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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Siesta&Smeagol&Atk » siesta-3.1 计算石墨烯条带不收敛，不知是不是我的输入有问题。
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小木虫于

金虫 (正式写手)

[求助] siesta-3.1 计算石墨烯条带不收敛，不知是不是我的输入有问题。

大家好，我最近用siesta计算一个zigzag型石墨烯条带，宽度为16条zigzag链（16-zgnr）。可是自洽不收敛啊，我的输入结构使用vasp优化后的结构。想用siesta算电子结构。
一下是我的fdf文件：
SystemName zigzag graphene nanoribbon-16 lains
SystemLabel ZGNR16

NumberOfAtoms     34
NumberOfSpecies   2

%block ChemicalSpeciesLabel
  1    6    C
  2    1    H
%endblock ChemicalSpeciesLabel


PAO.BasisSize     DZP

LatticeConstant   1.0  Ang

%block LatticeVectors
50.000000000000000    0.0000000000000000     0.0000000000000000
0.0000000000000000     2.4676929835305224     0.0000000000000000
0.0000000000000000     0.0000000000000000    10.0000000000000000
%endblock LatticeVectors

AtomicCoordinatesFormat  Fractional
%block AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies
  0.4005863261073461  0.7635675166241384  0.5000000000000000  1
  0.4861138744030586  0.7631620370088510  0.5000000000000000  1
  0.5715306303683311  0.7652203390752147  0.5000000000000000  1
  0.6569497014874649  0.7649995785970080  0.5000000000000000  1
  0.7423983813159606  0.7636392092441970  0.5000000000000000  1
  0.8279538544680551  0.7645027036095580  0.5000000000000000  1
  0.9137570545789509  0.7656507928653636  0.5000000000000000  1
  0.3151078859472453  0.7656007593586642  0.5000000000000000  1
  0.9273615966545191  0.2658042298488465  0.5000000000000000  1
  0.3292355303324607  0.2653823675374359  0.5000000000000000  1
  0.4148299038026551  0.2630882289567006  0.5000000000000000  1
  0.5003518177665096  0.2635412543771478  0.5000000000000000  1
  0.5857451241441004  0.2652320086258215  0.5000000000000000  1
  0.6711672235607071  0.2645919901159354  0.5000000000000000  1
  0.7566318781910900  0.2636219003256479  0.5000000000000000  1
  0.8421527606483915  0.2648575848498046  0.5000000000000000  1
  0.8707644696675394  0.2653823675374359  0.5000000000000000  1
  0.2726384033454806  0.2658042298488465  0.5000000000000000  1
  0.3578472393516086  0.2648575848498046  0.5000000000000000  1
  0.4433681218089099  0.2636219003256479  0.5000000000000000  1
  0.5288327764392927  0.2645919901159354  0.5000000000000000  1
  0.6142548758558992  0.2652320086258215  0.5000000000000000  1
  0.6996481822334901  0.2635412543771478  0.5000000000000000  1
  0.7851700961973451  0.2630882289567006  0.5000000000000000  1
  0.5430502985125357  0.7650005785970054  0.5000000000000000  1
  0.7994136738926537  0.7635665166241409  0.5000000000000000  1
  0.2862429454210487  0.7656517928653611  0.5000000000000000  1
  0.3720461455319449  0.7645037036095554  0.5000000000000000  1
  0.4576016186840393  0.7636402092441945  0.5000000000000000  1
  0.8848921140527546  0.7655997593586668  0.5000000000000000  1
  0.6284693696316690  0.7652193390752172  0.5000000000000000  1
  0.7138861255969410  0.7631610370088535  0.5000000000000000  1
  0.2507856796782075  0.2675344989796367  0.5000000000000000  2
  0.9492143203217924  0.2675344989796367  0.5000000000000000  2
%endblock AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies

%block kgrid_Monkhorst_Pack
   1  0   0  0.0
   0  36  0  0.0
   0  0   1  0.0
%endblock Kgrid_Monkhorst_Pack



SolutionMethod       diagon   
ElectronicTemperature  50 meV

xc.functional         GGA           
xc.authors            PBE           
#SpinPolarized         true         
MeshCutoff           400. Ry  
MaxSCFIterations     200  
DM.MixingWeight      0.5
DM.NumberPulay       1  
DM.Tolerance         1.d-4
#SpinPolarized        .true.

