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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Siesta&Smeagol&Atk » siesta-3.1 计算石墨烯条带不收敛，不知是不是我的输入有问题。
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小木虫于

金虫 (正式写手)

[求助] siesta-3.1 计算石墨烯条带不收敛，不知是不是我的输入有问题。

大家好，我最近用siesta计算一个zigzag型石墨烯条带，宽度为16条zigzag链（16-zgnr）。可是自洽不收敛啊，我的输入结构使用vasp优化后的结构。想用siesta算电子结构。
一下是我的fdf文件：
SystemName zigzag graphene nanoribbon-16 lains
SystemLabel ZGNR16

NumberOfAtoms     34
NumberOfSpecies   2

%block ChemicalSpeciesLabel
  1    6    C
  2    1    H
%endblock ChemicalSpeciesLabel


PAO.BasisSize     DZP

LatticeConstant   1.0  Ang

%block LatticeVectors
50.000000000000000    0.0000000000000000     0.0000000000000000
0.0000000000000000     2.4676929835305224     0.0000000000000000
0.0000000000000000     0.0000000000000000    10.0000000000000000
%endblock LatticeVectors

AtomicCoordinatesFormat  Fractional
%block AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies
  0.4005863261073461  0.7635675166241384  0.5000000000000000  1
  0.4861138744030586  0.7631620370088510  0.5000000000000000  1
  0.5715306303683311  0.7652203390752147  0.5000000000000000  1
  0.6569497014874649  0.7649995785970080  0.5000000000000000  1
  0.7423983813159606  0.7636392092441970  0.5000000000000000  1
  0.8279538544680551  0.7645027036095580  0.5000000000000000  1
  0.9137570545789509  0.7656507928653636  0.5000000000000000  1
  0.3151078859472453  0.7656007593586642  0.5000000000000000  1
  0.9273615966545191  0.2658042298488465  0.5000000000000000  1
  0.3292355303324607  0.2653823675374359  0.5000000000000000  1
  0.4148299038026551  0.2630882289567006  0.5000000000000000  1
  0.5003518177665096  0.2635412543771478  0.5000000000000000  1
  0.5857451241441004  0.2652320086258215  0.5000000000000000  1
  0.6711672235607071  0.2645919901159354  0.5000000000000000  1
  0.7566318781910900  0.2636219003256479  0.5000000000000000  1
  0.8421527606483915  0.2648575848498046  0.5000000000000000  1
  0.8707644696675394  0.2653823675374359  0.5000000000000000  1
  0.2726384033454806  0.2658042298488465  0.5000000000000000  1
  0.3578472393516086  0.2648575848498046  0.5000000000000000  1
  0.4433681218089099  0.2636219003256479  0.5000000000000000  1
  0.5288327764392927  0.2645919901159354  0.5000000000000000  1
  0.6142548758558992  0.2652320086258215  0.5000000000000000  1
  0.6996481822334901  0.2635412543771478  0.5000000000000000  1
  0.7851700961973451  0.2630882289567006  0.5000000000000000  1
  0.5430502985125357  0.7650005785970054  0.5000000000000000  1
  0.7994136738926537  0.7635665166241409  0.5000000000000000  1
  0.2862429454210487  0.7656517928653611  0.5000000000000000  1
  0.3720461455319449  0.7645037036095554  0.5000000000000000  1
  0.4576016186840393  0.7636402092441945  0.5000000000000000  1
  0.8848921140527546  0.7655997593586668  0.5000000000000000  1
  0.6284693696316690  0.7652193390752172  0.5000000000000000  1
  0.7138861255969410  0.7631610370088535  0.5000000000000000  1
  0.2507856796782075  0.2675344989796367  0.5000000000000000  2
  0.9492143203217924  0.2675344989796367  0.5000000000000000  2
%endblock AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies

%block kgrid_Monkhorst_Pack
   1  0   0  0.0
   0  36  0  0.0
   0  0   1  0.0
%endblock Kgrid_Monkhorst_Pack



SolutionMethod       diagon   
ElectronicTemperature  50 meV

xc.functional         GGA           
xc.authors            PBE           
#SpinPolarized         true         
MeshCutoff           400. Ry  
MaxSCFIterations     200  
DM.MixingWeight      0.5
DM.NumberPulay       1  
DM.Tolerance         1.d-4
#SpinPolarized        .true.

