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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 分子距离 确定
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xiaoyue1610

木虫 (正式写手)

[求助] 分子距离 确定

请问在高斯里对A和B分子放在一起优化时，　A和B分子之间的距离是怎么确定的？我之前看有的说是单独计算每个分子的最高已占有轨道（HOMO）至最低未占有轨道（LUMO）,也就是说计算自然键轨道分析（NBO）分析，是这样的吗？在gaussian的哪里可以计算呢？还需要计算啥不？
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1楼 2012-10-24 09:58:51
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lishijunzong

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
xiaoyue1610: 金币+10, ★★★★★最佳答案 2012-10-26 11:52:47
放在一起优化主要考虑分子间的弱相互作用，如氢键，派派堆积等，静电作用等。可以尝试一下加上色散校正项的计算
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2楼2012-10-24 10:17:14
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vigaryang

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
xiaoyue1610: 金币+5, ★★★很有帮助 2012-10-26 11:53:07
对于弱相互作用体系来说，A和B的初始距离对结果影响不大。量化计算可以自动将两者距离从不合理的数值改变到较为合理的数值。
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3楼2012-10-24 10:57:23
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xiaoyue1610

木虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by lishijunzong at 2012-10-24 10:17:14
放在一起优化主要考虑分子间的弱相互作用，如氢键，派派堆积等，静电作用等。可以尝试一下加上色散校正项的计算

可否在具体一点呢，我刚接触这个，对着个不怎么熟悉？具体我要在哪里计算，他们之间的相对位置如果没有确定的话怎么进行您说的计算呢？可否在详细点，不知道我有没有讲清楚
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4楼2012-10-24 10:58:15
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lishijunzong

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by xiaoyue1610 at 2012-10-24 10:58:15
可否在具体一点呢，我刚接触这个，对着个不怎么熟悉？具体我要在哪里计算，他们之间的相对位置如果没有确定的话怎么进行您说的计算呢？可否在详细点，不知道我有没有讲清楚...

这个需要根据你具体的体系来算的。你需要先分析相关的作用力，然后把分子放在合适的角度位置，然后进行优化即可
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5楼2012-10-24 11:17:35
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gujing136

禁虫 (文坛精英)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
xiaoyue1610: 金币+2, ★有帮助 2012-10-26 11:53:46
你可以先把两个分子放的近一点进行优化，得到的结果可能就是你想要的……
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叫老猫的兔子
6楼2012-10-24 19:33:06
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xiaoyue1610

木虫 (正式写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by lishijunzong at 2012-10-24 11:17:35
这个需要根据你具体的体系来算的。你需要先分析相关的作用力，然后把分子放在合适的角度位置，然后进行优化即可...

相关作用力不确定呢是啥呢？我这只计算了单个分子的OPT,FRE,其他的没计算，不知道还需要计算啥。
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7楼2012-10-25 00:49:22
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xiaoyue1610

木虫 (正式写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by gujing136 at 2012-10-24 19:33:06
你可以先把两个分子放的近一点进行优化，得到的结果可能就是你想要的……

我随便放的优化的，算了两天出现link die！算的分子结构比较复杂点，到底放在哪个位置上怎么放不确定。
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8楼2012-10-25 00:51:46
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gujing136

禁虫 (文坛精英)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
xiaoyue1610: 金币+3, ★有帮助, o 我没有懂 我在好好研读下，我看了两星期了，还理解透 再看看没准我就理解了 谢了 2012-10-26 11:56:51
引用回帖:
8楼: Originally posted by xiaoyue1610 at 2012-10-25 00:51:46
我随便放的优化的，算了两天出现link die！算的分子结构比较复杂点，到底放在哪个位置上怎么放不确定。...

你没有相关的文献做支撑么？告诉你怎么放才比较正常？
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叫老猫的兔子
9楼2012-10-25 08:56:54
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lishijunzong

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
9楼: Originally posted by gujing136 at 2012-10-25 08:56:54
你没有相关的文献做支撑么？告诉你怎么放才比较正常？...

Application of Dispersion-Corrected Density Functional Theory
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10楼2012-10-26 17:59:32
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