24小时热门版块排行榜    

查看: 1645  |  回复: 12

xiaoyue1610

木虫 (正式写手)


[求助] 分子距离 确定

请问在高斯里对A和B分子放在一起优化时, A和B分子之间的距离是怎么确定的?我之前看有的说是单独计算每个分子的最高已占有轨道(HOMO)至最低未占有轨道(LUMO),也就是说计算自然键轨道分析(NBO)分析,是这样的吗?在gaussian的哪里可以计算呢?还需要计算啥不?
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lishijunzong

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
xiaoyue1610: 金币+10, ★★★★★最佳答案 2012-10-26 11:52:47
放在一起优化主要考虑分子间的弱相互作用,如氢键,派派堆积等,静电作用等。可以尝试一下加上色散校正项的计算
2楼2012-10-24 10:17:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

vigaryang

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
xiaoyue1610: 金币+5, ★★★很有帮助 2012-10-26 11:53:07
对于弱相互作用体系来说,A和B的初始距离对结果影响不大。量化计算可以自动将两者距离从不合理的数值改变到较为合理的数值。
3楼2012-10-24 10:57:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xiaoyue1610

木虫 (正式写手)


引用回帖:
2楼: Originally posted by lishijunzong at 2012-10-24 10:17:14
放在一起优化主要考虑分子间的弱相互作用,如氢键,派派堆积等,静电作用等。可以尝试一下加上色散校正项的计算

可否在具体一点呢,我刚接触这个,对着个不怎么熟悉?具体我要在哪里计算,他们之间的相对位置如果没有确定的话怎么进行您说的计算呢?可否在详细点,不知道我有没有讲清楚
4楼2012-10-24 10:58:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lishijunzong

铁杆木虫 (正式写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by xiaoyue1610 at 2012-10-24 10:58:15
可否在具体一点呢,我刚接触这个,对着个不怎么熟悉?具体我要在哪里计算,他们之间的相对位置如果没有确定的话怎么进行您说的计算呢?可否在详细点,不知道我有没有讲清楚...

这个需要根据你具体的体系来算的。你需要先分析相关的作用力,然后把分子放在合适的角度位置,然后进行优化即可
5楼2012-10-24 11:17:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gujing136

禁虫 (文坛精英)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
xiaoyue1610: 金币+2, 有帮助 2012-10-26 11:53:46
你可以先把两个分子放的近一点进行优化,得到的结果可能就是你想要的……
叫老猫的兔子
6楼2012-10-24 19:33:06
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xiaoyue1610

木虫 (正式写手)


引用回帖:
5楼: Originally posted by lishijunzong at 2012-10-24 11:17:35
这个需要根据你具体的体系来算的。你需要先分析相关的作用力,然后把分子放在合适的角度位置,然后进行优化即可...

相关作用力不确定呢是啥呢?我这只计算了单个分子的OPT,FRE,其他的没计算,不知道还需要计算啥。
7楼2012-10-25 00:49:22
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xiaoyue1610

木虫 (正式写手)


引用回帖:
6楼: Originally posted by gujing136 at 2012-10-24 19:33:06
你可以先把两个分子放的近一点进行优化,得到的结果可能就是你想要的……

我随便放的优化的,算了两天出现link die!算的分子结构比较复杂点,到底放在哪个位置上怎么放不确定。
8楼2012-10-25 00:51:46
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gujing136

禁虫 (文坛精英)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
xiaoyue1610: 金币+3, 有帮助, o 我没有懂 我在好好研读下,我看了两星期了,还理解透 再看看没准我就理解了 谢了 2012-10-26 11:56:51
引用回帖:
8楼: Originally posted by xiaoyue1610 at 2012-10-25 00:51:46
我随便放的优化的,算了两天出现link die!算的分子结构比较复杂点,到底放在哪个位置上怎么放不确定。...

你没有相关的文献做支撑么?告诉你怎么放才比较正常?
叫老猫的兔子
9楼2012-10-25 08:56:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lishijunzong

铁杆木虫 (正式写手)

引用回帖:
9楼: Originally posted by gujing136 at 2012-10-25 08:56:54
你没有相关的文献做支撑么?告诉你怎么放才比较正常?...

Application of Dispersion-Corrected Density Functional Theory
10楼2012-10-26 17:59:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 xiaoyue1610 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[找工作] 售SCI文章,我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 k0dTPqJtl0jt 2026-08-14 4/200 2026-08-15 02:21 by 4wMiSEwB6436
[硕博家园] 售SCI一区文章,我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +3 k0dTPqJtl0jt 2026-08-14 4/200 2026-08-15 01:28 by 4wMiSEwB6436
[论文投稿] 售SCI一区文章,我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +3 HFw0lei2R37i 2026-08-14 5/250 2026-08-15 00:16 by 4wMiSEwB6436
[考研] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 HFw0lei2R37i 2026-08-14 8/400 2026-08-15 00:16 by 4wMiSEwB6436
[基金申请] 咱们一起用铁证分析2026国家社科基金中标与否 +7 启萌科技 2026-08-12 22/1100 2026-08-14 23:45 by Noways
[教师之家] 售SCI一区文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 HFw0lei2R37i 2026-08-14 5/250 2026-08-14 22:32 by 4wMiSEwB6436
[基金申请] 哪位老哥知道今年的国自然具体哪一天放榜? +5 Ldrop2023 2026-08-13 5/250 2026-08-14 18:48 by ssxclkj
[基金申请] 有时候,自然基金真的不能太认真 (我的申报经验) +6 majunge000 2026-08-11 8/400 2026-08-14 14:44 by 医学老男孩
[基金申请] 好奇怪的filecode +6 布布和一二 2026-08-08 7/350 2026-08-14 13:38 by Equinoxhua
[硕博家园] 请教兼职经验 +3 是阿文鸭 2026-08-09 3/150 2026-08-14 12:07 by HER12025
[硕博家园] 读博的好处 +4 lnee 2026-08-11 4/200 2026-08-14 10:20 by ahsoarli
[基金申请] FileCode能看出啥? +10 要乐观耀哥 2026-08-10 32/1600 2026-08-14 09:37 by 要乐观耀哥
[基金申请] 静等基金结果 +8 gjjjzhong 2026-08-10 21/1050 2026-08-13 17:56 by 且听虎啸
[基金申请] 2019年青年基金涵评意见,大家看看几个A,几个B? +11 Tide man 2026-08-11 11/550 2026-08-13 07:35 by 撸猫猫
[基金申请] 综述论文作为代表作会不会影响评审专家的印象分? +11 yufeiwaner 2026-08-09 13/650 2026-08-12 08:17 by yufeiwaner
[基金申请] 什么时候出结果,有咨询渠道??? +3 Tide man 2026-08-11 3/150 2026-08-11 17:54 by kudofaye
[基金申请] 国自然结果 +4 Vierhys 2026-08-10 8/400 2026-08-10 15:06 by Vierhys
[基金申请] 据悉今年马上要出结果了 +7 瞬息宇宙 2026-08-10 8/400 2026-08-10 12:42 by Vivilian
[基金申请] 这样的filecode谁见过 +11 布布和一二 2026-08-08 22/1100 2026-08-10 11:10 by wmfsnow
[基金申请] 关于filecode,很负责任的告诉大家 +6 爱看书的可乐 2026-08-08 7/350 2026-08-08 22:13 by a_niu
信息提示
请填处理意见