#%DM.InitSpin
#9  +2.
#18 -2.
#%endblock DM.InitSpin

WriteMullikenPop  1



哪位高手帮我看一下，不胜感激！
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1楼 2012-09-17 10:49:44
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

tic2009

金虫 (初入文坛)
是否尝试过将DM.MixingWeight降低，如0.10-0.20；
增大DM.NumberPulay至5-7
如果还不能凑效，可以考虑升高电子温度至2000-3000K
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西部二本高校青年教师
20楼2012-10-01 22:47:42
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普通回帖

redskywei

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
小木虫于: 金币+5, ★有帮助 2012-09-17 15:15:47
liliangfang: 金币+1, 谢谢交流 2012-09-30 18:34:01
DM.NumberPulay       1  设置的低了点吧。
%block kgrid_Monkhorst_Pack
   1  0   0  0.0                 ####这个感觉也有点小。
   0  36  0  0.0               ####这个感觉也有点大。
   0  0   1  0.0
%endblock Kgrid_Monkhorst_Pack
MeshCutoff           400. Ry      ####感觉这个有点太大了。
还有的你晶格数据有点奇怪，真空层是否小了点，特别是y方向上。
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坠入无边的网~~
2楼2012-09-17 15:04:09
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小木虫于

金虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by redskywei at 2012-09-17 15:04:09
DM.NumberPulay       1  设置的低了点吧。
%block kgrid_Monkhorst_Pack
   1  0   0  0.0                 ####这个感觉也有点小。
   0  36  0  0.0               ####这个感觉也有点大。
   0  0   1  0.0 ...

y方向没有真空层，是周期性的。 x和z方向是有真空层的。MeshCutoff曾经用过200Ry，DM.numberPulay 也用过5和3都不收敛的。 我增加一下x和Z方向的真空层试一下。

多谢你的回帖！
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3楼2012-09-17 15:11:58
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小木虫于

金虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by redskywei at 2012-09-17 15:04:09
DM.NumberPulay       1  设置的低了点吧。
%block kgrid_Monkhorst_Pack
   1  0   0  0.0                 ####这个感觉也有点小。
   0  36  0  0.0               ####这个感觉也有点大。
   0  0   1  0.0 ...

我加大了真空层，为30A在x和z方向，还是不收敛。  这么简单的体系，不应该啊。
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4楼2012-09-17 18:33:46
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redskywei

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
liliangfang: 金币+1, 谢谢交流 2012-09-22 10:55:53
小木虫于: 金币+3, ★有帮助 2012-10-07 08:43:50
的确有点奇怪，减小cutoff 增大DM.numberPulay  一般就可以收敛了。建议你检查一下自己的结构和晶格到底匹配不？特别是y方向，用这些参数做成图形化模型看看，有时候数字看不出。一个二维的条带应该很容易收敛的。
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坠入无边的网~~
5楼2012-09-17 18:53:27
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redskywei

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
liliangfang: 金币+1, 谢谢交流 2012-09-22 10:55:58
小木虫于: 金币+3, ★有帮助 2012-10-07 08:44:10
另外，vasp优化的结果应该是比较好了，但是siesta不一定认可，你是否可以尝试用siesta也优化一下，两者对优良结构的判断并不一定一致（俺没用vasp，但是曾经用castep的结构放siesta里，还是优化了好多步）。 我听人说，都觉得vasp的电子结构计算更精确点，如果单是电子结构计算，vasp优化vasp算是最好的。
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坠入无边的网~~
6楼2012-09-17 18:57:39
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小木虫于

金虫 (正式写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by redskywei at 2012-09-17 18:57:39
另外，vasp优化的结果应该是比较好了，但是siesta不一定认可，你是否可以尝试用siesta也优化一下，两者对优良结构的判断并不一定一致（俺没用vasp，但是曾经用castep的结构放siesta里，还是优化了好多步）。 我听人 ...