#%DM.InitSpin
#9  +2.
#18 -2.
#%endblock DM.InitSpin

WriteMullikenPop  1



哪位高手帮我看一下，不胜感激！
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1楼 2012-09-17 10:49:44
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

tic2009

金虫 (初入文坛)
是否尝试过将DM.MixingWeight降低，如0.10-0.20；
增大DM.NumberPulay至5-7
如果还不能凑效，可以考虑升高电子温度至2000-3000K
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西部二本高校青年教师
20楼2012-10-01 22:47:42
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普通回帖

redskywei

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
小木虫于: 金币+5, ★有帮助 2012-09-17 15:15:47
liliangfang: 金币+1, 谢谢交流 2012-09-30 18:34:01
DM.NumberPulay       1  设置的低了点吧。
%block kgrid_Monkhorst_Pack
   1  0   0  0.0                 ####这个感觉也有点小。
   0  36  0  0.0               ####这个感觉也有点大。
   0  0   1  0.0
%endblock Kgrid_Monkhorst_Pack
MeshCutoff           400. Ry      ####感觉这个有点太大了。
还有的你晶格数据有点奇怪，真空层是否小了点，特别是y方向上。
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坠入无边的网~~
2楼2012-09-17 15:04:09
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小木虫于

金虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by redskywei at 2012-09-17 15:04:09
DM.NumberPulay       1  设置的低了点吧。
%block kgrid_Monkhorst_Pack
   1  0   0  0.0                 ####这个感觉也有点小。
   0  36  0  0.0               ####这个感觉也有点大。
   0  0   1  0.0 ...

y方向没有真空层，是周期性的。 x和z方向是有真空层的。MeshCutoff曾经用过200Ry，DM.numberPulay 也用过5和3都不收敛的。 我增加一下x和Z方向的真空层试一下。

多谢你的回帖！
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3楼2012-09-17 15:11:58
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小木虫于

金虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by redskywei at 2012-09-17 15:04:09
DM.NumberPulay       1  设置的低了点吧。
%block kgrid_Monkhorst_Pack
   1  0   0  0.0                 ####这个感觉也有点小。
   0  36  0  0.0               ####这个感觉也有点大。
   0  0   1  0.0 ...

我加大了真空层，为30A在x和z方向，还是不收敛。  这么简单的体系，不应该啊。
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4楼2012-09-17 18:33:46
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redskywei

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
liliangfang: 金币+1, 谢谢交流 2012-09-22 10:55:53
小木虫于: 金币+3, ★有帮助 2012-10-07 08:43:50
的确有点奇怪，减小cutoff 增大DM.numberPulay  一般就可以收敛了。建议你检查一下自己的结构和晶格到底匹配不？特别是y方向，用这些参数做成图形化模型看看，有时候数字看不出。一个二维的条带应该很容易收敛的。
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坠入无边的网~~
5楼2012-09-17 18:53:27
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redskywei

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
liliangfang: 金币+1, 谢谢交流 2012-09-22 10:55:58
小木虫于: 金币+3, ★有帮助 2012-10-07 08:44:10
另外，vasp优化的结果应该是比较好了，但是siesta不一定认可，你是否可以尝试用siesta也优化一下，两者对优良结构的判断并不一定一致（俺没用vasp，但是曾经用castep的结构放siesta里，还是优化了好多步）。 我听人说，都觉得vasp的电子结构计算更精确点，如果单是电子结构计算，vasp优化vasp算是最好的。
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坠入无边的网~~
6楼2012-09-17 18:57:39
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小木虫于

金虫 (正式写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by redskywei at 2012-09-17 18:57:39
另外，vasp优化的结果应该是比较好了，但是siesta不一定认可，你是否可以尝试用siesta也优化一下，两者对优良结构的判断并不一定一致（俺没用vasp，但是曾经用castep的结构放siesta里，还是优化了好多步）。 我听人 ...

