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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Siesta&Smeagol&Atk » 结构优化 siesta 和 vasp
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小木虫于

金虫 (正式写手)

[求助] 结构优化 siesta 和 vasp

用vasp和siesta优化一个结构，结果差了很多。这是怎么回事，有人碰到过么？
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1楼 2012-12-06 21:08:54
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lu_wei07

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
sunyang1988: 金币+1, 谢谢提示 2012-12-20 10:25:43
小木虫于: 金币+2, ★有帮助 2013-01-28 21:01:40
小木虫于: 金币+2, ★有帮助 2013-01-28 21:02:30
你确定用的参数一样？
另外vasp 确实更精确，毕竟平面波展开更细腻啊
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这只是一场游戏
2楼2012-12-20 06:51:03
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小木虫于

金虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by lu_wei07 at 2012-12-20 06:51:03
你确定用的参数一样？
另外vasp 确实更精确，毕竟平面波展开更细腻啊

1、 vasp采用paw赝势，pbe交换关联。
2、 siesta采用KB形式的norm-conserving赝势，pbe交换关联。

用以上两种方式优化双层石墨烯参杂，发现，siesta给出比较好的层间距（三点几埃），而vasp给出四点几埃。

以前文献指出，石墨层间距用lda能给出较好的描述，但是gga给出的偏大。当然最好的结果是考虑了vdw作用。

这里siesta用pbe和kb型赝势组合却给出了较好的描述。

以上是我的结果。
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3楼2012-12-20 08:42:55
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lu_wei07

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
小木虫于: 金币+2, ★有帮助 2013-01-28 21:01:51
引用回帖:
3楼: Originally posted by 小木虫于 at 2012-12-20 08:42:55
1、 vasp采用paw赝势，pbe交换关联。
2、 siesta采用KB形式的norm-conserving赝势，pbe交换关联。

用以上两种方式优化双层石墨烯参杂，发现，siesta给出比较好的层间距（三点几埃），而vasp给出四点几埃。

...

你确定vasp收敛了吗。用vasp 之前首先要测试Ecut,另外你siesta的电子温度取多少，vasp又用的什么类型的展宽即ismear,sigma,关于siesta你测试过Pao,energyshift 吗，等都是考虑的因素，从收敛角度上说，vasp收敛的更好，但是局域性上来说siesta更好，毕竟是原子轨道展开，石墨烯层之间的距离用LDA或者GGA 可以吗？这个我不是很确定，可能要用到范德瓦尔斯吧，如果牵扯到范德瓦尔斯那这两个软件都无能为力，虽然他有，但结果不好
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这只是一场游戏
4楼2012-12-21 18:00:52
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小木虫于

金虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by lu_wei07 at 2012-12-21 18:00:52
你确定vasp收敛了吗。用vasp 之前首先要测试Ecut,另外你siesta的电子温度取多少，vasp又用的什么类型的展宽即ismear,sigma,关于siesta你测试过Pao,energyshift 吗，等都是考虑的因素，从收敛角度上说，vasp收敛的更 ...

vasp的平面波截断没有问题的，这个是无数人应用的，vasp的电子占据方法，和费米面附近展宽这个应该可以放心，按照我的经验不会有问题。siesta的实空间网格用的和相识体系文献的也是一样的，至于轨道大小用的是dzp，局域程度用的默认值。石墨层间用vasp，lda能得到较好的结果这个是文献已经得到的结果（carbon 44 231）。
再有就是这两个软件都可以实现vdw。
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5楼2012-12-22 08:40:49
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小木虫于

金虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by lu_wei07 at 2012-12-21 18:00:52
你确定vasp收敛了吗。用vasp 之前首先要测试Ecut,另外你siesta的电子温度取多少，vasp又用的什么类型的展宽即ismear,sigma,关于siesta你测试过Pao,energyshift 吗，等都是考虑的因素，从收敛角度上说，vasp收敛的更 ...

siesta关于轨道的测试确实没有做，对这个还不是很理解，也不太懂如何测试，测试标准如何。望赐教。
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6楼2012-12-22 10:23:22
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quby7503

银虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
小木虫于: 金币+2, ★有帮助 2013-01-28 21:02:06
曾经遇到过，现在说一个可能性：
VASP做结构优化，默认的情况下是保持结构的对称性不变的，SIESTA做结构优化，默认的情况下是不保持的，也就是说有可能从输入时的立方结构优化成对称性较低的结构
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7楼2012-12-22 11:17:19
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lu_wei07

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
小木虫于: 金币+2, ★有帮助 2013-01-28 21:02:15
引用回帖:
6楼: Originally posted by 小木虫于 at 2012-12-22 10:23:22
siesta关于轨道的测试确实没有做，对这个还不是很理解，也不太懂如何测试，测试标准如何。望赐教。...

所有的 测试最终都是看能量是不是最低
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这只是一场游戏
8楼2012-12-22 13:46:22
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