我现在怀疑，我的这个结构有问题，因为我继续用siesta优化时，得到的结构太不像话了。我现在已经不知道该怎么给siesta输入结构了。 哪位能可视化帮我看一下我的结构是什么东西么（本意是zigzag型石墨烯条带）。多谢了，我已经崩溃了，怎么都弄不好。
LatticeConstant   1.0  Ang

%block LatticeVectors
50.000000000000000    0.0000000000000000     0.0000000000000000
0.0000000000000000     2.4676929835305224     0.0000000000000000
0.0000000000000000     0.0000000000000000    10.0000000000000000
%endblock LatticeVectors

AtomicCoordinatesFormat  Fractional
%block AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies
  0.4005863261073461  0.7635675166241384  0.5000000000000000  1
  0.4861138744030586  0.7631620370088510  0.5000000000000000  1
  0.5715306303683311  0.7652203390752147  0.5000000000000000  1
  0.6569497014874649  0.7649995785970080  0.5000000000000000  1
  0.7423983813159606  0.7636392092441970  0.5000000000000000  1
  0.8279538544680551  0.7645027036095580  0.5000000000000000  1
  0.9137570545789509  0.7656507928653636  0.5000000000000000  1
  0.3151078859472453  0.7656007593586642  0.5000000000000000  1
  0.9273615966545191  0.2658042298488465  0.5000000000000000  1
  0.3292355303324607  0.2653823675374359  0.5000000000000000  1
  0.4148299038026551  0.2630882289567006  0.5000000000000000  1
  0.5003518177665096  0.2635412543771478  0.5000000000000000  1
  0.5857451241441004  0.2652320086258215  0.5000000000000000  1
  0.6711672235607071  0.2645919901159354  0.5000000000000000  1
  0.7566318781910900  0.2636219003256479  0.5000000000000000  1
  0.8421527606483915  0.2648575848498046  0.5000000000000000  1
  0.8707644696675394  0.2653823675374359  0.5000000000000000  1
  0.2726384033454806  0.2658042298488465  0.5000000000000000  1
  0.3578472393516086  0.2648575848498046  0.5000000000000000  1
  0.4433681218089099  0.2636219003256479  0.5000000000000000  1
  0.5288327764392927  0.2645919901159354  0.5000000000000000  1
  0.6142548758558992  0.2652320086258215  0.5000000000000000  1
  0.6996481822334901  0.2635412543771478  0.5000000000000000  1
  0.7851700961973451  0.2630882289567006  0.5000000000000000  1
  0.5430502985125357  0.7650005785970054  0.5000000000000000  1
  0.7994136738926537  0.7635665166241409  0.5000000000000000  1
  0.2862429454210487  0.7656517928653611  0.5000000000000000  1
  0.3720461455319449  0.7645037036095554  0.5000000000000000  1
  0.4576016186840393  0.7636402092441945  0.5000000000000000  1
  0.8848921140527546  0.7655997593586668  0.5000000000000000  1
  0.6284693696316690  0.7652193390752172  0.5000000000000000  1
  0.7138861255969410  0.7631610370088535  0.5000000000000000  1
  0.2507856796782075  0.2675344989796367  0.5000000000000000  2
  0.9492143203217924  0.2675344989796367  0.5000000000000000  2
%endblock AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies
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7楼2012-09-18 18:51:42
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redskywei

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★
liliangfang: 金币+1, 谢谢交流 2012-09-22 10:56:07
你的坐标最好用正常的笛卡尔坐标，AtomicCoordinatesFormat选择 Ang 或NotScaledCartesianAng 看看。可视化程序很多，你网上找找。
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坠入无边的网~~
8楼2012-09-19 12:25:20
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小木虫于