我现在怀疑，我的这个结构有问题，因为我继续用siesta优化时，得到的结构太不像话了。我现在已经不知道该怎么给siesta输入结构了。 哪位能可视化帮我看一下我的结构是什么东西么（本意是zigzag型石墨烯条带）。多谢了，我已经崩溃了，怎么都弄不好。
LatticeConstant   1.0  Ang

%block LatticeVectors
50.000000000000000    0.0000000000000000     0.0000000000000000
0.0000000000000000     2.4676929835305224     0.0000000000000000
0.0000000000000000     0.0000000000000000    10.0000000000000000
%endblock LatticeVectors

AtomicCoordinatesFormat  Fractional
%block AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies
  0.4005863261073461  0.7635675166241384  0.5000000000000000  1
  0.4861138744030586  0.7631620370088510  0.5000000000000000  1
  0.5715306303683311  0.7652203390752147  0.5000000000000000  1
  0.6569497014874649  0.7649995785970080  0.5000000000000000  1
  0.7423983813159606  0.7636392092441970  0.5000000000000000  1
  0.8279538544680551  0.7645027036095580  0.5000000000000000  1
  0.9137570545789509  0.7656507928653636  0.5000000000000000  1
  0.3151078859472453  0.7656007593586642  0.5000000000000000  1
  0.9273615966545191  0.2658042298488465  0.5000000000000000  1
  0.3292355303324607  0.2653823675374359  0.5000000000000000  1
  0.4148299038026551  0.2630882289567006  0.5000000000000000  1
  0.5003518177665096  0.2635412543771478  0.5000000000000000  1
  0.5857451241441004  0.2652320086258215  0.5000000000000000  1
  0.6711672235607071  0.2645919901159354  0.5000000000000000  1
  0.7566318781910900  0.2636219003256479  0.5000000000000000  1
  0.8421527606483915  0.2648575848498046  0.5000000000000000  1
  0.8707644696675394  0.2653823675374359  0.5000000000000000  1
  0.2726384033454806  0.2658042298488465  0.5000000000000000  1
  0.3578472393516086  0.2648575848498046  0.5000000000000000  1
  0.4433681218089099  0.2636219003256479  0.5000000000000000  1
  0.5288327764392927  0.2645919901159354  0.5000000000000000  1
  0.6142548758558992  0.2652320086258215  0.5000000000000000  1
  0.6996481822334901  0.2635412543771478  0.5000000000000000  1
  0.7851700961973451  0.2630882289567006  0.5000000000000000  1
  0.5430502985125357  0.7650005785970054  0.5000000000000000  1
  0.7994136738926537  0.7635665166241409  0.5000000000000000  1
  0.2862429454210487  0.7656517928653611  0.5000000000000000  1
  0.3720461455319449  0.7645037036095554  0.5000000000000000  1
  0.4576016186840393  0.7636402092441945  0.5000000000000000  1
  0.8848921140527546  0.7655997593586668  0.5000000000000000  1
  0.6284693696316690  0.7652193390752172  0.5000000000000000  1
  0.7138861255969410  0.7631610370088535  0.5000000000000000  1
  0.2507856796782075  0.2675344989796367  0.5000000000000000  2
  0.9492143203217924  0.2675344989796367  0.5000000000000000  2
%endblock AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies
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7楼2012-09-18 18:51:42
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redskywei

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★
liliangfang: 金币+1, 谢谢交流 2012-09-22 10:56:07
你的坐标最好用正常的笛卡尔坐标，AtomicCoordinatesFormat选择 Ang 或NotScaledCartesianAng 看看。可视化程序很多，你网上找找。
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坠入无边的网~~
8楼2012-09-19 12:25:20
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小木虫于

