61.3 TCATGGAGACCCTGAACcayttytayat -3' Core: degen=8 len=11 Clamp: score=77, len=17 temp= 60.0 GCCTTCATGGAGACCCTGaaycayttyta -3' Core: degen=8 len=11 Clamp: score=73, len=18 temp= 62.5 CCGTCCTGGGCCACacngargaygc -3' Core: degen=16 len=11 Clamp: score=75, len=14 temp= 62.3 GCCGTCCTGGGCCAyacngargayg -3' Core: degen=32 len=11 Clamp: score=77, len=14 temp= 61.5 GCCGTCCTGGGCcayacngarga -3' Core: degen=16 len=11 Clamp: score=69, len=12 temp= 61.5 ATCGGCACCathaaygayaa -3' Core: degen=12 len=11 Clamp: score=75, len=9 temp= 36.8 *** CLAMP NEEDS EXTENSION ATCGGCACnathaaygaya -3' Core: degen=48 len=11 Clamp: score=85, len=8 temp= 14.5 *** CLAMP NEEDS EXTENSION ATCGGCacnathaayga -3' Core: degen=24 len=11 Clamp: score=74, len=6 temp= 14.5 *** CLAMP NEEDS EXTENSION ATCggnacnathaa -3' Core: degen=48 len=11 Clamp: score=74, len=3 temp=-27.4 *** CLAMP NEEDS EXTENSION 本人新手一枚，老板让设计简并引物，我用CODEHOP设计后不知道怎么选取 求教一下 CODEHOP的结果中是怎么选取适合的引物的？ 还有其中的degen= 是什么意思? 还有我可以从A里面选一个上游引物，B或者C里面选一个下游引物吗？ |
回复此楼» 猜你喜欢
含氟糖皮质激素的外用抗炎利器醋酸氟轻松
已经有0人回复
-
阿莫奈韦（Amenamevir）：解旋酶-引物酶靶向分子的结构特征与合成路径全解析
已经有0人回复
-
化学工程及工业化学论文润色/翻译怎么收费?
已经有262人回复
-
利瑞鲁单抗：靶向KIR的NK细胞检查点工具抗体，结构基础与科研应用全解析
已经有0人回复
-
Wnt-C59：PORCN靶向化学探针，Wnt信号通路阻断机制与科研应用全解析
已经有0人回复
-
Fexaramine：肠道限制性FXR化学探针，结构特征与信号通路研究全解析
已经有0人回复
-
NVS-STG2：靶向STING跨膜域的分子胶类激动剂，结构特征与寡聚化机制研究全解析
已经有0人回复
-
DOTA-GPC3肽（CAS 3066439-94-6）：双功能分子探针前体的结构特征与标记应用解析
已经有0人回复
-
科研用 TLR7/8 双激动剂怎么选？现货与质控要点
已经有0人回复
-
SEL120-34A HCl：CDK8/CDK19高选择性激酶抑制剂
已经有0人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 测序结果分析，以及RACE引物设计。求助呢
已经有3人回复
- 利用CODEHOP和iCODEHOP 设计简 并引物
已经有129人回复
- ——CODEHOP简并引物设计程序的疑惑
已经有9人回复
- 【求助/交流】设计的简并引物扩不出目的条带，求助
已经有18人回复
- 【求助/交流】紧急求助~~ 关于简并引物设计 codehop 和genefisher 在线
已经有12人回复
- 【求助/交流】同源克隆设计的引物Tm值过低怎么办
已经有12人回复
- 【求助/交流】简并引物设计软件
已经有9人回复
- 【求助/交流】问个白痴的问题，怎么设计引物并加上酶切位点？！
已经有7人回复
- 【求助/交流】（引物设计）怎么防止pET28a中Nco1的ATG影响目的基因的表达？
已经有9人回复
- 【求助/交流】NCBI中对设计的引物blast时E值怎么看？
已经有5人回复
- 【求助/交流】codehop设计的引物怎么修改？
已经有9人回复
- 【求助/交流】新手请教如何对不同物种中某一酶的氨基酸序列进行比对再设计简并引物啊�
已经有10人回复
6楼2012-12-11 08:59:34
2楼2012-12-09 20:11:48
guxinhan123
银虫 (正式写手)
- 应助: 60 (初中生)
- 金币: 361.8
- 红花: 5
- 帖子: 322
- 在线: 179.7小时
- 虫号: 526470
- 注册: 2008-03-16
- 专业: 中药资源
3楼2012-12-10 12:39:35
4楼2012-12-10 19:58:16
25