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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Siesta&Smeagol&Atk » 计算石墨烯不收敛的问题
汕头大学海洋科学接受调剂
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fubao-411

木虫 (小有名气)

[求助] 计算石墨烯不收敛的问题

Sample Text    我用ATK 计算石墨烯的透射谱，电极选用一个单胞时，计算是收敛的，后来我又算了下电极选用2个单胞时的情况，计算不收敛了，运行了4天后提示“exceeded the maximum number of the iteration”。理论上，电极是越长越好，但这里为什么会不收敛呢
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轻松走一回！
1楼 2011-08-01 10:17:00
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uuv2010

荣誉版主 (职业作家)

优秀版主

【答案】应助回帖

★ ★
franch(金币+2): 谢谢回帖交流 2011-08-01 21:28:46
fubao-411(金币+3): 谢谢，今天补上 2011-08-03 16:16:37
是不是自洽步数设置的太小了?增大一点试一试。
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2楼2011-08-01 12:12:08
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fubao-411

木虫 (小有名气)
我也想过可能是这个问题，自洽默认是100步，建模时我都是精确到了小数点后4位，并且是在ATK内优化完成的，1单胞电极没出现这个问题，2单胞电极就出现这个问题，
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轻松走一回！
3楼2011-08-02 10:41:16
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fubao-411

木虫 (小有名气)
按下“回帖评分”没反应，草的......
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轻松走一回！
4楼2011-08-02 10:47:25
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太白击剑

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
fubao-411(金币+7): 谢谢，我再试试 2011-08-03 16:17:19
gzqdyouxia(金币+2): 谢谢指导 2011-08-04 20:20:19
还有可能是k点取少了，可以增大一点试试；另外一种方法是增加温度，先在在较高的温度下计算一个.nc文件，然后再将温度调到你所需要的值（一般是300k），再以这个文件为初始电荷分布计算体系的.nc文件
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5楼2011-08-02 17:26:51
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guohuazhon

木虫 (正式写手)
★ ★
gzqdyouxia(金币+2): 谢谢指导 2011-08-04 20:19:57
为了节省计算时间，加快收敛速度，可以尝试以下设置：
• Basis set parameters: Type = SingleZetaPolarized (saves time and memory, without compromising the accuracy substantially for gold)
• Brillouin zone integration parameters: Number of k-points = 5 x 5 x 100
• Electron density parameters: Mesh cut-off = 200 Ry
• Eigenstate occupation parameters: Electron temperature = 1000 K
• Iteration mixing parameters: Diagonal mixing parameter =0.05
楼上说的很有道理。
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6楼2011-08-04 19:56:52
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guohuazhon

木虫 (正式写手)
★ ★
gzqdyouxia(金币+2): 谢谢提示 2011-08-04 20:19:35
你还可以用下面的脚本来检验K点设置多少合适，计算时N取值到多少看你自己了，这里只取到10
from ATK.TwoProbe import *
from ATK.MPI import processIsMaster
checkpoint_file = "×.nc"
scf = restoreSelfConsistentCalculation(checkpoint_file)
for N in range(1,10):
kpoints = brillouinZoneIntegrationParameters((N, N))
transmission_spectrum = calculateTransmissionSpectrum(
self_consistent_calculation = scf,
energies = (0.0,)*electronVolt,
brillouin_zone_integration_parameters = kpoints, )
if processIsMaster():
print N, transmission_spectrum.coefficients()[0]
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7楼2011-08-04 20:00:56
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fubao-411

木虫 (小有名气)
多谢楼上几位  
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轻松走一回！
8楼2011-08-06 11:05:25
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kaypu

铁杆木虫 (小有名气)
★ ★
franch(金币+2): 谢谢回帖交流 2011-08-30 11:05:06
引用回帖:
1楼: Originally posted by fubao-411 at 2011-08-01 10:17:00:
Sample Text    我用ATK 计算石墨烯的透射谱，电极选用一个单胞时，计算是收敛的，后来我又算了下电极选用2个单胞时的情况，计算不收敛了，运行了4天后提示“exceeded the maximum number of t ...

交换关联 可以用LDA 我记得有篇文章提到过这个问题LDA和GGA计算石墨烯的时候差别不大，不知道有没有记错，但是 LDA比较容易收敛，你可以试一下
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9楼2011-08-28 10:25:25
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fubao-411

木虫 (小有名气)
引用回帖:
9楼: Originally posted by kaypu at 2011-08-28 10:25:25:
交换关联 可以用LDA 我记得有篇文章提到过这个问题LDA和GGA计算石墨烯的时候差别不大，不知道有没有记错，但是 LDA比较容易收敛，你可以试一下

多谢
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轻松走一回！
10楼2011-08-30 08:38:34
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