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suiyitx

新虫 (初入文坛)

[求助] mdcrd文件出现问题

跑CUDA的时候,输入文件没有错,因为其他体系用的同样的格式。计算结果也显示的是跑完了。但是在计算RMSD的时候,在一段时间过后突然变成零值。后来在服务器之间传递mdcrd文件时,传递一段之后,也显示错误。这种情况应该怎么解决呢?我用同样的输入文件,对同一个体系跑了两次,第二次的轨迹文件做RMSD的时候比第一个多跑了5NS,但还是掉到零了。图中红色的是第一次跑的RMSD,黑色是第二次跑的。同一个体系,同一个输入文件。。。。这是为什么呢?怎么解决呢???求高手指点啊

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yaozhq

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

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jiaoyixiong: 金币+3, 鼓励交流 2012-11-21 16:12:50
你为什么不check一下out文件和轨迹呢  用vmd看一眼再来说为什么 如果你的轨迹都没问题 那就只是rmsd算的问题了呀
2楼2012-11-21 15:19:36
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