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小木虫于

金虫 (正式写手)

[求助] siesta-3.1 计算石墨烯条带不收敛，不知是不是我的输入有问题。

大家好，我最近用siesta计算一个zigzag型石墨烯条带，宽度为16条zigzag链（16-zgnr）。可是自洽不收敛啊，我的输入结构使用vasp优化后的结构。想用siesta算电子结构。
一下是我的fdf文件：
SystemName zigzag graphene nanoribbon-16 lains
SystemLabel ZGNR16

NumberOfAtoms     34
NumberOfSpecies   2

%block ChemicalSpeciesLabel
  1    6    C
  2    1    H
%endblock ChemicalSpeciesLabel


PAO.BasisSize     DZP

LatticeConstant   1.0  Ang

%block LatticeVectors
50.000000000000000    0.0000000000000000     0.0000000000000000
0.0000000000000000     2.4676929835305224     0.0000000000000000
0.0000000000000000     0.0000000000000000    10.0000000000000000
%endblock LatticeVectors

AtomicCoordinatesFormat  Fractional
%block AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies
  0.4005863261073461  0.7635675166241384  0.5000000000000000  1
  0.4861138744030586  0.7631620370088510  0.5000000000000000  1
  0.5715306303683311  0.7652203390752147  0.5000000000000000  1
  0.6569497014874649  0.7649995785970080  0.5000000000000000  1
  0.7423983813159606  0.7636392092441970  0.5000000000000000  1
  0.8279538544680551  0.7645027036095580  0.5000000000000000  1
  0.9137570545789509  0.7656507928653636  0.5000000000000000  1
  0.3151078859472453  0.7656007593586642  0.5000000000000000  1
  0.9273615966545191  0.2658042298488465  0.5000000000000000  1
  0.3292355303324607  0.2653823675374359  0.5000000000000000  1
  0.4148299038026551  0.2630882289567006  0.5000000000000000  1
  0.5003518177665096  0.2635412543771478  0.5000000000000000  1
  0.5857451241441004  0.2652320086258215  0.5000000000000000  1
  0.6711672235607071  0.2645919901159354  0.5000000000000000  1
  0.7566318781910900  0.2636219003256479  0.5000000000000000  1
  0.8421527606483915  0.2648575848498046  0.5000000000000000  1
  0.8707644696675394  0.2653823675374359  0.5000000000000000  1
  0.2726384033454806  0.2658042298488465  0.5000000000000000  1
  0.3578472393516086  0.2648575848498046  0.5000000000000000  1
  0.4433681218089099  0.2636219003256479  0.5000000000000000  1
  0.5288327764392927  0.2645919901159354  0.5000000000000000  1
  0.6142548758558992  0.2652320086258215  0.5000000000000000  1
  0.6996481822334901  0.2635412543771478  0.5000000000000000  1
  0.7851700961973451  0.2630882289567006  0.5000000000000000  1
  0.5430502985125357  0.7650005785970054  0.5000000000000000  1
  0.7994136738926537  0.7635665166241409  0.5000000000000000  1
  0.2862429454210487  0.7656517928653611  0.5000000000000000  1
  0.3720461455319449  0.7645037036095554  0.5000000000000000  1
  0.4576016186840393  0.7636402092441945  0.5000000000000000  1
  0.8848921140527546  0.7655997593586668  0.5000000000000000  1
  0.6284693696316690  0.7652193390752172  0.5000000000000000  1
  0.7138861255969410  0.7631610370088535  0.5000000000000000  1
  0.2507856796782075  0.2675344989796367  0.5000000000000000  2
  0.9492143203217924  0.2675344989796367  0.5000000000000000  2
%endblock AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies

%block kgrid_Monkhorst_Pack
   1  0   0  0.0
   0  36  0  0.0
   0  0   1  0.0
%endblock Kgrid_Monkhorst_Pack



SolutionMethod       diagon   
ElectronicTemperature  50 meV

xc.functional         GGA           
xc.authors            PBE           
#SpinPolarized         true         
MeshCutoff           400. Ry  
MaxSCFIterations     200  
DM.MixingWeight      0.5
DM.NumberPulay       1  
DM.Tolerance         1.d-4
#SpinPolarized        .true.

#%DM.InitSpin
#9  +2.
#18 -2.
#%endblock DM.InitSpin

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1楼 2012-09-17 10:49:44
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小木虫于

金虫 (正式写手)
引用回帖:
8楼: Originally posted by redskywei at 2012-09-19 12:25:20
你的坐标最好用正常的笛卡尔坐标，AtomicCoordinatesFormat选择 Ang 或NotScaledCartesianAng 看看。可视化程序很多，你网上找找。

结构是对的，我安装了xcrysden可视化初始结构没问题。我在这个初始结构下进行结构优化，走到25步时我看了一下优化的结构。把xv文件转化成了xsf文件。优化到此的结构实在是不怎么样，cc原子相聚最经的才0.5ang。石墨烯中的CC键长是1.4ang。



不知是什么原因，是不是我的赝势有问题啊。

ZGNR16.jpg
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9楼2012-09-20 07:28:30
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redskywei

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
小木虫于: 金币+5, ★有帮助 2012-09-17 15:15:47
liliangfang: 金币+1, 谢谢交流 2012-09-30 18:34:01
DM.NumberPulay       1  设置的低了点吧。
%block kgrid_Monkhorst_Pack
   1  0   0  0.0                 ####这个感觉也有点小。
   0  36  0  0.0               ####这个感觉也有点大。
   0  0   1  0.0
%endblock Kgrid_Monkhorst_Pack
MeshCutoff           400. Ry      ####感觉这个有点太大了。
还有的你晶格数据有点奇怪，真空层是否小了点，特别是y方向上。
赞一下 回复此楼
坠入无边的网~~
2楼2012-09-17 15:04:09
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小木虫于

金虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by redskywei at 2012-09-17 15:04:09
DM.NumberPulay       1  设置的低了点吧。
%block kgrid_Monkhorst_Pack
   1  0   0  0.0                 ####这个感觉也有点小。
   0  36  0  0.0               ####这个感觉也有点大。
   0  0   1  0.0 ...

y方向没有真空层，是周期性的。 x和z方向是有真空层的。MeshCutoff曾经用过200Ry，DM.numberPulay 也用过5和3都不收敛的。 我增加一下x和Z方向的真空层试一下。

多谢你的回帖！
赞一下 回复此楼
3楼2012-09-17 15:11:58
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小木虫于

金虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by redskywei at 2012-09-17 15:04:09
DM.NumberPulay       1  设置的低了点吧。
%block kgrid_Monkhorst_Pack
   1  0   0  0.0                 ####这个感觉也有点小。
   0  36  0  0.0               ####这个感觉也有点大。
   0  0   1  0.0 ...

我加大了真空层，为30A在x和z方向，还是不收敛。  这么简单的体系，不应该啊。
赞一下 回复此楼
4楼2012-09-17 18:33:46
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