24小时热门版块排行榜    

北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
查看: 1299  |  回复: 12

xiaoyue1610

木虫 (正式写手)


[求助] 分子距离 确定

请问在高斯里对A和B分子放在一起优化时, A和B分子之间的距离是怎么确定的?我之前看有的说是单独计算每个分子的最高已占有轨道(HOMO)至最低未占有轨道(LUMO),也就是说计算自然键轨道分析(NBO)分析,是这样的吗?在gaussian的哪里可以计算呢?还需要计算啥不?
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lishijunzong

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
xiaoyue1610: 金币+10, ★★★★★最佳答案 2012-10-26 11:52:47
放在一起优化主要考虑分子间的弱相互作用,如氢键,派派堆积等,静电作用等。可以尝试一下加上色散校正项的计算
2楼2012-10-24 10:17:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

vigaryang

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
xiaoyue1610: 金币+5, ★★★很有帮助 2012-10-26 11:53:07
对于弱相互作用体系来说,A和B的初始距离对结果影响不大。量化计算可以自动将两者距离从不合理的数值改变到较为合理的数值。
3楼2012-10-24 10:57:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xiaoyue1610

木虫 (正式写手)


引用回帖:
2楼: Originally posted by lishijunzong at 2012-10-24 10:17:14
放在一起优化主要考虑分子间的弱相互作用,如氢键,派派堆积等,静电作用等。可以尝试一下加上色散校正项的计算

可否在具体一点呢,我刚接触这个,对着个不怎么熟悉?具体我要在哪里计算,他们之间的相对位置如果没有确定的话怎么进行您说的计算呢?可否在详细点,不知道我有没有讲清楚
4楼2012-10-24 10:58:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lishijunzong

铁杆木虫 (正式写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by xiaoyue1610 at 2012-10-24 10:58:15
可否在具体一点呢,我刚接触这个,对着个不怎么熟悉?具体我要在哪里计算,他们之间的相对位置如果没有确定的话怎么进行您说的计算呢?可否在详细点,不知道我有没有讲清楚...

这个需要根据你具体的体系来算的。你需要先分析相关的作用力,然后把分子放在合适的角度位置,然后进行优化即可
5楼2012-10-24 11:17:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gujing136

禁虫 (文坛精英)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
xiaoyue1610: 金币+2, 有帮助 2012-10-26 11:53:46
你可以先把两个分子放的近一点进行优化,得到的结果可能就是你想要的……
叫老猫的兔子
6楼2012-10-24 19:33:06
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xiaoyue1610

木虫 (正式写手)


引用回帖:
5楼: Originally posted by lishijunzong at 2012-10-24 11:17:35
这个需要根据你具体的体系来算的。你需要先分析相关的作用力,然后把分子放在合适的角度位置,然后进行优化即可...

相关作用力不确定呢是啥呢?我这只计算了单个分子的OPT,FRE,其他的没计算,不知道还需要计算啥。
7楼2012-10-25 00:49:22
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xiaoyue1610

木虫 (正式写手)


引用回帖:
6楼: Originally posted by gujing136 at 2012-10-24 19:33:06
你可以先把两个分子放的近一点进行优化,得到的结果可能就是你想要的……

我随便放的优化的,算了两天出现link die!算的分子结构比较复杂点,到底放在哪个位置上怎么放不确定。
8楼2012-10-25 00:51:46
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gujing136

禁虫 (文坛精英)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
xiaoyue1610: 金币+3, 有帮助, o 我没有懂 我在好好研读下,我看了两星期了,还理解透 再看看没准我就理解了 谢了 2012-10-26 11:56:51
引用回帖:
8楼: Originally posted by xiaoyue1610 at 2012-10-25 00:51:46
我随便放的优化的,算了两天出现link die!算的分子结构比较复杂点,到底放在哪个位置上怎么放不确定。...

你没有相关的文献做支撑么?告诉你怎么放才比较正常?
叫老猫的兔子
9楼2012-10-25 08:56:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lishijunzong

铁杆木虫 (正式写手)

引用回帖:
9楼: Originally posted by gujing136 at 2012-10-25 08:56:54
你没有相关的文献做支撑么?告诉你怎么放才比较正常?...

Application of Dispersion-Corrected Density Functional Theory
10楼2012-10-26 17:59:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 xiaoyue1610 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考博] 材料专业申博 +3 杜雨婷dyt 2026-03-29 3/150 2026-03-31 02:04 by nxgogo
[考研] 求调剂,一志愿 南京航空航天大学 ,080500材料科学与工程学硕,总分289分 +9 @taotao 2026-03-29 9/450 2026-03-30 22:29 by 我是小康
[考研] 合肥区域性重点一本招收调剂 +4 6266jl 2026-03-30 4/200 2026-03-30 21:48 by zhuangyan123
[考研] 303求调剂 +7 DLkz1314. 2026-03-30 7/350 2026-03-30 21:07 by peike
[考研] 调剂 +4 GK72 2026-03-30 4/200 2026-03-30 20:32 by dick_runner
[考研] 一志愿华中师范化学332分求调剂 +3 Lyy930824@ 2026-03-29 3/150 2026-03-30 20:15 by DHUSHUAI
[考研] 各位老师好,我的一志愿为北京科技大学085601材料专硕 +10 Koxui 2026-03-28 10/500 2026-03-30 19:33 by 源_2020
[考研] 0703化学求调剂 +6 丹青奶盖 2026-03-26 8/400 2026-03-30 18:33 by 探123
[考研] 275求调剂 +15 Micky11223 2026-03-25 20/1000 2026-03-29 20:44 by 唐沐儿
[考研] 340求调剂 +6 Amber00 2026-03-26 6/300 2026-03-29 12:06 by 无际的草原
[考研] 343求调剂 +6 爱羁绊 2026-03-29 6/300 2026-03-29 12:00 by 无际的草原
[考研] 356求调剂 +3 gysy?s?a 2026-03-28 3/150 2026-03-29 00:33 by 544594351
[考研] 308求调剂 +7 墨墨漠 2026-03-27 7/350 2026-03-28 07:43 by 热情沙漠
[考研] 一志愿上海理工能源动力(085800)310分求调剂 +3 zhangmingc 2026-03-27 4/200 2026-03-27 19:01 by 给你你注意休息
[考研] 安徽大学专硕生物与医药专业(086000)324分,英语已过四六级,六级521,求调剂 +4 美味可乐鸡翅 2026-03-26 4/200 2026-03-27 15:27 by 星空星月
[考研] 08开头275求调剂 +4 拉谁不重要 2026-03-26 4/200 2026-03-27 14:12 by Delta2012
[考研] 总分322求生物学/生化与分子/生物信息学相关调剂 +5 星沉uu 2026-03-26 6/300 2026-03-26 19:02 by macy2011
[考研] 334分 一志愿武理-080500 材料求调剂 +4 李李不服输 2026-03-25 4/200 2026-03-25 21:26 by 星空星月
[考研] 296求调剂 +4 汪!?! 2026-03-25 7/350 2026-03-25 16:41 by 汪!?!
[考研] 一志愿吉林大学材料与化工303分求调剂 +4 为学666 2026-03-24 4/200 2026-03-25 11:27 by BruceLiu320
信息提示
请填处理意见