金虫 (正式写手)
引用回帖:
8楼: Originally posted by redskywei at 2012-09-19 12:25:20
你的坐标最好用正常的笛卡尔坐标，AtomicCoordinatesFormat选择 Ang 或NotScaledCartesianAng 看看。可视化程序很多，你网上找找。

结构是对的，我安装了xcrysden可视化初始结构没问题。我在这个初始结构下进行结构优化，走到25步时我看了一下优化的结构。把xv文件转化成了xsf文件。优化到此的结构实在是不怎么样，cc原子相聚最经的才0.5ang。石墨烯中的CC键长是1.4ang。



不知是什么原因，是不是我的赝势有问题啊。

ZGNR16.jpg
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9楼2012-09-20 07:28:30
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小木虫于

金虫 (正式写手)
引用回帖:
9楼: Originally posted by 小木虫于 at 2012-09-20 07:28:30
结构是对的，我安装了xcrysden可视化初始结构没问题。我在这个初始结构下进行结构优化，走到25步时我看了一下优化的结构。把xv文件转化成了xsf文件。优化到此的结构实在是不怎么样，cc原子相聚最经的才0.5ang。石墨 ...

我的赝势是从siesta官网上下载来的。
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10楼2012-09-20 07:30:34
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[基金申请] 范进中举一文的中心思想 +6 炎黄贵胄 2026-08-22 7/350 2026-08-24 11:58 by 6543yes
[基金申请] 朋友圈看到的 +7 wangzilk 2026-08-18 9/450 2026-08-24 10:50 by cmrandy
[基金申请] 让我中一个面上吧！ +13 大萍1987 2026-08-20 16/800 2026-08-24 10:23 by 太傻了
[基金申请] 科研孤儿太难了 +18 我4大白菜 2026-08-20 19/950 2026-08-24 09:47 by 凯恩广盛催化分�
[基金申请] 什么时候开奖？ +10 CrisMessi 2026-08-18 11/550 2026-08-24 06:50 by 开心的小狮子
[教师之家] 跳槽后在研项目怎么办？ +5 简单化xn 2026-08-22 10/500 2026-08-23 12:38 by 简单化xn
[基金申请] 今天放榜吗？ +15 布布和一二 2026-08-19 16/800 2026-08-23 09:55 by 张春生
[基金申请] 93BebMhtakh前后11位开头都是大写 +7 且听虎啸 2026-08-17 8/400 2026-08-22 21:55 by 医学老男孩
[基金申请] filecode，4个jtjc了 +13 ziyangfang 2026-08-19 16/800 2026-08-22 17:08 by WH3796
[基金申请] 时间戳今天，20号变了 +5 archvillain 2026-08-20 5/250 2026-08-22 06:12 by hui_daxiao
[基金申请] 今日不放榜？网传国自然预计 8 月 27 日可查结果 +16 医学老男孩 2026-08-20 20/1000 2026-08-21 21:13 by Ldrop2023
[基金申请] 时间戳又变了 +13 wuchongjun 2026-08-20 19/950 2026-08-21 17:21 by 紫杉醇
[基金申请] 我面上完蛋了 +7 且听虎啸 2026-08-20 8/400 2026-08-21 12:31 by 酷酷墨镜
[基金申请] 基金啊基金 +4 longfie172 2026-08-20 4/200 2026-08-21 08:58 by mark mao
[基金申请] 估计是周四 +3 archvillain 2026-08-18 3/150 2026-08-21 01:48 by jnhyjjm
[基金申请] 明天放榜？ +5 Shxjjxjkx 2026-08-18 5/250 2026-08-18 18:14 by -大大大大大-
[基金申请] 今天维护系统维护 祝所有人 高中 +8 gjjjzhong 2026-08-18 9/450 2026-08-18 13:01 by 家与远方
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