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suiyitx

新虫 (初入文坛)

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[求助] mdcrd文件出现问题

跑CUDA的时候，输入文件没有错，因为其他体系用的同样的格式。计算结果也显示的是跑完了。但是在计算RMSD的时候，在一段时间过后突然变成零值。后来在服务器之间传递mdcrd文件时，传递一段之后，也显示错误。这种情况应该怎么解决呢？我用同样的输入文件，对同一个体系跑了两次，第二次的轨迹文件做RMSD的时候比第一个多跑了5NS，但还是掉到零了。图中红色的是第一次跑的RMSD,黑色是第二次跑的。同一个体系，同一个输入文件。。。。这是为什么呢？怎么解决呢？？？求高手指点啊

wat.jpg

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1楼 2012-11-20 21:57:46

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yaozhq

金虫 (小有名气)

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【答案】应助回帖

★ ★ ★
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jiaoyixiong: 金币+3, 鼓励交流 2012-11-21 16:12:50

你为什么不check一下out文件和轨迹呢用vmd看一眼再来说为什么如果你的轨迹都没问题那就只是rmsd算的问题了呀

2楼2012-11-21 15:19:36

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