金虫 (正式写手)
引用回帖:
8楼: Originally posted by redskywei at 2012-09-19 12:25:20
你的坐标最好用正常的笛卡尔坐标，AtomicCoordinatesFormat选择 Ang 或NotScaledCartesianAng 看看。可视化程序很多，你网上找找。

结构是对的，我安装了xcrysden可视化初始结构没问题。我在这个初始结构下进行结构优化，走到25步时我看了一下优化的结构。把xv文件转化成了xsf文件。优化到此的结构实在是不怎么样，cc原子相聚最经的才0.5ang。石墨烯中的CC键长是1.4ang。



不知是什么原因，是不是我的赝势有问题啊。

ZGNR16.jpg
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9楼2012-09-20 07:28:30
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小木虫于

金虫 (正式写手)
引用回帖:
9楼: Originally posted by 小木虫于 at 2012-09-20 07:28:30
结构是对的，我安装了xcrysden可视化初始结构没问题。我在这个初始结构下进行结构优化，走到25步时我看了一下优化的结构。把xv文件转化成了xsf文件。优化到此的结构实在是不怎么样，cc原子相聚最经的才0.5ang。石墨 ...

我的赝势是从siesta官网上下载来的。
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10楼2012-09-20 07:30:34
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[基金申请] 我就是申请一个面上项目而已，这评审意见是按照杰青的条件评的吧？ +6 gouxfjh 2026-08-28 9/450 2026-08-29 09:59 by jklily
[基金申请] 系统查不到 +11 董八千 2026-08-26 11/550 2026-08-28 18:06 by Leogzhya
[教师之家] 导师吐槽：我怎么摊上了这么个极品研究生！ +8 苏东坡二世 2026-08-23 8/400 2026-08-28 14:41 by lkforward
[基金申请] 基金不中，共勉 +11 eulota 2026-08-26 11/550 2026-08-28 14:22 by 火星超人xi
[基金申请] 麻烦专家们看看评委们的意见（F口面上） +4 gdd2018 2026-08-28 9/450 2026-08-28 14:22 by jklily
[基金申请] 基金系统什么内容也没有 30+4 winsaint 2026-08-27 9/450 2026-08-28 11:06 by maolC
[基金申请] 面上合作单位盖章 +5 ssyjh 2026-08-27 5/250 2026-08-27 20:50 by gdfollow
[基金申请] 怎么看青基中了没有啊 +5 叶九微 2026-08-26 5/250 2026-08-27 10:35 by l_zh2008
[基金申请] 2026年的国家社科基金项目通讯评审的新规则与新动向、新挑战 +7 process2012 2026-08-23 10/500 2026-08-26 19:23 by hmhminy
[基金申请] 能否退出参与的面上项目解除限项 +23 koalala 2026-08-24 26/1300 2026-08-26 14:29 by 宝贝虫子
[基金申请] 出来了 +9 trojank 2026-08-26 9/450 2026-08-26 14:25 by 宝贝虫子
[基金申请] 为什么国自然不能直接公布 +4 bjdxyxy 2026-08-26 4/200 2026-08-26 13:12 by qingmu1201
[基金申请] 国合里面能看到了 +7 一怀馨秋 2026-08-26 7/350 2026-08-26 11:23 by zhaosm1982
[基金申请] 国合可查了 +3 paperzjh 2026-08-26 3/150 2026-08-26 10:41 by LemmonTr
[职场人生] 学生撞见辅导员送外卖，第二天全班都沉默了 +3 鲸鱼融金_浙江_� 2026-08-22 3/150 2026-08-26 09:01 by zzuzxg
[基金申请] 牛来！米来！面来！ +8 beefly 2026-08-26 8/400 2026-08-26 08:37 by xuzhipiao
[基金申请] 明天应该可查了！？ +6 chengyan1220 2026-08-23 6/300 2026-08-25 19:45 by zfd97
[基金申请] 没有任何消息-是不是就凉了 +9 图啦图啦 2026-08-24 10/500 2026-08-25 11:59 by 南海小哥
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